در سده‌های پیشین نوع سوادآموزی نسبت به اکنون تفاوت داشت. از مدارس امروزی خبری نبود؛ به ویژه در شهرهای کوچک و منطقه‌های دور افتاده و روستایی از مدرسه و آموزش رسمی خبری نبود. سوادآموزی به شکل سنتی و در دست علمای بلاد بود. آغاز یادگیری با قرآن و در مکتب‌خانه‌هایی بود که عالمان و میرزاهای محل (سوادداران) در اختیار داشتند.
امام خمینی نیز تحصیل را در شهر کوچکی همچون خمین، همانند دیگر مردم و همسن‌وسالان خود از همین مکتب‌خانه‌ها آغاز کرد. چنانچه خود می‌فرماید:
«در خمین در مکتب‌خانه مرحوم ملّا ابو القاسم تحصیل شروع و نزد مرحوم آقا شیخ جعفر و مرحوم میرزا محمد (افتخار العلماء) درس‌های ابتدایی، سپس در خلال آن نزد مرحوم حاج میرزا محمد مهدی (دایی‌ام) مقدمات شروع و نزد مرحوم آقای نجفی خمینی منطق شروع و نزد حضرت عالی [آیت‌الله سید مرتضی پسندیده، برادر ارشد امام خمینی] ظاهراً «سیوطی» و «شرح باب حادی عشر» و منطق و مسلماً در «مُطَوّل» مقداری.»
با این توضیح و توصیف، نخستین استادان درسی حضرت امام در خمین، برادر و علما و فضلای وقت شهر خمین بوده‌اند، آن‌هم در مکتب‌خانه و منزل. در اصل بخشی از منزل پدری حضرت امام خود مکتب‌خانه و محل سوادآموزی و آموزش بود. برادر ارشد امام، آیت‌الله پسندیده، از نخستین اساتید حضرت امام در خمین، در این باره می‌فرماید:
شروع تحصیل اخوی در خمین در مکتب مرحوم ملّا ابوالقاسم، بعد نزد مرحوم آقا شیخ جعفر، عمو زاده مادرمان و نزد مرحوم آقا میرزا محمود افتخار العلماء بود؛ و در خلال این تحصیلات نزد مرحوم حاج میرزا مهدی (دایی) که اَعرفِ علما بود و موقعیتی بسیار بالا داشت، به مقدمات مشغول بود و نزد مرحوم حاج میرزا رضا نجفی خمینی، شوهر خواهر و پسر عموی مادرمان، منطق را شروع کرد و نزد خود ما منطق و مقداری مطوّل و سیوطی آموخت. سپس، حدوداً در سال ۱۳۳۹ ق برابر با اواسط سال ۱۲۹۹ ش، جهت ادامه‌ی تحصیل به اراک مسافرت کرد.
در اینجا به معرفی بیشتر دو تن از اساتید خمین حضرت امام اکتفا می‌کنم:
۱ ـ آیت‌الله سید مرتضی پسندیده؛ برادر ارشد امام خمینی: ایشان خود درس‌خواندۀ خمین و اصفهان و آگاه به مسائل روز و اهل اجتماع و سیاست بود. همراه مادر و عمه خود به خون‌خواهی پدر برخاست و از خمین تا دربار شاه قاجار رفت و با گرفتن حکم و انجام اعدام قاتل پدر کار را به سرانجام رساند. او که 8 سال بزرگتر از امام بود، پس از مادر و عمه، بی‌تردید تأثیر بسیاری در دوران کودکی، نوجوانی و جوانی حضرت امام داشت. کسی که همیشه یار و یاور برادر کوچک‌ترش بود. و پناهگاه و پشتیبان سیاستمداران دوران خود.
آیت‌الله پسندیده در حوزه سیاسی فعال بودند و ایستادگی و مبارزه با خوانین و عمال حکومت رضاخان، زبان‌زد مردم آن منطقه بود. ایشان از دوران نوجوانی، در جریان جنگ جهانی اول درصف مبارزان در برابر قوای انگلیس قرار گرفت و در جریان کشف حجاب محاکمه شد. در زمان شهید سید حسن مدرس و در مبارزات ملی شدن نفت هم مشارکت فعال داشت. پس از اشغال خاک ایران به وسیله نیروهای متفقین، به اتهام مخالفت و جلوگیری از تامین نان و خوراک نیروهای متفقین تبعید شد.
۲ـ حاج میرزا مهدی؛ ملقب به «حجت‌الاسلام والمسلمین آقای آقا میرزا محمد مهدی مجتهد»، معروف‌ترین ملّای آن روز خمین و دایی بزرگ حضرت امام، در فاصله سال‌های 1262 تا 1315ش در عرصۀ فعالیت‌های دینی و سیاسی و اجتماعی خمین حضور داشت. او امام جماعت مسجد جامع خمین و از اساتید سطوح مختلف دروس حوزوی بودند. حضرت امام مقدمات دروس حوزه را نزد ایشان فرا گرفت.
از دیگر استادان خمین حضرت امام، می‌توان شیخ محمدعلی بروجردی، شیخ محمد گلپایگانی و آقا شیخ عباس اراکی را نام برد.
حضرت امام پس از اتمام دروس مقدماتی در خمین، حدوداً در ۱۸ سالگی، اواسط (مهر) ۱۲۹۹ش، به حوزه علمیه اراک رفت و از محضر فقیه بزرگوار، آیت‌الله شیخ عبدالکریم حائری یزدی و دیگر اساتید بزرگ بهره‌مند شد. با هجرت حاج شیخ عبدالکریم حائری به قم و تأسیس حوزه علمیه، حضرت امام نیز اندکی پس از هجرت استادش، در اول نوروز ۱۳۰۰ ش، رهسپار قم شد.
خود حضرت امام دربارۀ استادان این دورۀ خود می‌فرماید: «پس از هجرت به قم ـ به دنبال هجرت مرحوم آیت‌الله حاج شیخ عبدالکریم (ره) ـ تتّمۀ مطوّل را نزد مرحوم ادیب تهرانی (موسوم به آقا میرزا محمدعلی) و سطوح را نزد مرحوم آقای حاج سید محمدتقی خوانساری ـ مقداری ـ و بیشتر نزد مرحوم آقا میرزا سید علی یثربی کاشانی تا آخر سطوح و با ایشان به درس خارج مرحوم آیت‌الله حائری (حاج شیخ عبدالکریم) می‌رفتیم و عمده تحصیلات خارج نزد ایشان بوده است. و فلسفه را نزد مرحوم حاج سید ابوالحسن قزوینی و ریاضیات (هیئت و حساب) نزد ایشان و مرحوم آقا میرزا علی‌اکبر یزدی. و عمده استفاده در علوم معنوی و عرفانی نزد مرحوم آقای آقا میرزا محمدعلی شاه‌آبادی بوده است. پس از فوت مرحوم آقای حائری، با عده‌ای از رفقا بحث داشتیم؛ تا آن‌که مرحوم آقای بروجردی(ره) به قم آمدند. برای ترویج ایشان به درس ایشان رفتم و استفاده هم نمودم.»