پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران، ضرورت تحول و تاسیس نهادهای حقوقی، سیاسی فرهنگی کشور متناسب با وضعیت جدید، امری انکارناپذیر محسوب می شد. نهادهایی که بتوانند همسو با شعارهای انقلاب نیازهای جامعه انقلابی را در ابعاد مختلف برآورده کنند تا ملت انقلابگر نتیجه تلاشهای خود را مشاهده و در ادامه مسیر انقلاب خود همواره پایداری و مجاهدت نمایند. در این راستا ایجاد نهادی که در مورد مسائل فرهنگی و آموزشی کشور تصمیم گیر تاثیرگذار و قادر بر تصفیه فضای فرهنگی کشور از وجود عناصر مخرب و پاکسازی نهادهای علمی کشور از مظاهر ضد دینی و فرهنگی باشد. ضرورتی آشکار و غیرقابل انکار تلقی می شد. از این رو مدیریت مدبرانه امام خمینی ایشان را بر آن داشت تا در تاریخ ۲۳ / ۳ / ۱۳۵۹ فرمان تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی را صادر کرده و ضمن آن خط مشی و وظایف آن ستاد را معین و افراد صاحب نظری را به عضویت در آن منصوب نمایند. (امام خمینی؛ ۱۳۷۶، ج ۱۲، ۳۴۱)
در آغاز از نام این نهاد بر می آمد که این ستاد جنبه موقتی داشته است و پس از مدتی به حیات خود خاتمه دهد؛ لکن از آنجا که همواره حفظ فرهنگ و شئونات اسلامی و انقلابی اصلاح دانشگاهها و مدارس و بازنگری کتب و متون آموزشی یکی از اهداف و استراتژیهای بلند مدت نظام جمهوری اسلامی ایران بوده است و خودکفایی در زمینه های مختلف، به ویژه خودکفایی علمی و فرهنگی، جزء آرمانهای اصلی این نظام می باشد، حضرت امام بر آن شد تا به انگیزه استمرار بخشیدن به حیات ستاد و وسعت دادن به گستره فعالیت آن، طی فرمانی دیگر، در تاریخ ۱۹ / ۹ / ۱۳۶۳ شورای عالی انقلاب فرهنگی را بنیان گذاری نماید.
ایشان در این فرمان، ضمن آنکه از جریان رو به بهبود فرهنگ کشور و اسلامی شدن دانشگاهها و کوتاه شدن دست اجانب از کشور و حرکت سازندگی در تمام ابعاد کشور، ابراز رضایت و خرسندی می نماید. برای هر چه بارورتر شدن انقلاب اسلامی در سطح کشور تقویت ستاد انقلاب فرهنگی را لازم می داند و بدین منظور علاوه بر اعضای موجود ستاد اشخاص دیگری از جمله روسای قوای سه گانه را به عضویت آن منصوب کرد و شورایعالی انقلاب فرهنگی را با رسالتها و ماموریتهای جدیدی مواجه نمود.
تشکیل شورای عالی انقلاب فرهنگی به عنوان یک نهاد تصمیم گیر و زمینه مهندسی علمی و فرهنگی و اسلامی کشور ناشی از اختیارات ولی فقیه در تاسیس نهادهای مورد نیاز حکومت اسلامی بوده و بدین ترتیب جایگاه ولایی یافته است و این جایگاه منافاتی با حقوقی بودن این نهاد ندارد به عبارت روشنتر این شورا نهادی ولایی و حقوقی است. مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی از قدرت اجرایی کافی و باتوجه به حکم ولایی حضرت امام از ضمانت اجرایی لازم برخوردار بوده و همه دستگاهها مکلفند با رعایت قانون اساسی و قوانین مصوب مجلس آنها را اجرا نمایند. نظارت بر حسن اجرای مصوبات شورا نیز بر عهده خود شورا می باشد.