یکی از مراکز وابسته به مؤسسه که فعالیتهای ارزشمند آکادامیک را دنبال می کند پژوهشکده امام خمینى و انقلاب اسلامى است. پژوهشکده امام خمینى(س) و انقلاب اسلامى، وابسته به مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینى(س) با هدف پژوهش در جوانب مختلف حیات و اندیشه حضرت امام و معرفى دیدگاههاى ایشان در ابعاد مختلف، و انقلاب اسلامى ایران و همچنین تربیت محقق در این زمینه در سال 1375، آغاز به کار کرد.
تأسیس این پژوهشکده مرهون دوراندیشى مرحوم حجتالاسلام والمسلمین سیداحمد خمینى به منظور گسترش پژوهش هاى کمى و کیفى در خصوص آرمانها و اندیشه حضرت امام(س) بوده است. این پژوهشکده هم اکنون داراى پنج گروه تخصصى آموزشى ـ پژوهشى شامل فقه و مبانى حقوق اسلامى، اندیشه سیاسى در اسلام، جامعه شناسى انقلاب اسلامى، تاریخ انقلاب اسلامى و عرفان اسلامى است که در مقطع کارشناسى ارشد و دکترى دانشجو مىپذیرد.
برخى از فعالیتها و خدمات پژوهشى در پژوهشکده که عمدتاً در حوزه تخصصى امام و انقلاب انجام مىگیرد به شرح زیر مىباشد:
اجراى طرحهاى پژوهشى در حوزه تخصصى امام و انقلاب؛ تألیف و ترجمه مقالات؛ برگزارى جلسات سخنرانى و سمینارهاى علمى؛ انتشار فصلنامه تخصصى پژوهشکده تحت عنوان «متین»؛ انتشار کتاب و پایان نامه هاى مرتبط با امام و انقلاب؛ راه اندازى و به روز کردن سایت اینترنتى تخصصى پژوهشکده؛ راه اندازى و تشکیل کتابخانه تخصصى امام خمینى و انقلاب اسلامى در پژوهشکده؛ حمایت از پایان نامه هاى مرتبط با امام و انقلاب در کلیه دانشگاههاى کشور؛ تأسیس کتابخانه تخصصى در حوزه امام و انقلاب.