در تاریخ 1 آبان 1356/ 9 ذی القعدة 1397 در شهر نجف اشرف حضرت امام خمینی (س) طی یادداشت کوتاهی چنین نگاشته اند:
«بسمه تعالی/ إنا للَّه و إنا إلیه راجعون.در روز یکشنبه نهم شهر ذی القعدة الحرام 1397 مصطفی خمینی، نور بصرم و مُهجَه قلبم، دار فانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد. «اللهم ارحمه و اغفر له و أسکنه الجنة بحق اولیائک الطاهرین- علیهم الصلاة و السلام»)صحیفه امام؛ ج:3؛ ص: 233)
واقعه بیان شده در این نوشته کوتاه که در حقیقت اعلامیه به مسلمین ایران و جهان درباره شهادت مصطفی خمینی می باشد، وقایع و اتفاقاتی را به دنبال داشت که شگفتی آفرین است. مصطفی که به تعبیر خمینی کبیر در حیات خود امید آینده اسلام بود، شهادتش در سرنوشت مردم ایران و دنیای دین باوری نقشی تعیین کننده رقم زد. اکنون که چهل سال از آن واقعه می گذرد، بنا این است با طرح چندین سؤال کلی نگاهی اجمالی به ابعاد مختلف حیات و شخصیت آن عزیز و تأثیرش در انقلاب اسلامی مردم ایران داشته باشیم تا شاید اداء دینی باشد به پاس آن همه رنج ها و زحمت هائی که در این راه متحمل شدند.
در۲۱ آذر ۱۳۰۹ شمسی برابر۲۱ با رجب ۱۳۴۹ قمری اولین فرزند خانواده امام خمینی و بانو خدیجه ثقفی در شهر قم به دنیا آمد، که به یادبود پدربزرگ شهیدش، نام مصطفی برای وی انتخاب شد. پدر این نوزاد یعنی سید روح الله موسوی خمینی، در همان زمان هم شخصیت بارزی داشت و از فضلای به نام حوزه علمیه قم به شمار می آمد، که از جهت علم و اخلاق و جهات مختلف علمی و معنوی در زمره فاضلان و مشار بالبنان به حساب می آمد؛ و مادر، خانم خدیجه ثقفی مشهور به قدس ایران، فرزند آیة الله میرزا محمد ثقفی که پدر و جد او از عالمان و بزرگان علم و ادب ایران و تهران به شمار می آمدند.
دوران کودکی و نوجوانی مصطفی که مقارن اوج دیکتاتوری رضاخان بود، در روزگاری گذشت که از سخت ترین روزها برای اهل دین و خانواده های مذهبی و متدین به شمار می رفت. زمانی که حکومت بر دین داری و مظاهر آن بسیار سختگیری می کرد؛ چادر از سر زنان بر می گرفت و عمامه از سر طلاب و روحانیون برداشته می شد، مجالس و محافل دینی ممنوع و تعطیل بود و درس و بحث حوزوی بسیار سخت و در تنگنا برگزار می گردید. در چنین شرایطی کسی را جرأت اعتراض و انتقاد نبود. مزید بر این همه سختی، در آغاز نوجوانی مصطفی، جنگ جهانی دوم پیش آمد، که برای کشور مشکلات متعدد اقتصادی و قحطی و اشغال بیگانگان و بسیاری گرفتاری های دیگر را رقم زد؛ و البته زندگی خانوادگی این کودک نیز از این شرایط سخت اجتماعی و اقتصادی متاثر بود و او در خانه های اجاره ای و همراه مشکلات معیشتی رشد کرد. دوران تحصیل وی از مکتب خانه شروع شد و پس از مدتی به دبستان رفت و تحصیل خود را پنج و یا شش سال در دنیای کودکانه خود ادامه داد و سپس به سفارش و خواست پدر به حوزه ورود پیدا کرد و راه و رسم تحصیل علوم دینی را برگزید و با استفاده از استعداد خدادادی و برخورداری از حافظه قوی و درک بالا و پشتکار خویش و با نظارت و راهنمائی های پدرش در مدتی کمتر از معمول دوران مقدمات و سطح را به پایان برد. در این دوران از عالمان و استادان چندی بهره برد و اساتید وی و دوستان و هم بحث های او همگی او را به داشتن حافظه قوی و درک عالی و قدرت اندیشه و نقد و اشکال بر مطالب و پشتکار و جدیت در تحصیل علم و ادب ستوده اند.
نباید فراموش کرد که حوزه قم،که مرکزتحصیل مصطفی بود، در این دوران پس از سقوط دیکتاتوری رضا خان از رکوردحاصل از آن فشارها و تنگناها خارج شده و به ویژه باحضور آیت الله العظمی بروجردی، جان تازه ای گرفته و درس و بحث و تحقیق و تهذیب نفس در آن از رونق مناسبی برخوردار بود که این همه در شکل گیری شخصیت او درجنبه های مختلف علوم حوزوی و حالات معنوی تأثیر به سزا داشت. مجموعه شرایطی همچون وجود پدری فاضل، عالم و عارف که به تربیت وتحصیل فرزند توجه ویژه داشت و در همه مراحل او را راهنمایی و هدایت و مراقبت می کرد، مادری اهل فضل و علم و دانش و مهربان، استادانی عالم و متعهد، حوزه ای با زعامت فقیهی سترگ و دلسوز، دوستان و هم بحث هایی چون آیت الله شیخ محمد فاضل لنکرانی، آیت الله اشراقی و... زمینه رشد او را به خوبی فراهم آورد و آماده قدم نهادن به حوزه درس خارج زعیم حوزه علمیه یعنی حضرت آیت الله العظمی بروجردی و پدر بزرگوارش و دیگر بزرگان به نام حوزه گردید. در علوم عقلی هم از حضرات آیات صدر، سید ابوالحسن رفیعی قزوینی و علامه طباطبایی بهره ها برد و به سرعت راه رشد و کمال را پیمود و در سنین بین ۲۵ تا۳۰ سالگی، به رشد و باروری علمی رسید و قوه اجتهاد و استنباط در فقه و اصول در او شکوفا شد و در علوم عقلی نیز ضمن نگارش حواشی خود، به تدریس پرداخت.
آقا سید مصطفی در کنار تحصیل و طی مراحل مختلف جهت رسیدن به مدارج بالای علمی، برای تشکیل عائله و خانواده ای مستقل، از سنت حسنه اسلامی در امر ازدواج هم غافل نبوده و با زمینه سازی و اقدام مطابق رسم معمول پدر و مادر، با ازدواج با صبیه محترمه حضرت آیت الله شیخ مرتضی حائری _فرزند حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی موسس حوزه قم_ از علمای سرشناس حوزه علمیه و از دوستان پدر، سنگ بنای زندگی مشترک و نوینی را در کمال سادگی بنیان گذاشت. حاصل این ازدواج چهار فرزند بود که یکی به دلیل بیماری مننژیت دار فانی را وداع گفت و دیگری بر اثر حمله مأموران ساواک جهت دستگیری امام خمینی درنیمه شب 13 آبان 1343 و شوک ناشی از آن به مادر، قبل از تولد از دنیا رفت و در حقیقت به شهادت رسید. دو نفر دیگر یکی سید حسین و دیگری مریم سادات هم اکنون در قید حیات هستند؛ سید حسین راه پدر را رفته و علوم حوزوی را جهت تحصیل برگزیده است و مریم سادات در علوم دانشگاهی، رشته پزشکی را انتخاب کرده و در آن به تحصیل پرداخته است.