در کتابهای امام نسبت به مسجد جمکران مطلبی دیده نمی‌شود اما در صحیفه امام هفت بار، در دو مورد واژه جمکران بکار رفته که شش بار مربوط به عنوان گزاری و یک نامه‌ای است که در 17 اردیبهشت 58 به صورت گزارش برای ایشان ارسال و در آن هیئت امنای مسجد جمکران تصمیمات خود را در مورد آن مسجد به نظر ایشان رسانده و امام در پاسخ نوشته‌اند: «آنچه را حضرات آقایان مدرسین تصویب کردهاند، مورد تأیید این جانب می‌باشد.» (صحیفه امام، ج7، ص195 و 196). شاید ایشان عمداً از مسجد جمکران نامی به میان نیاورده‌اند تا همان نام بردن مستمسک سوء استفاده کنندگان نشود.
مورد دوم در آبان 1364 یک بسیجی اسیر در اردوگاه عنبر عراق بنام علی ابوالقاسمی (خدا مانده) طی نامه‌ای که توسط صلیب سرخ (هلال احمر) ظاهراً برای خانواده خود به صورت رمز و اشاره نوشته و به رمز از امام خواسته که وقتی به مسجد جمکران می‌رود برای او دعا نماید که باز هم امام در پاسخ وی از آن مسجد نامی نبرده است.
بنا براین در آثار امام(س) به جز دو مطلب فوق الذکر راجع به مسجد جمکران مطلبی دیده نمی‌شود که آن دو مورد نیز امام(س) نامی از آن مسجد ذکر نکرده‌اند. و هیچ مدرکی حتی شفاهی مبنی بر اینکه امام دیگران را تشویق به رفتن به مسجد جمکران کرده باشد در دست نیست. البته اینکه نفی مطلق شود که امام هرگز به مسجد جمکران نرفته‌اند نیز خالی از ایراد نیست. زیرا بعید به نظر می‌رسد شخصیتی اجتماعی و مذهبی از اماکنی که دارای شهرت خاص مذهبی می‌باشد حداقل از این جهت که با آن مکان آشنا شوند دیدن نکرده باشند. مگر آنکه باز شواهد و قرائن کافی یافت شود که ایشان عامداً از آن مکان دیدن نکرده‌اند تا اصل رفتن ایشان نیز موجب برخی بدعت‌ها و سوء استفاده جریانهایی که از احساسات مذهبی مردم بهره برداری‌های سیاسی و گروهی می‌کنند، نشود. چنانکه این نکته را می‌توان از مصاحبه‌های منتشره شده آیت‌الله موسوی اردبیلی و مرحوم آیت‌الله توسلی استنباط کرد.