امام خمینی بی تردید از منتقدان اندیشه و روش سیاسی مرحوم دکتر مصدق بود، اما روش خودشان هم ورود یا تکیه بر مسائل اختلافی نبود. امام در صدر انقلاب، تمام نیروهایی را که رهبری ایشان را پذیرفته و جدای از تعلقات مسلکی، حاضر بودند در چارچوب انقلاب و جمهوری اسلامی کار کنند، برای همکاری و نصب در مدیریت نظام پذیرفت. از جمله با "ملیون" و "ملی مذهبیها" نظیر دکتر کریم سنجابی دبیر کل جبهه ملی و مهندس بازرگان دبیر کل نهضت آزادی ایران برای فعالیت در شورای انقلاب و تشکیل دولت موقت، موافقت کرد و با قدرت و حرارت به دفاع از این انتصابها پرداخت. تعلق و علاقهای که این جریانات به رهبر نهضت ملی ایران (دکتر مصدق) داشتند، البته بر کسی پوشیده نبوده و نیست. برای مثال نهضت آزادی در نخستین بند از بیانیهی تأسیس خود در اوایل دههی چهل نوشتهاست: ما ایرانی مسلمان و مصدقی هستیم. اما این مسائل مانع همکاری ایشان با امام خمینی و بالعکس نشد. با این حال باید به این نکته توجه داشته باشیم که امام به طور اساسی تعریف دیگری از انقلاب و مسیر و اهداف آن داشت که متفاوت از نظر این گروهها و جریانات بود. بدبختانه امروز برخی تصور میکنند که از ابتدا منازعه و خصومت میان امام و ملیون وجود داشته است؛ چنین نیست و امام هم هنگامی که در مقاطع خاصی، برای دفاع از دوستان یا احکام اسلامی ناچار از ورود صریح به صحنه شدند، در این باره موضع گیریهایی کرد و بیشتر اوقات هم از ورود در مسائل اختلافی پرهیز مینمود تا کار مملکت کند نشود و پیش برود. امام ماهیت دینی واجرای احکام اسلامی را مهم ترین هدف انقلاب اسلامی میدانست که به طور طبیعی، به کلی متفاوت از دیدگاه دکتر مصدق و هواداران او در سنوات بعدی و روزگار انقلاب اسلامی بود. ایشان دو سه بار درمورد شخص دکتر مصدق اظهار نظر علنی و عمومی داشت که من به دو مورد اشاره میکنم:
مورد اول: وقتی اساسنامهی شورای انقلاب توسط آقای مهندس کتیرایی و برخی اعضای شورا نزد امام برده شد تا امضا نمایند، آن اساسنامه دارای مقدمهای در تجلیل از انقلابها و نهضتهای گذشته بود و از جمله از نهضت ملی شدن نفت و دکتر مصدق ستایش شده بود. امام خواستار حذف این مقدمه شد و معتقد بود انقلاب اسلامی ماهیت متفاوتی دارد و نباید با حرکتهایی نظیر نهضت نفت مقایسه شود.
مورد دوم: پس از مخالفت جبههی ملی با لایحهی قصاص، امام خمینی با خشم بی سابقهای در باره ملی گرایان سخن گفت و به انتقاد پرداخت و درمورد مصدق و نهضت ملی شدن صنعت نفت نیز موضعگیری کرد. در آن خطابه با اشاره به آنچه از آن دوران تجربه کرده بود و خاطرات تلخ اهانت به روحانیون و ضرب و شتم طلبه ها، مصدق را با محمد رضا شاه مقایسه کرد و روش ملی گرایی را خلاف اسلام خواند.
با توجه به این مسائل میتوان به تفاوت بنیادین این دو دیدگاه و نظرات انتقادی خاص امام نسبت به دکتر مصدق تا حدی آگاهی یافت. البته نباید شرایط تاریخی خاص در زمان ایراد هر سخن و هر نکته را از نظر دور داشت، زیرا اگر این شرایط در نظر گرفته نشود آنگاه با تناقضهای دشوار روبه رو خواهیم شد.