روز ۶ تیر ۱۳۶۰ در حالی‌که آقای خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران بعد از نماز ظهر به ایراد سخنرانی و پاسخ به سؤالات حاضران مشغول بود بر اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت از سوی تروریستهای منافق کار گذاشته شده بود، بشدت مجروح شد. با دعای امام و تلاش بی‌وقفۀ پزشکان، خوشبختانه ایشان از این سوءقصد جان سالم به در بردند هر چند که بر اثر این حادثه یک دست ایشان سلامتش را باز نیافت.
امام خمینی(س) بنیانگذار انقلاب اسلامی ایران(س) هفتم تیرماه 1360 در پی ترور حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی - که در آن زمان نماینده امام خمینی در شورایعالی دفاع و امام جمعه تهران بودند - پیامی صادر کردند. در متن این پیام آمده است:
« بسم اللَّه الرحمن الرحیم
جناب حجت الاسلام آقاى حاج سید على خامنه اى- دامت افاضاته.
خداوند متعال را شکر که دشمنان اسلام را از گروهها و اشخاص احمق قرار داده است، و خداوند را شکر که از ابتداى انقلاب شکوهمند اسلامى هر نقشه که کشیدند و هر توطئه که چیدند و هر سخنرانى که کردند ملت فداکار را منسجم تر و پیوندها را مستحکم تر نمود و مصداق «لا زال یُؤیّدُ هذا الدّین بالرجل الفاجر» تحقق پیدا کرد. اینان هر جا سخن گفتند خود را رسواتر کردند و هر چه مقاله نوشتند ملت را بیدارتر نمودند و هر چه شخصیتها را ترور نمودند قدرت مقاومت را در صفوف فشرده ملت بالاتر بردند. اکنون دشمنان انقلاب با سوء قصد به شما که از سلاله رسول اکرم وخاندان حسین بن على هستید و جرمى جز خدمت به اسلام و کشور اسلامى ندارید و سربازى فداکار در جبهه جنگ و معلمى آموزنده در محراب و خطیبى توانا در جمعه و جماعات و راهنمایى دلسوز در صحنه انقلاب مى باشید، میزان تفکر سیاسى خود و طرفدارى از خلق و مخالفت با ستمگران را به ثبت رساندند. اینان با سوء قصد به شما عواطف میلیونها انسان متعهد را در سراسر کشور بلکه جهان جریحه دار نمودند. اینان آن قدر از بینش سیاسى بى نصیبند که بى درنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پیشگاه ملت به این جنایات دست زدند، و به کسى سوء قصد کردند که آواى دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین انداز است. اینان در این عمل غیر انسانى به جاى برانگیختن و رعب، عزم میلیونها مسلمان را مصمم تر و صفوف آنان را فشرده تر نمودند. آیا با این اعمال وحشیانه و جرایم ناشیانه وقت آن نرسیده است که جوانان عزیز فریب خورده از دام خیانت اینان رها شوند و پدران و مادران، جوانان عزیز خود را فداى امیال جنایتکاران نکنند و آنان را از شرکت در جنایات آنان بر حذر دارند؟ آیا نمى دانند که دست زدن به این جنایات، جوانان آنان را به تباهى کشیده و جان آنان به دنبال خودخواهى مشتى تبهکار از دست مى رود؟
ما در پیشگاه خداوند متعال و ولى بر حق او حضرت بقیة اللَّه- ارواحنا فداه- افتخار مى کنیم به سربازانى در جبهه و در پشت جبهه که شبها را در محراب عبادت و روزها را در مجاهدت در راه حق تعالى به سر مى برند. من به شما خامنه اى عزیز، تبریک مى گویم که در جبهه هاى نبرد با لباس سربازى و در پشت جبهه با لباس روحانى به این ملت مظلوم خدمت نموده، و از خداوند تعالى سلامت شما را براى ادامه خدمت به اسلام و مسلمین خواستارم. و السلام علیکم و رحمة اللَّه و برکاته.
روح اللَّه الموسوی الخمینى
( صحیفه امام، ج14، ص: 503 و504)