امام خمینی(س) در دوازدهم مهر ماه سال ۶۵ مطابق با بیست و نهم ۱۴۰۷ در نامه ای خطاب به مرحوم آیت الله حسینعلی منتظری با ابراز علاقه به ایشان، بر عدم حمایت از سید مهدی هاشمی تاکید کردند و در مورد دسیسه های منافقین هشدار دادند. متن نامه امام به شرح زیر است:
"بسم الله الرحمن الرحیم
حضرت حجت الاسلام و المسلمین، فقیه عالیقدر، آقای منتظری ـ دامت ایام برکاته
پس از اهدای سلام و تحیت، علاقۀ اینجانب به جنابعالی بر خود شما روشنتر از دیگران است. به حسب قاعدۀ طول آشنایی صمیمانه و معاشرت از نزدیک، مقام ارجمند علمی و عملی شما، مجاهدت با ستمگران و قلدران، و رنجهای فراموش نشدنی جنابعالی در سالهای طولانی برای اهداف اسلامی، قداست و وجاهت و وارستگی کم نظیر آن جناب، و بالاتر حیثیت بلند پایه ای که دنبالۀ این امور به خواست خداوند تعالی برای شما فعلاً حاصل است، و احتیاج مبرمی که جمهوری اسلامی و اسلام به مثل جنابعالی دارد، انگیزۀ علاقۀ مبرم است. لهذا این حیثیت مقدس باید از هر جنبه محفوظ و مصون باشد. حفظ این حیثیت به جهات عدیده بر شما و همۀ ماها واجب، و احتمال خدشه دار شدن آن نیز منجز است برای اهمیت بسیار آن.
با این مقدمه باید عرض کنم این حیثیت واجب المراعاة به احتمال قوی، بلکه ظن نزدیک به قطع، در معرض خطر است؛ خصوصاً با داشتن مخالفین مؤثر در حوزۀ قم، که ممکن است دنبال بهانه ای باشند. این خطر بسیار مهم از ناحیۀ انتساب آقای سید مهدی هاشمی[1] است به شما. من نمی خواهم بگویم که ایشان حقیقتاً مرتکب چیزهایی شدند؛ بلکه می خواهم عرض کنم ایشان متهم به جنایات بسیار، از قبیل قتل، مباشرت یا تسبیباً، و امثال آن می باشند. و چنین شخصی، ولو مبرا باشد، ارتباطش موجب شکستن قداست مقام جنابعالی است که بر همه حفظش واجب مؤکد است.
آنچه مسلّم است و در آن پای فشاری دارم رسیدگی به وضعیت و موارد اتهام او است، رسیدگی به خانۀ تیمی و انباشتن اسلحه، آن هم با پول ملت، به اسم کمک به سازمانهای به اصطلاح آزادیبخش. اصولاً یک همچو اعمالی بدون دخالت دولت جرم است. و باید ایشان، که صلاحیت این امر را ولو واقعاً برای این سازمانها باشد ندارد و دخالت در حکومت است، جواب بدهد. این امر قطعی است. و آنچه از شما می خواهم در رتبۀ اول پیشنهاد مستقیم شما به دخالت وزارت اطلاعات و رسیدگی به این امور است. و اگر برای شما محذور دارد، به طوری که تکلیف شرعی از شما ساقط است، سکوت است. حتی در محافل خصوصی دفاع از یک همچو شخصی که خطر برای حیثیت شما است و احتمال فساد و خونریزی بیگناهان است سَم قاتل است. باید تمام فعالیتها که به اسم کمک به سازمانهای به اصطلاح آزادیبخش است قطع شود، و تمام کسانی که در این امور دخالت داشته اند محاکمه شوند.
و آنچه مسلّم است و مایه تأسف، حسن ظن جنابعالی به اعمال و افعال و گفته ها و نوشته هاست که به مجرد وصول به شما ترتیب اثر می دهید و در مجمع عمومی صحبت می کنید و به قوۀ قضاییه و غیره سفارش می دهید. و من از شما، که دوست صمیمی سابق و حال من هستید و مورد علاقۀ ملت، تقاضا می کنم که با اشخاص صالح آشنا به امور کشور مشورت نمایید، پس از آن ترتیب اثر بدهید، تا خدای نخواسته لطمه به حیثیت شما، که برگشت به حیثیت جمهوری است، نخورد. آزادی بی رویّۀ چند صد نفر منافق، به دستور هیأتی که با رقت قلب و حسن ظنشان واقع شد، آمار انفجارها و ترورها و دزدیها را بالا برده است. «ترحم بر پلنگ تیز دندان ـ ستمکاری بود بر گوسفندان».
من تأکید می کنم که شما دامن خود را از ارتباط با سید مهدی پاک کنید که این راه بهتر است؛ و الاّ هیچ عکس العملی در رسیدگی به امر او از خود نشان ندهید که رسیدگی به امر جنایاتِ مورد اتهام حتمی است. سلامت و توفیق جنابعالی را خواهانم.
۱۲ مهر ماه ۶۵
روح الله الموسوی الخمینی"
۱ـ سید مهدی هاشمی پیش از پیروزی انقلاب با همدستی چند تن از طرفدارانش در بخش «قهدریجان» اصفهان به اتهام قتل آقای شمس آبادی امام جماعت مسجد «سید» اصفهان و چند نفر دیگر دستگیر و در دادگاه جنایی اصفهان در اسفند ماه سال 1355 محاکمه شد. وی پس از پیروزی انقلاب آزاد شد و تحت عنوان کمک به سازمانهای آزادیبخش سمتهایی را احراز کرد. او سپس به اتهام چند فقره قتل و جنایت و ارتکاب اعمال دیگر تحت تعقیب قرار گرفت و پس از دستگیری و اعتراف به قتلهای تکان دهنده ـ که اعترافات وی از سیمای جمهوری اسلامی ایران پخش شد ـ محاکمه و به اعدام محکوم شد و حکم صادره نیز اجرا شد. یادآور می شود حمایت آقای منتظری از ایشان ـ علی_'رغم تذکرات مکرر امام خمینی و دلسوزان انقلاب ـ که به دلیل نفوذ همفکران وی در بیت آقای منتظری، بویژه تلاشهای سید هادی هاشمی ـ داماد آقای منتظری و برادر سید مهدی هاشمی ـ یکی از دلایل متعددی بود که سرانجام منجر به برکناری ایشان از قائم مقامی رهبری شد.
(صحیفه امام؛ ج ۲۰، ص ۱۳۶-۱۳۸)