حساسیت امام نسبت به دانشگاه ها و مراکز تعلیم و تربیت و محتوای آموزشی آن به حدی بود که بلافصله پس از پیروزی انقلاب به منظور انجام انقلاب فرهنگی و ایجاد تحول محتوایی و معنایی در دانشگاهها دستور تعطیلی موقت دانشگاهها را صادر فرمودند. از نظر امام خمینی(س) علم و دانش «فی نفسه» ارزش نیست، کما اینکه خود ممکن است «حجاب» باشد. از نظر ایشان آنچه علم و دانش را ارزشمند می کند علم همراه با تهذیب نفس و تزکیه است.
بنابراین از دیدگاه امام خمینی(س) دانشگاه ها و مراکز تعلیم تربیت در صورتی می توانند مراکز انسان سازی باشند که علاوه بر علم و دانش به تهذیب نفس تربیت اخلاقی و روحی انسان ها بپردازند و فقط در این صورت است که جوامع اصلاح شده و بشر سیر سعادت را طی خواهد نمود. از نظر آن حضرت اگر چنین اتفاقی بیافتد منتج به تأمین منافع کشور خواهد شد و دست استعمارگران و سلطه طلبان که معمولاً از طریق مراکز دانشگاهی و دانشگاهیان به دلیل محوریت در تمدن سازی و دارا بودن مهم ترین نقش در توسعه و پیشبرد کشورها، به سوی ملت ها دراز می شود، کوتاه و در این مسیر استقلال و منافع ملی کشورها نیز تأمین خواهد شد.