احترام متواضعانه امام خمینی به حضرت معصومه(س) و مقدسات دینی شاهد این بود که ایشان حریم مقدسات را بسیار حفظ می‌کردند و با خلوص و پاکی فوق‌العاده‌ای از آن‌ها بهره می‌گرفتند. امام خمینی(س) کنار مرقد مطهر حضرت معصومه(س) می‌آمدند و با کمال تواضع و خصوع ضریح را می‌بوسیدند.
امام خمینی(س) یکی از قصاید خود که با عنوان «مدیحه نورین نیرین، فاطمه الزهرا و فاطمه معصومه(س)» سروده‌اند را تقدیم ساحت ملکوتی این بانوی بزرگوار اسلام کرده‌اند. متن این قصیده به شرح زیر است:
...
نور خدا در رسول اکرم(ص) پیدا؛ کرد تجلی ز وی به حیدر صفدر
وز وی تابان شده به حضرت زهرا(س)؛ اینک ظاهر ز دخت موسی جعفر
این است آن نور کز مشیت «کن» کرد؛ عالم، آنکو به عالم است منور
این است آن نور کز تجلی قدرت؛ داد به دوشیزگان هستی زیور
شیطان، عالم شدی اگر که بدین نور؛ ناگفتی آدم است خاک و من آذر
آبروی ممکنات جمله از این نور؛ گر نبدی باطل آمدند سراسر
جلوه این خود عرض نمود عرض را؛ ظلش بخشود جوهریت جوهر
...
دختر چون این دو از مشیمه قدرت؛ نامد و ناید دگر هماره مقدر
آن یک، امواج علم را شده مبدأ، وین یک افواج حلم را شده مصدر
آن یک موجود از خطابش مجلی؛ وین یک معدوم از عقابش مستر
آن یک بر فرق انبیاء شد هتارک؛ وین یک اندر سر اولیا را مَغفَر
آن یک در عالم جلالت، کعبه؛ وین یک در ملک کبریایی مَشعَر
لم یلدم بسته لب و گرنه بگفتم، دخت خدایند این دو نور مطهر
آن یک بر ملک لایزالی، تارک؛ وین یک بر عرش کبریایی، افسر
...
آن یک خاک مدینه کرده مزین؛ صفحه قم را نموده این یک، انور
خاک قم این کرده، از شرافت، جنت؛ آب مدینه نموده آن یک، کوثر
عرصه قم غیرت بهشت برین است؛ بلکه بهشتش یساولی است برابر
زیبد اگر خاک قم به عرش کند، فخر؛ شاید گر، لوح را بیابد همسر
خاکی عجیب خاک، آبروی خلایقغ ملجأ بر مسلم و پناه به کافر
...
منبع: دیوان حضرت امام صفحات 253 - 257