آیت الله سعیدی روز ۱۱ خرداد ۱۳۴۹ به زندان انتقال یافت و در ۲۰ خرداد به طرز بسیار وحشیانه ای در تاریک خانه زندان به شهادت رسید. شهادت آیت الله سعیدی، سبب پدید آمدن خشم و اندوه در میان اقشار مذهبی و حوزه های علمیه شد. امام خمینی (س) هم پس از شنیدن خبر شهادت آیت الله سعیدی، پیامی فرستادند و در بخشی از پیام خود فرمودند:
«من شهادت فجیع این سید بزرگوار و فداکار را که برای حفظ مصالح مسلمین و خدمت به اسلام، جان خود را از دست داد، به ملت اسلام عموماً و خصوصاً به ملت ایران تعزیت می دهم و از خداوند متعال رفع ید دستگاه جبار و عمال کثیف استعمار را مسألت می نمایم.»
صحیفه امام، ج ۲، ص ۲۷۷
نامه ای که وی در روز ۳۰ خرداد ۱۳۴۴ به حضرت امام نوشته است، از بهترین سندهای دلدادگی به حضرت امام (س) است تا آنجا که این بزرگوار حتی جان خود را بر سر این پیمان نهاد. متن نامه مذکور را در ادامه می خوانید:
بسم الله الرحمن الرحیم
محضر انور حضرت مستطاب آیت الله العظمی آقای خمینی مدظله العالی سیدی! جانم، روح و روانم ای آمالم بالاخره همه چیزم (با آنکه هیچ است) فدای غبار نعلین شما. دیروز به مناسبتی وعده دادند که نامه را رد کرده و جوابش را خواهیم رسانید، حقیر از این بشارت خرسند شده و استفاده کردم و بدین وسیله عرض ارادت نموده امیدوارم وسایط به وعده وفا کنند و ما را به دست خط مبارکت احیا کنند. مولای من گویا علو همتت مانع شد از اینکه به همان مقداری که بقیۀ نواب ولی امر(عج) نمونۀ آن بزرگوارند اکتفا کنی خواستی به تمام معنی نمونه باشی هم قیام کردی به حق و هم غیبت کردی به دو غیبت، ولی امیدوارم در جهت اخیر به عکس آن بزرگوار علیه السلام رفتار کنی و غیبت اول را کبری قرار دهی و بیش از این دل شیعیان را خون نکنی. قسم به خدایی که قدرت نمایی کرد و خمینی عزیز را آفرید حاضرم معامله کنم یک لحظه دیدارت را به قیمت جانم ولی می دانم ثمن بخس است. معامله عزیزی است لکن اگر باب معامله ضیق است باب لطف وسیع است. امیدوارم به همین زودی با فرزند عزیزت سرور ما و رهبر جوانان متدین و غیور شیعه جناب آقای مصطفی خمینی مدظله به ایران و حوزه علمیه را روشن و عزیز کنید و تا جسم بی جان متلاشی نشده روح و روانش بخشید. ارادتمندان سالم و مسلمند. به تازگی یک عدد بر غلامان شما افزوده شده و لقبش را روح الله گذاشتم و دل خود را به او تسلی می دهم.
والسلام علیکم و علی ولدکم العزیز و رحمة الله و برکاته
منبع: سر دلبری؛ ص ۱۰۵ - ۱۰۶