حزب جمهوری اسلامی که بر اساس احساس نیاز به تشکل فراگیر از نیروهای انقلاب اسلامی و انسجام و انتظام آنها و به منظور گسترش آگاهی های انقلابی و تربیت کادرهای فعال کارآمد برای اداره کشور و خنثی سازی توطئه های تشکیل شده بود، بر اثر عواملی نظیر اختلافات درون حزبی و نارضایتی هایی از رویه ها و عملکردها، موجب نارضایتی حضرت امام و نهایتا تعطیل آن شد. بر همین اساس در تاریخ ۱۱ خرداد ۱۳۶۶ سران حزب در نامه ای خطاب به حضرت امام و بنا به مصلحت انقلاب، تعطیلی حزب و توقف فعالیت های آن را خواستار شدند که حضرت امام موافقت خود را اعلام داشتند::
[بسم الله الرحمن الرحیم. محضر مبارک مرجع عالیقدر و رهبر کبیر انقلاب، حضرت امام خمینی - مد ظله العالی
همان طور که آن رهبر عزیز اطلاع دارند، تأسیس «حزب جمهوری اسلامی» از طرف هیأت مؤسس با مشورت آن مقام معظم و در شرایطی انجام شد که نیاز به یک تشکل در برابر انبوه مسائل در آغاز انقلاب و لزوم انسجام و انتظام نیروهای آگاه و مؤمن و گسترش آگاهیهای انقلابی و تربیت کادرهای فعال و کارآمد برای اداره کشور و خنثی کردن توطئه گروهکها و عوامل دشمن خارجی و ضد انقلاب داخلی بشدت احساس می شد. این حزب در طول سالهای گذشته در حد توان خود به منظور تثبیت نظام جمهوری اسلامی و انجام تکالیف بزرگی که بر دوش خود حس می کرد، از هیچ کوششی فروگذار نکرد؛ و در کوران توطئه های چپ و راست با فداکاری و تقدیم شهدایی که بعضی از آنان چهره های برجسته و فراموش نشدنی انقلابند، از جمله شهدای هفتم تیر، نقاب از روی نفاق برانداخت و مظلومیت و حقانیت خط امام را به نمایش گذارد. «۱»
در طول جنگ تحمیلی، حزب جمهوری اسلامی در سراسر کشور به وظیفه اسلامی خود برای بسیج مردم و شرکت فعال در جبهه های نور عمل کرد، و جمعی از کادرها و اعضای آن در این جهاد مقدس به افتخار شهادت نایل آمدند. تعبد افراد این حزب به اسلام و اعتقاد راسخ آنان به ولایت فقیه، که خود عامل مهمی در کینه توزی ضد انقلاب بود، ایجاب می کرد که در مراحل و مقاطع مختلف انقلاب، با کسب رهنمودهایی از آن مقام معظم، حرکت حزب را تنظیم و سیاستهای آن را پی ریزی نمایند.
اکنون به فضل الهی نهادهای جمهوری اسلامی تثبیت شده و سطح آگاهی و درک سیاسی آحاد ملت انقلاب را از جهات عدیده آسیب ناپذیر ساخته و روشن بینی و توکل و قوّت اراده آن رهبر عالیقدر و فداکاری و آمادگی مردم حزب الله توطئه های ضد انقلاب داخلی و استکبار جهانی را بی اثر و کم خطر نموده است. لذا احساس می شود که وجود حزب، دیگر آن منافع و فواید آغاز کار را نداشته، و بعکس، ممکن است تحزّب در شرایط کنونی بهانه ای برای ایجاد اختلاف و دودستگی و موجب خدشه در وحدت و انسجام ملت گردد، و حتی نیروها را صرف مقابله با یکدیگر و خنثی سازی یکدیگر کند. لذا، همان طور که قبلًا نیز کراراً عرض شد، شورای مرکزی پس از بحث و بررسی مبسوط و مستوفی با اکثریت قاطع به این نتیجه رسید که مصلحت کنونی انقلاب در آن است که «حزب جمهوری اسلامی» تعطیل و فعالیتهای آن بکلی متوقف گردد.
مراتب برای استحضار و کسب رهنمود عالی معروض می گردد. و الامر إلیکم، و ادام الله بقائکم الشریف. سید علی خامنه ای - اکبر هاشمی رفسنجانی ].
بسمه تعالی
جنابان حجتی الاسلام آقای خامنه ای و آقای هاشمی - دام توفیقهما
موافقت می شود. لازم است تذکر دهم که حضرات آقایان مؤسسین محترم حزب، مورد علاقه این جانب می باشند. امیدوارم همگی در این موقع حساس با اتفاق و اتحاد در پیشبرد مقاصد عالیه اسلام و جمهوری اسلامی کوشا باشید. ضمناً تذکر می دهم که اهانت به هر مسلمانی چه عضو حزب باشد یا نه بر خلاف اسلام و تفرقه اندازی در این موقع از بزرگترین گناهان است. و السلام علیکما و رحمة الله.
۱۱ خرداد ۶۶
روح الله الموسوی الخمینی
(۱)- نخستین دبیرکل حزب جمهوری اسلامی شهید سید محمد حسینی بهشتی بود، پس از شهادت وی آقای سید علی خامنه ای به دبیرکلی حزب برگزیده شد.
(صحیفه امام؛ ج ۲۰، ص ۲۷۵ – ۲۷۶)