اعضاى هیأت مرکزى گزینش وزارت فرهنگ و آموزش عالى و هیأت مرکزى گزینش ستاد و شوراى مرکزى پذیرش دانشگاه ها شامل آقایان محفوظى، فرهادى، ادریسیان، رهبر، مظفرى، زاهدى، موسوى نژاد طى نامه اى در مورخ 16/ 12/ 63 به محضر امام خمینى اظهار داشتند:
« ... حضرت عالى در پیام حیاتبخش 22 بهمن بعد از مسئله جنگ تحمیلى اهمیت دانشگاهها را ابلاغ فرمودید. ولى با کمال تأسف مشاهده مى گردد که روند کنونى دانشگاه ها و مراکز آموزش عالى به گونه اى است که ما را هر چه بیشتر به افکار غرب زدگان و شرق زدگان و بازماندگان فرهنگ طاغوت وابسته تر مى سازد ...»
در پایان این نامه آمده است:
« ... مسائلى همچون حذف نیروهاى متعهد و مسلمان دانشگاهى در همه سطوح از صحنه فعالیت هاى آموزشى- فرهنگى نیز آشکارا تحقق پذیرفته و در نتیجه این حذف، فساد و فحشا و غربزدگى به طور واضح روزبه روز اوج مى گیرد. همان طور که در ابتداى مطالب عرض شد این جانبان آینده امور فرهنگى و دانشگاهى کشور را در خطر جدى دانسته و این امر را ناشى از ضعف و عدم توجه مسئولین وزارت مربوطه و دست اندرکاران امور دانشگاهى مى داند و لذا بر حسب وظیفه شرعى مصدع اوقات شریف جنابعالى گردیدیم. امید است که امام بزرگوارمان مطالب معروضه را از جایگاه صداقت و خلوص فرزندان خود پذیرفته و همچون گذشته ما را ارشاد فرمایند»
حضرت امام نیز در نامه ای به شورای عالى انقلاب فرهنگى خواستار رسیدگى جدى به گزینش اساتید و دانشجویان شدند و چنین مرقوم داشتند:
بسمه تعالى
شورای عالى انقلاب فرهنگى
آنچه در این گزارش مذکور است موجب کمال نگرانى است. ما نباید امور دانشگاه ها را یک مطلب عادى فرض کنیم، که دانشگاه ها ممکن است همه چیز انقلاب را به هم بزنند. لذا لازم است در این مسائل رسیدگى جدى شود. خصوصاً راجع به گزینش اساتید و دانشجویان، مقرر دارید مسائل را با کمال دقت پیگیرى نمایند که مبادا خداى نخواسته دانشگاه مرکز تاخت و تاز مخالفین نظام جمهورى اسلامى شود.
- 26 اسفند 63
روح اللَّه الموسوی الخمینى
(صحیفه امام، ج19، ص: 187)