پنجم مردادماه سال ۱۳۵۸ اولین نماز جمعه تهران به امامت آیت الله طالقانی اقامه شد، اما عمر آن مجاهد نستوه در فاصله ای کوتاه و در ۱۹ شهریور همان سال به پایان رسید. دومین امام جمعه تهران نیز آیت الله منتظری بود که در فاصله کوتاهی بعد از انتصاب به قم رفت و از امامت جمعه تهران استعفا کرد. امام خمینی در روز 24 دی ماه همان سال طی حکمی خطاب به آیت الله خامنه ای، ایشان را به سمت امامت جمعه تهران منصوب کردند. متن حکم امام بدین شرح بود:
«بسم الله الرحمن الرحیم
خدمت جناب مستطاب سید الاعلام و حجت الاسلام آقای حاج سید علی خامنه ای- دامت افاضاته
چون حضور جناب مستطاب حجت الاسلام و المسلمین آقای منتظری- دامت افاضاته- در حوزه مقدسه قم لازم بود و ایشان انصراف خودشان را از امامت جمعه تهران اعلام نمودند، جنابعالی که بحمد الله به حُسن سابقه موصوف و در علم و عمل شایسته هستید به امامت جمعه تهران منصوب می باشید. از خداوند متعال، توفیق جنابعالی را در ارشاد و هدایت مردم خواستارم.
و السلام علیکم و رحمة الله.
25 صفر 1400 / 24 دی ماه 58
روح الله الموسوی الخمینی»
صحیفه امام؛ ج 12، ص 116