مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(س) به عنوان متولی رسمی و مصدر قانونی اشاعه اندیشه های امام خمینی(س)، در حوزه نظارت، نقش ممیزی منفی و سانسورچی را هیچ وقت برای خود قائل نبوده است. مؤسسه شکل گرفته است تا امکانات و تسهیلاتی را در اختیار کسانی قرار دهد که می خواهند برای امام و اندیشه ایشان کار بکنند؛ لذا هیچ وقت برای خودش نقش انحصاری قائل نبوده است و از هر کس و هر نهاد و مجموعه ای که بخواهد در ترویج اندیشه امام مشارکت داشته باشد، استقبال می کند. وظیفه مؤسسه ایجاد بسترهای مناسب و سهل الوصول برای دسترسی به منابع متقن و صحیح از آثار امام و گوشزد کردن اشتباهات، اغلاط و احیاناً تحریف ها و جعل ها و پیگیری تصحیح و اصلاح موارد خلاف واقع و تحریف شده است. مؤسسه فقط در آن چیزی که به نام امام منتشر و به امام منسوب می شود، اگر در مقایسه با نسخه های اصل از سخنرانی ها و دست خط ها و اسناد امام که در اختیار مؤسسه است تحریف شده باشد و مطلبی از آن حذف و یا کم و زیاد شده باشد، مستقیماً وارد می شود.
ممکن است مؤلف یا نویسنده ای سهواً مطلبی نوشته باشد، به او تذکر داده می شود که مطلب صحیح چیست و خود آن عزیز تصحیح می کند و این را مؤسسه مکرر و بی سروصدا انجام داده و می دهد و اگر منبعی را که استفاده کرده اند اشتباه بوده است، متذکر می شود و می‌خواهد که خود به تصحیح موضوع بپردازد. هرجا که تعمدی در کار بوده و با اهداف خاصی مطلب کم و زیاد شده باشد، جعلی صورت بگیرد و یا علی رغم روشن شدن مطلب و تذکر مؤسسه، بر انتشار مطلب تحریف شده و تکرار آن اصرار شود، در این موارد برخورد مؤسسه جدی تر بوده است. اگر لازم بوده بیانیه داده است و هیچ تفاوتی هم نمی کند که مربوط به کدام روزنامه باشند و به کدام جناح متعلق بوده باشند. اعلام مواضع مؤسسه و نامه ها و بیانیه های این نهاد در این موارد و آمار و ارقام آن در سوابق عملکرد آن موجود است.
اما در دیگر زمینه ها یعنی شرح و تفسیر اندیشه امام، بدون جعل و تحریف و برداشت ناروا مؤسسه وارد نمی شود. مؤسسه به هیچ وجه خود را میزان و معیار شرح و تفسیر اندیشه های امام نمی داند. این که اجتهاد در اندیشه امام آزاد است، مطلب به حقی است که تولیت محترم مؤسسه مطرح کرده است. مؤسسه، ترویج اندیشه های امام(س) را در گرو اجتهاد مستمر و آزادانه در دستگاه اندیشه ای امام می داند و به ممیزی در اندیشه ها و شرح و تفسیرها قائل نیست. البته اجتهاد، مبانی و قواعد و مقررات خاص خودش را دارد و پیش نیازهای خاصی را می طلبد. اجتهاد در اندیشه امام هم پیش نیازهایی دارد و باید اصول کلی استنباط رأی و اجتهاد رعایت شود. آشنایی و مهارت با این اندیشه و آگاهی از سیر روند اندیشه امام(س)، آگاهی و اشراف بر خطوط کلی و ممیزه های عرفان، فلسفه، سیاست، تفسیر و فقه و اصول امام، وجود تشابه و تعارض اندیشه امام با اندیشه دیگر مجتهدان، انس مستمر با اندیشه و آثار امام برای فهم اشارات و کنایات و رموز آن و شناخت شرایط تاریخی و زمانی و مکانی صدور پیام ها و مواضع امام از جمله پیش نیازهای اجتهاد در اندیشه امام است. به هر حال رعایت الزامات تفسیر و برداشت صواب و رعایت قواعد باب اجتهاد لازم است و در این میان، در اختیار داشتن متن صحیح و مستند از گفتار و نوشتار امام و روایت های درست از سیره عملی امام نقش بسیار مهم در امکان بخشی به اجتهاد افراد ذیصلاح در اندیشه امام ایفا می کند. وظیفه مؤسسه در وهله اول فراهم سازی این بستر و در اختیار گذاردن متون معتبر و متقن از گفتار و نوشتار و سیره امام است.