پس از رحلت یادگار حضرت امام در اسفند 1373 و بنا به وصیت ایشان، حجت الاسلام والمسلمین سید حسن خمینی مسئولیت اداره مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام و تولیت آستان حضرت امام را برعهده گرفتند. ایشان در اردیبهشت 1374 طی نامه ای از محضر رهبر معظم انقلاب اسلامی تقاضای تنفیذ حکم پدر را نمودند. متن نامۀ ایشان و پاسخ مقام معظم رهبری بدین شرح است:
محضر مبارک حضرت آیت اللَّه خامنه اى رهبر بزرگوار انقلاب اسلامى دام ظله العالى
با عرض سلام و تقدیم مراتب تشکر خویش و خانواده داغدیده خمینى(سلامالله علیه) از حضور حضرتعالى که همواره لطف و محبت هایتان تسلى بخش جانهاى خسته ما بوده است. همانگونه که مستحضرید، اینجانب به واسطه وصیت پدرم حضرت حجت الاسلام والمسلمین سیداحمد خمینى به عنوان تولیت مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام و حرم مطهر حضرتش منصوب گشته ام. ولیکن از آنجا که همه امور را بنا به فتواى امام راحل به مقام شامخ ولایت مى دانم و همواره بر این اعتقادم که این نظام مقدس در پرتو ولایت مطلقه فقیه و گام نهادن در مسیر اندیشه هاى تابناک خمینى کبیر مى تواند از مرزهاى موجود فراتر رفته و به لطف الهى نجات بخش انسانیت از ورطه هلاکت و ظلمت باشد، لذا از محضر مبارک حضرتعالى تقاضا مىکنم در صورت صلاحدید، وصیت آن عزیز سفر کرده را تنفیذ فرمایید. فرزند کوچک شما سیدحسن خمینى
بسم الله الرحمن الرحیم
با طلب رحمت و مغفرت براى پدر گرامى شما و برادر عزیز ما مرحوم حجت الاسلام والمسلمین سیداحمد آقا طاب ثراه وصیت مزبور را تنفیذ مى کنم و توفیقات الهى را براى شما صمیمانه مسألت مى نمایم. والسلام علیکم،سیدعلی خامنه ای، 21 ذی القعده 1415، 2/2/1374