طبق قانون اساسی، روند تصویب قانون در کشور بدین صورت است که پس از تصویب نمایندگان مجلس شورای اسلامی، این مصوبات باید به تأیید شورای نگهبان قانون اساسی برسد تا در صورت عدم مغایرت با شرع و قانون اساسی قانونیت پیدا کند. در صورت عدم تأیید شورای نگهبان، مصوبات به مجلس عودت داده می‌شود تا اصلاحات مورد نظر شورای نگهبان انجام گیرد، اما در پاره‌ای از مسائل، مجلس شورای اسلامی به دلیل ضرورتی که در اجرای قانون مصوب احساس می‌کند، بر موضع خود اصرار می‌ورزد. در سالهای اولیه انقلاب، در برخی موارد، این مسأله پیش می‌آید که طرح های برگشتی از شورای نگهبان با اصرار مجلس برای تصویب آن مواجه می‌شد؛ لذا رییس وقت مجلس در سال 1360 طی نامه‌ای به امام خواستار اعمال ولایت و تنفیذ مقام رهبری در رابطه با قانون کار که مورد اختلاف مجلس و شورای نگهبان بود شد و امام نیز در تاریخ 19/7/1360 طی جوابیه‌ای تصریح کردند که: «... پس از تشخیص موضوع بوسیله اکثریت وکلای مجلس شورای اسلامی، با تصریح به موقت بودن آن، مادام که موضوع محقق است و پس از رفع موضوع، خود به خود لغو می‌شود، مجازند در تصویب و اجرای آن ...» اما در سال 1366 بار دیگر این بحث بطور جدی مطرح شد و رییس جمهور، رییس مجلس، رییس دیوان عالی کشور و نخست وزیر و مرحوم سیداحمد خمینی طی نامه‌ای به امام خواستار تعیین مرجعی برای حل عملی مسائل و تشخیص ضرورت و مصلحت شدند و امام در جوابیه خود در تاریخ 17/11/1366 دستور تشکیل مجمعی مرکب از فقهای شورای نگهبان، آیت‌الله خامنه‌ای، هاشمی رفسنجانی، توسلی، موسوی خوئینی‌ها، آقای میرحسین موسوی و وزیر مربوط برای تشخیص مصلحت نظام را صادر کردند. امام در بخشی از این نامه مرقوم فرمودند: «آقایان توجه داشته باشند که مصلحت نظام از امور مهمه ای است که گاهی غفلت از آن موجب شکست اسلام عزیز می‌گردد. امروز جهان اسلام، نظام جمهوری اسلامی ایران را تابلوی تمام نمای حل معصلات خویش می‌داند.» مجمع مصلحت نظام پس از اصلاح قانون اساسی در سال 1368، در قانون اساسی نیز گنجانده شد.
متن کامل نامه های مذکر را در ادامه می خوانید:
زمان: 17 بهمن 1366/ 17 جمادى الثانى 1408
مکان: تهران، جماران
موضوع: تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام
مخاطب: خامنهاى، سید على (رئیس جمهور)- موسوى اردبیلى، سید عبد الکریم (رئیس دیوان عالى کشور)- خمینى، سید احمد (نماینده امام خمینى در جلسه هماهنگى سران سه قوه)- هاشمى رفسنجانى، اکبر (رئیس مجلس شوراى اسلامى)- موسوى، میر حسین (نخست وزیر)
[بسمه تعالى
محضر مقدس رهبر عظیم الشأن، حضرت آیت اللَّه العظمى امام خمینى- دامت برکات وجوده الشریف
در سایه اظهارات اخیر آن وجود مبارک، از لحاظ نظرى مشکلاتى که در راه قانونگذارى و اداره جامعه اسلامى به چشم مىخورْد برطرف شده؛ و همان گونه که انتظار مى رفت این راهنمایی ها مورد اتفاق نظر صاحبنظران قرار گرفت. مسئله اى که باقى مانده شیوه اجرایى اعمال حق حاکم اسلامى در موارد احکام حکومتى است. در حال حاضر لوایح قانونى ابتدا در وزارتخانه هاى مربوط، و سپس در کمیسیون مربوط در دولت، و سپس در جلسه هیأت دولت مورد شور قرار مى گیرد. و پس از تصویب در مجلس، معمولًا دو شور در کمیسیون هاى تخصصى دارد، که با حضور کارشناسان دولت و بررسى نظرات متخصصان، که معمولًا پس از اعلام و انتشار به کمیسیون ها مى رسد، انجام مى شود. و معمولًا یک لایحه در چند کمیسیون، به تناسب مطالب، مورد بررسى قرار مى گیرد. و دو شور هم در جلسه علنى دارد، که همه نمایندگان و وزرا یا معاونان وزارتخانه هاى مربوط در آن شرکت مى کنند، و به تناسب تخصص ها اظهار نظر مى کنند و پیشنهاد اصلاحى مى دهند. و اگر کار به صورت طرح شروع شود، گرچه ابتدا کارشناسى دولت را همراه ندارد، ولى در کمیسیون ها و جلسه عمومى، همانند لوایح، کارشناسان مربوط نظرات خود را مطرح مى کنند. پس از تصویب نهایى، شوراى نگهبان هم نظرات خود را در قالب احکام شرعى یا قانون اساسى اعلام مى دارد که در مواردى مجلس نظر آنها را تأمین مى نماید. و در مواردى از نظر مجلس قابل تأمین نیست، که در این صورت مجلس و شوراى نگهبان نمى توانند توافق کنند. و همین جاست که نیاز به دخالت ولایت فقیه و تشخیص موضوع حکم حکومتى پیش مى آید. گرچه موارد فراوانى از این نمونه ها در حقیقت اختلاف ناشى از نظرات کارشناسان است که موضوع احکام اسلام یا کلیات قوانین اساسى را خلق مى کند. اطلاع یافته ایم که جنابعالى در صدد تعیین مرجعى هستید که در صورت حل نشدن اختلاف مجلس و شوراى نگهبان، از نظر شرع مقدس یا قانون اساسى یا تشخیص مصلحت نظام و جامعه حکم حکومتى را بیان نماید. در صورتى که در این خصوص به تصمیم رسیده باشید، با توجه به اینکه هم اکنون موارد متعددى از مسائل مهم جامعه بلاتکلیف مانده، سرعت عمل مطلوب است.
عبد الکریم موسوى- سید على خامنهاى- احمد خمینى- میر حسین موسوى- اکبر هاشمى رفسنجانى].
بسم اللَّه الرحمن الرحیم
گرچه به نظر این جانب پس از طى این مراحل زیر نظر کارشناسان، که در تشخیص این امور مرجع هستند، احتیاج به این مرحله نیست، لکن براى غایت احتیاط، در صورتى که بین مجلس شوراى اسلامى و شوراى نگهبان شرعاً و قانوناً توافق حاصل نشد، مجمعى مرکب از فقهاى محترم شوراى نگهبان و حضرات حجج اسلام: خامنهاى، هاشمى، اردبیلى، توسلى، موسوى خوئینىها، و جناب آقاى میر حسین موسوى، و وزیر مربوط، براى تشخیص مصلحت نظام اسلامى تشکیل گردد؛ و در صورت لزوم از کارشناسان دیگرى هم دعوت به عمل آید و پس از مشورتهاى لازم، رأى اکثریتِ اعضاى حاضرِ این مجمع مورد عمل قرار گیرد. احمد در این مجمع شرکت مىنماید تا گزارش جلسات به این جانب سریعتر برسد.
حضرات آقایان توجه داشته باشند که مصلحت نظام از امور مهمهاى است که گاهى غفلت از آن موجب شکست اسلام عزیز مىگردد. امروز جهان اسلام نظام جمهورى اسلامى ایران را تابلوى تمام نماى حل معضلات خویش مىدانند. مصلحت نظام و مردم از امور مهمهاى است که مقاومت در مقابل آن ممکن است اسلام پابرهنگان زمین را در زمانهاى دور و نزدیک زیر سؤال برد، و اسلام امریکایى مستکبرین و متکبرین را با پشتوانه میلیاردها دلار توسط ایادى داخل و خارج آنان پیروز گرداند. از خداى متعال مىخواهم تا در این مرحله حساس آقایان را کمک فرماید.
به تاریخ 17 بهمن ماه 1366
روح اللَّه الموسوی الخمینى
(صحیفه امام، ج20، ص: 463-465)