چند روز پس از کشتار وحشیانه 17 شهریور امام خمینی از تبعید گاهشان در نجف با ارسال پیامی خطاب به ملت ایران این واقعه را تسلیت گفتند و بر لزوم ادامه مبارزه تاکید کردند و فرمودند:
«وقتی شما را ای فرزندان عزیز اسلام، خداوند متعال تسلیت می دهد، آیا باز هم محتاج به تسلیتید؟
خداوند- عز و جل- می فرماید: بشارت بده صبرکنندگان را؛ کسانی که هر مصیبتی می بینند به حساب خدا تحمل می کنند و می گویند ما همه برای خدا خلق شده ایم، برای خدا زندگی می کنیم، و وقتی بمیریم از بین نمی رویم بلکه به سوی خدای مهربان برمی گردیم. صلوات و رحمت خدا بر ایشان؛ اینها هستند که به آرزوی انسانی رسیده اند. مع ذلک من به نیابت حضرت ولی عصر امام زمان به همه مسلمانان جهان مصیبت چهارم شوال سال 98 ه. ق (17 شهریور) را خاصه به خانواده های داغدار تسلیت می گویم، و در عین حال تبریک. و خدا شاهد است مصطفای من تنها آن نبود که سالش نزدیک است، بلکه همه به خاک و خون کشیده های حادثه شوال، مصطفاهای من بوده اند. من این استقامت را و این فیض شهادت را که خداوند متعال نصیب فرزندانم فرمود به پدران و مادران و همه بستگانشان تبریک می گویم. و چنین کشته شدنی که افتخار دارد، بزرگترین آرزوی من است و شاید نزدیک باشد. ... عزت و ثروت دست خداست. از مرگ نترسید که حیات و ممات به دست خداست. تعطیل را ادامه دهید که فرج نزدیک است.
(صحیفه امام، ج3، 63 )