پرتال امام خمینی(س): فرزند آیت‌الله کاشانی در خاطره ای دربارۀ علاقه و ارتباط حضرت امام با پدرش می‌گوید: «مرحوم ابوی و حضرت امام علاقه زیادی به هم داشتند. مرحوم آقا معتقد بودند: تنها کسی که می‌شود برای ادامه مبارزه با استعمار روی ایشان حساب کرد حاج‌آقا روح‌الله هستند و بس! مرحوم امام در موارد متعددی که آقا کسالت داشتند برای عیادت به منزل ما تشریف می‌آوردند. حتی واسطه معرفی امام به مرحوم آقای ثقفی برای ازدواج امام با دختر ایشان هم، مرحوم آقا بودند و در مراسم عروسی امام هم شرکت کردند. بعد از آغاز نهضت در سال ۴۲، هنگامی که همراه با برخی دوستان به دیدن حضرت امام در قم رفتیم، ایشان وقتی متوجه حضور من در میان آن جمع شدند، فرمودند: «یکی از افتخارات ما این است که در این نهضت، راه مرحوم آیت‌الله کاشانی را ادامه می‌دهیم.» اما با همه این علاقه و پیوند، امام خمینی در روش مبارزاتی و سیاسی با آیت‌الله کاشانی اختلاف داشت.
امام خمینی پس از آغاز مبارزات قائل به تغییر وضع موجود و محو رژیم سلطنتی بود. اما آیت‌الله کاشانی تا آخر ساختار سلطنت را قبول داشت. امام خمینی به ایشان کتبی و شفاهی گفته بود که این راه او ممکن است سرانجام به سود جریان اسلامی تمام نشود؛ چرا که آقای کاشانی قصد داشت با حفظ ساختار سلطنت و در داخل ساختار سلطنت اصلاحات انجام دهد؛ اما حضرت امام آن را بی‌اساس می‌دانست و از ریشه قبول نداشت.
یکی دیگر از اختلاف روشی حضرت امام و آقای کاشانی، تمرکز آیت‌الله کاشانی در صنعت نفت و سیاست بود. به جنبۀ دینی کمتر تکیه داشت. ولی حضرت امام همه‌جانبه و ریشه‌ای مبارزه می‌کرد. تأکیدشان بر اسلام و ارزش‌های دینی و مذهبی بود و در این تودۀ مردم را همراه کرده و پیش می‌برد. در این‌باره امام خمینی می‌فرماید:
«در زمان کاشانی و مصدق، اصلْ سیاست بود. جنبه‌های سیاسی جنبش قوی بود. در زمان کاشانی، هم به وی نوشتم و هم گفتم، که باید جنبه‌های دینی را توجه کنید. نتوانستند و یا نخواستند. ایشان به جای تقویت جنبه‌های دینی و به جای آنکه جهات دینی را به جهات سیاسی غلبه بدهند، خودشان سیاسی شدند؛ رئیس مجلس شدند، که اشتباه بود. من گفتم که باید برای دین کار کنند نه آنکه سیاسی بشوند. اما حالا جنبش در همه جهات، دینی است، اسلامی است؛ سیاست هم داخل آن است. اسلام، دین سیاسی است؛ سیاست در بطن این جنبش است.» (صحیفه امام، ج۵، ص: ۲۶۸)