با وجود پیش‌بینی نهادها و سازمان‌های گوناگون زمامداری، براساس نظام تفکیک قوا با نظارت رهبری و تعیین حقوق و وظایف هر یک در قانون اساسی 1358، تجربه چندین ساله نشان داد که انجام وظیفه و اتخاذ تصمیم در برخی از امور با رعایت کامل قانون به راحتی قابل اعمال نیست. در این مدت، بن‌بست‌ها و تنش‌هایی در کشور به وجود آمد که حل و فصل و رفع آن برای تثبیت اصل نظام ضروری می‌نمود. «مجمع تشخیص مصحلت نظام» نهادی است که پس از پاره‌ای چاره‌جویی‌های موردی با ابتکار و به موجب فرمان 1366/11/17 امام خمینی(س) تأسیس شد و در بازنگری قانون اساسی در سال 1368 جایگاه قانونی یافت. در ادامه متن کامل نامه مسئولین وقت نظام به بنیانگذار جمهوری اسلامی و پاسخ ایشان از نظر می گذرد:
بسمه تعالى
محضر مقدس رهبر عظیم الشأن، حضرت آیت اللَّه العظمى امام خمینى- دامت برکات وجوده الشریف
در سایه اظهارات اخیر آن وجود مبارک، از لحاظ نظرى مشکلاتى که در راه قانونگذارى و اداره جامعه اسلامى به چشم مىخورْد برطرف شده؛ و همان گونه که انتظار مىرفت این راهنماییها مورد اتفاق نظر صاحبنظران قرار گرفت. مسئلهاى که باقى مانده شیوه اجرایى اعمال حق حاکم اسلامى در موارد احکام حکومتى است. در حال حاضر لوایح قانونى ابتدا در وزارتخانههاى مربوط، و سپس در کمیسیون مربوط در دولت، و سپس در جلسه هیأت دولت مورد شور قرار مىگیرد. و پس از تصویب در مجلس، معمولًا دو شور در کمیسیونهاى تخصصى دارد، که با حضور کارشناسان دولت و بررسى نظرات متخصصان، که معمولًا پس از اعلام و انتشار به کمیسیونها مىرسد، انجام مىشود. و معمولًا یک لایحه در چند کمیسیون، به تناسب مطالب، مورد بررسى قرار مىگیرد. و دو شور هم در جلسه علنى دارد، که همه نمایندگان و وزرا یا معاونان وزارتخانههاى مربوط در آن شرکت مىکنند، و به تناسب تخصصها اظهار نظر مىکنند و پیشنهاد اصلاحى مىدهند. و اگر کار به صورت طرح شروع شود، گرچه ابتدا کارشناسى دولت را همراه ندارد، ولى در کمیسیونها و جلسه عمومى، همانند لوایح، کارشناسان مربوط نظرات خود را مطرح مىکنند. پس از تصویب نهایى، شوراى نگهبان هم نظرات خود را در قالب احکام شرعى یا قانون اساسى اعلام مىدارد که در مواردى مجلس نظر آنها را تأمین مىنماید. و در مواردى از نظر مجلس قابل تأمین نیست، که در این صورت مجلس و شوراى نگهبان نمىتوانند توافق کنند. و همین جاست که نیاز به دخالت ولایت فقیه و تشخیص موضوع حکم حکومتى پیش مىآید. گرچه موارد فراوانى از این نمونهها در حقیقت اختلاف ناشى از نظرات کارشناسان است که موضوع احکام اسلام یا کلیات قوانین اساسى را خلق مىکند. اطلاع یافتهایم که جنابعالى در صدد تعیین مرجعى هستید که در صورت حل نشدن اختلاف مجلس و شوراى نگهبان، از نظر شرع مقدس یا قانون اساسى یا تشخیص مصلحت نظام و جامعه حکم حکومتى را بیان نماید. در صورتى که در این خصوص به تصمیم رسیده باشید، با توجه به اینکه هم اکنون موارد متعددى از مسائل مهم جامعه بلاتکلیف مانده، سرعت عمل مطلوب است. عبد الکریم موسوى- سید على خامنهاى- احمد خمینى- میر حسین موسوى- اکبر هاشمى رفسنجانى].
بسم اللَّه الرحمن الرحیم
گرچه به نظر این جانب پس از طى این مراحل زیر نظر کارشناسان، که در تشخیص این امور مرجع هستند، احتیاج به این مرحله نیست، لکن براى غایت احتیاط، در صورتى که بین مجلس شوراى اسلامى و شوراى نگهبان شرعاً و قانوناً توافق حاصل نشد، مجمعى مرکب از فقهاى محترم شوراى نگهبان و حضرات حجج اسلام: خامنهاى، هاشمى، اردبیلى، توسلى، «1» موسوى خوئینىها، و جناب آقاى میر حسین موسوى، و وزیر مربوط، براى تشخیص مصلحت نظام اسلامى تشکیل گردد؛ و در صورت لزوم از کارشناسان دیگرى هم دعوت به عمل آید و پس از مشورتهاى لازم، رأى اکثریتِ اعضاى حاضرِ این مجمع مورد عمل قرار گیرد. احمد «2» در این مجمع شرکت مىنماید تا گزارش جلسات به این جانب سریعتر برسد.
حضرات آقایان توجه داشته باشند که مصلحت نظام از امور مهمهاى است که گاهى غفلت از آن موجب شکست اسلام عزیز مىگردد. امروز جهان اسلام نظام جمهورى اسلامى ایران را تابلوى تمام نماى حل معضلات خویش مىدانند. مصلحت نظام و مردم از امور مهمهاى است که مقاومت در مقابل آن ممکن است اسلام پابرهنگان زمین را در زمانهاى دور و نزدیک زیر سؤال برد، و اسلام امریکایى مستکبرین و متکبرین را با پشتوانه میلیاردها دلار توسط ایادى داخل و خارج آنان پیروز گرداند. از خداى متعال مىخواهم تا در این مرحله حساس آقایان را کمک فرماید. به تاریخ 17 بهمن ماه 1366 (صحیفه امام، ج20، ص: 463- 465)