شهید آیت الله مهدی شاه آبادی از نزدیکان به بیت بنیانگذار انقلاب اسلامی بوده و دوستی بسیار نزدیکی با امام راحل و فرزند گرانقدرشان، مرحوم آقا مصطفی خمینی داشتند. آقاى میرزا محمد على شاه آبادى، پدر شهید مهدى شاه آبادى، از عارفان وارسته بود که امام خمینى سالها از محضر ایشان کسب فیض کرده اند. شهید بزرگوار آقاى مهدى شاه آبادى، روحانى مبارز و نماینده مردم تهران در دوره دوم مجلس شوراى اسلامى در تاریخ ششم اردیبهشت 1363 هنگام بازدید از جبهه هاى جنگ تحمیلى در جزیره مجنون بر اثر اصابت ترکش گلوله توپ متجاوزان بعثى به شهادت رسید.
بنیانگذار جمهوری اسلامی با ابراز تاسف و تاثر از شهادت جانگداز این عالم بزرگوار در این خصوص پیامی صادر فرمودند. متن پیام حضرت امام خمینی(س) به مناسبت شهادت آیت الله مهدی شاه آبادی بدین شرح است:
بسم اللَّه الرحمن الرحیم
إنا للَّه و إِنّاإلیه راجعون
با کمال تأسف و تأثر شهادت استادزاده محترم، جناب حجت الاسلام، آقاى آقا شیخ مهدى شاه آبادى، را به پیشگاه معظّم حضرت بقیة اللَّه، أرواحنا لمقدمه الفداء، تبریک و تسلیت عرض مى کنم. مبارک باد بر آن حضرت چنین فداکاران و جانبازان در راه هدف بزرگ و اسلام عزیز، که با شهادت افتخارآمیز خود ملت عظیم الشأن ایران، بویژه روحانیت عالیقدر، را سرفراز مى نمایند. این شهید عزیز علاوه بر آنکه خود مجاهدى شریف و خدمتگزارى مخلص براى اسلام بود و در همین راه به لقاء اللَّه پیوست، فرزند برومند شیخ بزرگوار ما بود، که حقاً حق حیات روحانى به این جانب داشت، که با دست و زبان از عهده شکرش برنمى آیم. از خداوند متعال براى این شهید سعید و سایر شهداى در راه اسلام رحمت در جوار خود، و براى فامیل معظّم و حضرات آقازادگان محترم شاه آبادى، دامت افاضاتهم، صبر و اجر عظیم خواستارم.
روح اللَّه الموسوی الخمینى
(صحیفه امام، ج18، ص: 407)