امام باقر (ع) در دوره ای امامت خویش را آغاز کرد که جامعه اسلامی در وضع فرهنگی نا به سامانی به سر می برد و عرصه فرهنگی جامعه گرفتار چالش های عمیق عقیدتی و درگیری های مختلف فقهی میان فرق اسلامی شده بود. فروکش کردن تنش های سیاسی پس از واقعه عاشورای سال 61 هجری، همچنین شکست برخی احزاب سیاسی مانند «عبداللَّه بن زبیر» سبب یکپارچگی حاکمیت بنی امیه شده بود و ناگزیر، بسیاری از دانشمندان از صحنه سیاسی دور شده بودند و حرکت گسترده ای در زمینه های مختلف علمی با بحث و بررسی درباره مسایل گوناگون آغاز شده بود.
این رویکرد گسترده به مسایل فقهی و بحث تبادل نظرهای علمی در این برهه و پیدایش مکتب ها و سبک های مختلف علمی پس از مدت ها رکود، رونق فراوانی به بازار علم بخشید و به واقع نقش درخشان امام در این دوره در روشن سازی افکار عمومی دانشمندان اسلامی و به ویژه خردورزان شیعه بسیار دارای اهمیت و برتری است. با ظهور امام باقر(ع)، گام مهم و به سزایی در راستای تبیین آراء شیعه برداشته شد و جنبش تحسین برانگیزی در میان دانشمندان شیعی پدید آمد.
از سوی دیگر، خطر افکار آلوده یهود و سیطره نظریات فرقه مرجئه، جبریه، قدریه، غلات و... حیات فکری شیعه را با خطر روبه رو کرده بود که به راستی مرجعیت علمی شایسته ای چون امام باقر(ع)، تفکرات خطرناک این فرقه ها را تا حد قابل توجهی منزوی ساخت که آراء و نظرات آنها و نیز موضع گیری امام در برابر هر یک، به گونه ای گسترده تر بررسی خواهد شد.
برای مقابله با چنین انحرافاتی که جامعه اسلامی دچار آن شده بود، امام محمد باقر (ع) و پس از وی امام جعفر صادق (ع) از موقعیت روزگار سیاسی وقت، برای نشر تعلیمات اصیل اسلامی و معارف حقه بهره جستند و دانشگاه تشیع و علوم اسلامی را پایه ریزی نمودند و بدین ترتیب محضر امام باقر(ع) مرکز تجمع علماء و دانشمندان و راویان حدیث و خطیبان و شاعران بنام بود.
مدت 20 سال معاویه در شام و کارگزارانش در مرزهای دیگر اسلامی در واژگون جلوه دادن حقایق اسلامی - با زور و زر و تزویر و اجیر کردن عالمان خود فروخته - کوشش بسیار کردند، اما حضرت سجاد (ع) و فرزند ارجمندش امام محمد باقر (ع) پس از واقعه جانگداز کربلا و ستم های بی سابقه آل ابوسفیان، که مردم به حقانیت اهل بیت عصمت (ع) توجه کردند، در اصلاح عقاید مردم به ویژه در مسأله امامت و رهبری، که تنها شایسته امام معصوم است، سعی بلیغ کردند و معارف حقه اسلامی را - در جهات مختلف - به مردم تعلیم دادند تا کار نشر فقه و احکام اسلام به جایی رسید که فرزند گرامی آن امام، حضرت امام جعفر صادق (ع) دانشگاهی با 4 هزار شاگرد پایه گذاری نمود و احادیث و تعلیمات اسلامی را در اکناف و اطراف جهان آن روز اسلام انتشار داد.
امام باقر (ع) با برقراری حوزه درس، با کج اندیشی ها مبارزه کرد و به زدودن چالش های علمیو تحکیم مبانی معارف و اصول ناب اسلامی با تکیه بر آیات رهنمون گر قرآن پرداخت و تمام ابواب فقهی و اعتقادی را از دیدگاه قرآن بررسی نمود و با پرورش دانشمندان و فرهیختگان عصر خود، جنبش بزرگ علمی ایجاد کرد.
امام با تکیه بر قرآن، رهبری شیعه و تقویت مبانی پیروی از آن را معرفی می کرد و می کوشید تا امامت را نیز مانند نبوت، امری الهی و مبتنی بر قرآن تبیین کند. بازتاب دیدگاه امام در مورد رهبری شیعه بر احادیث نبوی که بر شباهت و قرابت میان پیامبر(ص) و امیرالمؤمنین (ع) تأکید می کرده در بحث های کلامی ایشان انعکاس فراوانی دارد. او با بیان اینکه امام، دارای صفاتی ذاتی - مانند عصمت و علم - است، در نظر داشت رویکرد جدّی تری به موضوع امامت داشته باشد. دیدگاه های ایشان درباره این موضوع، تأثیر ویژه ای بر مردم گذاشت و بسیاری از تهدیدها و خطرات را از تفکر شیعی دور کرد و سبب شد با وجود عقاید گوناگونی که در آن زمان درباره مرجعیت وجود داشت، تعداد گرایندگان به این مکتب رو به فزونی گذارد.
امام باقر(ع)، دانشمندان برجسته ای را در رشته های گوناگون معارف چون فقه، حدیث، تفسیر و دیگر شاخه های علوم اسلامی تربیت کرد که هر یک وزنه ای در دانش به شمار می رفتند. امام با درایت و هوشیاری تمام توانست شکافی را که در گذر سال های متمادی بین قرآن و عترت در باورهای دینی بخش عظیمی از مردم پدید آمده بود، از میان بردارد. پیش از دوران امامت امام باقر(ع)، خفقان سیاسی به اندازه ای بود که در برخی از ادوار انتقال آموزه های ناب اسلامی فقط از طریق دعا و نیایش و یا در قالب آموزش های دینی به چند پیشکار و خدمتگزار که با امام حشر و نشر داشتند، صورت می گرفت.
امام باقر(ع) به دلیل وجود شرایط سیاسی خاص اوضاع حاکم، توانست استعدادهای نهفته ای را که در جامعه اسلامی وجود داشت تربیت کند؛ با این همه، نباید تصور کرد که امام هیچ گونه محدودیتی در این راستا نداشته؛ بلکه با رعایت تقیه و پنهان کاری و عدم برانگیختن حساسیّت دستگاه، این معنا را عملی کرده و با وجود تنگناهای خاص سیاسی و فرهنگی توانست افراد زیادی - بالغ بر 462 نفر - را با آموزش ها و تعالیم ناب خویش پرورش دهد که نام یکایک آنها در دست است که زرارة بن اعین ،محمد بن مسلم ثقفی ، بُرید بن معاویه عجلی ، ابوبصیر؛ لیث بن البَختَریّ مرادی و... از جمله این افراد به شمار می روند.
امام خمینی(س) به سیره نظری و نیز رفتار و کردار آن بزرگوار به عنوان شاخص های هدایت در طریق عبودیت و انسانیت به تمام معنی باور دارد و می فرماید: و از آن جا که این موقعیت بی نظیر ممکن است مورد سوء استفاده و یا سبب برداشتهای نا متعارف شود و باعث انحراف فکری و یا افراط و تفریط گردد، در هر فرصت و موقعیت به طرح درست و نشان گذاری دقیق و صحیح این جادۀ سمت و سوی الهی همت می گمارد و در کتاب شرح چهل حدیث به ذکر احادیثی از قول امام باقر (ع) به شرح ذیل می پردازد:
"عذر تراشی نکنید در معاصی خدا، و رأیهای باطل را متابعت نکنید که ما شیعه هستیم و انتساب به اهل بیت اسباب نجات ماست، به خدا قسم که نیست شیعه ما مگر کسی که اطاعت خدای تعالی کند."( اصول کافی، ج 2، ص 73،« کتاب ایمان و کفر»،« باب الطاعة و التقوی»، حدیث 1.)
"بترسید از خدا و عمل کنید برای آنچه پیش خداوند است. (یعنی از ثوابها). نیست میانه خدا و کسی خویشاوندی، و دوست ترین بندگان پیش خدای تعالی و اکرم آنها بر او پرهیزگارتر آنها و عمل کننده تر از آنهاست به فرمایشات او. ای جابر، به خدا قسم که تقرب به خداوند تعالی حاصل نشود مگر به اطاعت." (حدیث 3)
"رسول خدا، صلّی اللّه علیه و آله، ایستاد بر «صفا» پس فرمود: «ای اولاد هاشم، ای اولاد عبد المطلّب، من رسول خدا هستم به سوی شما و من شفقت دارم نسبت به شما، و همانا عمل من برای خود من است، و از برای هر یک از شما عمل اوست. نگویید که محمد از ماست و زود است که ما داخل شویم در آنجایی که او داخل شود. نه! به خدا قسم، ای بنی عبد المطلب، دوستان من از شما و غیر شما نیست مگر پرهیزگاران. آگاه باشید که من نمی شناسم شما را روز قیامت در صورتی که بیایید و حمل کرده باشید دنیا را به پشتهای خود، و مردم دیگر بیایند نزد من در صورتی که آخرت حمل آنهاست." (روضة کافی، ج 8، ص 182، حدیث 205.)