امام خمینی پس از بازگشت پیروزمندانه به میهن اسلامی ایران، در یک سخنرانی به طلاب علوم دینی قم که در مدرسه علوی تهران به حضور ایشان رسیده بودند نوید دادند که در چند روز آینده به قم مراجعت خواهد کرد و «در آنجا در خدمتتان خواهم بود.» (صحیفه امام ج 6 ، ص 23)
28 روز بعد حضرت امام پس از تشکیل دولت موقت انقلاب اسلامی و سامان‌یابی نسبی اوضاع کشور، مصمم شدند که به قم کانون انقلاب اسلامی عزیمت نمایند. ایشان پیش از خروج از تهران به شورای انقلاب مأموریت دادند تا «اموال منقول و غیرمنقول خاندان پهلوی و عمال و مربوطین به این سلسله را که در طول مدت سلطه غیرقانونی از بیت‌المال مسلمین اختلاس نموده‌اند، به نفع مستمندان و کارگران و کارمندان ضعیف مصادره نمایند.» (همان، ص267)
رهبر کبیر انقلاب اسلامی قبل از سفر با صدور پیامی 14 ماده ای از مردم تهران خداحافظی کردند. «در این موقع که قصد تشرف به قم- حرم اهل البیت علیهم السلام- را دارم لازم است از ملت بزرگ ایران عموماً تشکر نمایم. الحق به همت والاى این ملت رنجدیده بود که با اتکال به قدرت لا یزال الهى و اعتماد به ولى عصر- عجل اللَّه فرجه- پیروزى بر قدرت هاى شیطانى حاصل شد، و نیز از اهالى محترم تهران که از حین ورود تا کنون- که مى خواهم صورتاً آنان را وداع کنم، گرچه روحاً و قلباً از آنان و سایر ملت عزیز دور نیستم- زحمات فوق العاده کشیده و عواطف پر شور از خود نشان دادند، تقدیر و تشکر مى کنم. من مرهون عواطف همه جناحها و اقشار محترم هستم.» (همان، ص261)
حضرت امام این پیام را که از منزل دامادشان جناب آقای محمود بروجردی منتشر کردند خطاب به ملت ایران اعلام کردند که شکل حکومت ایران به زودی «رفراندوم خواهد شد» و آنچه این جانب به آن رأی دهم «جمهوری اسلامی است. نه یک کلمه زیاد و نه یک کلمه کم.» ایشان در این پیام چهارده ماده‌ای از ملت ایران خواستند به «جمهوری اسلامی» رأی دهند که تنها «این مسیر انقلاب اسلامی است.» رهبر کبیر انقلاب اسلامی در بخش دیگر از این پیام به مطبوعات و رسانه‌های تبلیغاتی توصیه نمودند «که تحت تأثیر راست و چپ و شرق و غرب واقع نشده و خود را در مسیر انقلاب اسلامی قرار دهند.» امام خمینی تصریح نمودند: «آزادی بیان و قلم و عقیده برای همگان آزادی می‌باشد لکن مردم توطئه را هرگز اجازه نمی‌دهند.» (همان، ص 264-267) و سپس طی حکمی جناب آقای مهدوی هادوی را به «سمت دادستان کل انقلاب جمهوری اسلامی» منصوب نمودند. (همان، ص 268)
خبر بازگشت امام به قم موجی از شادی را در سراسر این شهر ایجاد کرد، گروه کثیری از طبقات مختلف مردم از شهرهای استان مرکزی برای استقبال از امام به این شهر آمده بود. شادی وصف‌ناپذیری سرتاسر قم را فرا گرفته بود. با آن که امام چراغانی و تشریفات رسمی را خوش نداشتند و فرموده بودند از آن پرهیز شود، بیشتر مغازه‌ها و سر درب خانه‌ها با چراغ‌های رنگارنگ تزئین شده بود و خیابانها و میادین سراسر با بیرق‌های سبز و تصاویر کوچک و بزرگ امام آراسته شده بود. دهها تن از خبرنگاران داخلی و خارجی در قم بودند. میهمانان قم، چه خبرنگاران و چه مسافران شهرها، به رایگان پذیرایی می‌شدند، و هزینه خورد و خوراک و اقامت آنان را مردم قم بر عهده داشتند. غذا می‌دادند، شربت و شیرینی پخش می‌کردند، آب و چای می‌آوردند.
ساعت 30/8 صبح بود که اتومبیل حامل امام به 20 کیلومتری قم می‌رسد حضرت امام پیش از رسیدن به قم در پادگان منظریه توقف کردند و دقایقی را به استراحت پرداختند، سپس به راه افتادند. در تمام طول خیابانهای قم به خصوص خیابانهای مسیر مردم جمع شده‌اند زنان در سویی و مردان در سوی دیگر خیابان ایستاده‌اند، بسیاری از استقبال کنندگان تصاویر کوچک پارچه‌ای امام خمینی را بر روی لباسهایشان دوخته بودند. در خیابان «تهران» قم که مدخل شهر است، گروه زیادی از افسران کادر شهربانی قم با لباس فرم، در حالی که هر یک یک گل میخک به سینه دارند، منتظر ورود امام صف کشیده‌اند. حضرات آیات عظام مرعشی نجفی، گلپایگانی و شریعتمداری و علما و روحانیون حوزه علمیه قم برای استقبال از امام به ده کیلومتری شهر آمده‌اند. ساعت 11 صبح جمعیت آنقدر زیاد شده است که جای سوزن انداختن نمانده است. اکنون خبر می‌رسد که امام به دروازه شهر رسیده‌اند جمعیت سر از پا نمی‌شناسد، عده‌ای از شوق می‌گریند. ناگاه جنب و جوش در جمعیت افتاد، صفوف مردم شکافته شد و اتومبیل رهبر انقلاب نمایان گردید. یک باره جمعیت دستها را سوی آسمان برد. فریادهای شادی از دل کشید و غریو زد: «صل علی محمد رهبر ما خوش آمد» نظم به هم ریخت. مردم ریختند دور اتومبیل امام و دیگر دریای خروشنده خلق بود که موج می‌زد. (اطلاعات 10/12/1357 ، ص 102 ، کیهان 10/12/1357 ، ص 2)
حضرت امام در حالی که در جلوی ماشین بلیزر نشسته بودند. به مسجد امام حسن عسگری(ع) رسیدند، جمعیت بسیار زیادی اجتماع کرده بودند. امام از ماشین پیاده شده وارد حیاط مسجد شدند و با آقایان مراجع که به استقبال آمده بودند ملاقات کردند. (خاطرات آیت‌الله طاهری خرم‌آبادی ، ص 219)
امام خمینی بعد از اتمام ملاقات با مراجع به منزلی در خیابان «ساحلی» قم، که از سوی ستاد استقبال از حضرت امام در قم تشکیل شده بود و مسئولیت آن در قم به عهده آیت‌الله یزدی بود اسکان یافتند و قرار شد بعد از آن به مدرسه فیضیه بروند و نخستین سخنرانی‌شان را در آنجا ایراد کنند. «هنگام عصر، مدرسه فیضیه و دارالشفاء و صحن‌های مجاور لبریز از جمعیت شده بود. صدا به صدا نمی‌رسید، وسایل صوتی هم جوابگوی آن فضا و شرایط نبود، با آن که فصل زمستان بود روی سر مردم آب می‌پاشیدند تا از گرما کاسته شود.» (خاطرات آیت‌الله محمد یزدی ، ص 278)
امام راحل از درهای پشت مدرسه فیضیه که در خیابان ساحلی بود وارد شدند و مستقیما به جایگاهی که برای ایشان آماده شده بود تشریف آوردند، به پیشنهاد امام آیت‌الله یزدی پشت بلندگو رفت و «مردم را به سکوت و آرامش در هنگام سخنرانی امام دعوت نمود، بعد از آنکه فضای فیضیه قدری ساکت شد و همهمه جمعیت گم شد.» (همان، ص 279) حضرت امام سخنرانی تاریخی خویش را در برابر موج جمعیت بی‌شمار ایراد فرمودند که خبرنگاران خارجی متن آن را همراه با گزارشی از این اجتماع به سراسر جهان مخابره کردند. (اطلاعات و کیهان 12/12/1357، ص 3)
ایشان در ابتدای سخنانشان از ملت ایران تشکر نمودند. «من از عواطف شما ملت ایران تشکر می‌کنم. من شما ملت رنج دیده را فراموش نمی‌کنم، من از عهده تشکر شما برنمی‌آیم.» (همان، ج6، ص269) سپس به تبیین برنامه‌های دولت جمهوری اسلامی پرداختند و فرمودند: «ما مبارزه با فساد را با دایره امر به معروف و نهى از منکر که یک وزارتخانه مستقل بدون پیوستگى به دولت، با یک همچو وزارتخانهاى که تأسیس خواهد شد ان شاء اللَّه مبارزه با فساد مى کنیم؛ فحشا را قطع مى کنیم؛ مطبوعات را اصلاح مى کنیم؛ رادیو را اصلاح مى کنیم؛ تلویزیون را اصلاح مى کنیم؛ سینماها را اصلاح مى کنیم. تمام اینها به فرم اسلام باید باشد.» (همان، ص274) ایشان موضوع مجانی شدن آب و برق را برای افراد بی‌بضاعت اعلام نمودند. «ما علاوه بر اینکه زندگى مادى شما را مى خواهیم مرفه بشود، زندگى معنوى شما را هم مى خواهیم مرفه باشد. شما به معنویات احتیاج دارید. معنویات ما را بردند اینها. دلخوش نباشید که مسکن فقط مى سازیم، آب و برق را مجانى مى کنیم براى طبقه مستمند، اتوبوس را مجانى مى کنیم براى طبقه مستمند، دلخوش به این مقدار نباشید. معنویات شما را، روحیات شما را عظمت مى دهیم؛ شما را به مقام انسانیت مى رسانیم.» (همان، ص273)
قصد اولیه امام این بود که به طور دائم در قم اقامت کنند. در ملاقاتی که آقای بازرگان با امام داشت، گفته بود: «شما در قم نشسته‌اید و می‌خواهید حکومت کنید؟ ما هر روز باید این راه را بیاییم و برویم. امام خمینی لبخندی زده و فرموده بودند: «فعلا که همین‌جا هستیم.» (خاطرات آیت‌الله محمد یزدی ، ص 277 (پاورقی)) اما آن حضرت 11 ماه بعد در دوم بهمن 1358 در اثر ابتلا به بیماری قلبی و لزوم معالجه در تهران به این شهر بازگشتند و تا پایان عمر پربار خویش در تهران اقامت گزیدند.