به دنبال نامه مرحوم حاج سید احمدآقا به حضرت امام(س) برای تعیین تکلیف آثار و متون باقی مانده از حضرت امام نظیر سخنرانیها، دست نوشته‌ها، اسناد مبارزاتی و حفظ نامه‌ها، پیامها، فیلم و نوارها، اشعار و همه آثار مکتوب، صوتی و تصویری امام و جلوگیری از تغییر و تحریف آنها حضرت امام خمینی(س) طی حکمی کلیه مسائل مربوط به خود را به فرزند گرامی‌شان ـ مرحوم حاج سید احمدآقا ـ واگذار کردند و این اولین سنگ بنای مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(س) گردید.
متن نامه سید احمد خمینی به حضرت امام در ادامه آورده شد سات:
بسم اللَّه الرحمن الرحیم. پدر عزیز و مراد بزرگوارم، پس از عرض سلام:
1- یکى از مسائل بسیار مهم که بعد از جنابعالى- خدا آن روز را نیاورد- موجب موضعگیریهاى مختلف فرزندان انقلاب و افراد گوناگون و محققین و احیاناً اختلاف آنها مى گردد، برداشتهاى گوناگون سیاسى و غیر سیاسى آنان از یک متن است، و از این بسیار گسترده تر، از اختلاف بین متون منتشرشده حضرت عالى با آنچه به عنوان اسناد سیاسى و غیره از صدا و فیلم و متنهاى دستنویس جنابعالى که منتشر نشده و در اختیار ماست سرچشمه مى گیرد. شما بهتر از هر کس مى دانید که به علل گوناگون گاهى خود شخصاً و گاهى این جانب و یا مسئولین و حتى بعض افراد معمولى پیشنهاد حذف یک قسمت و یا قسمتهایى از سخنرانیها، یا حذف و تغییر و اضافه جمله و یا جملاتى بسیار در اعلامیه ها خدمتتان عرضه شده است که حضرت عالى گاهى قبول نمى فرمایید و گاهى هم پس از دقت، دستور حذف و یا تغییر و اضافه را بدان صورت که مایل باشید صادر مى فرمایید که انجام مى گیرد، حال اگر روزى تصمیم بر این گردد- که حتماً مى گردد- متن سخنرانیها و یا اعلامیه ها و چیزهایى از این قبیل که با صدا و خط حضرت عالى است منتشر گردد مسلماً متن دستخط و یا متن اصلى صدا و فیلم به عنوان سند خدشه ناپذیر اصل قرار مى گیرد و آنچه از زیاد و کم بدان صورتى که گذشت و لو بسیار هم مهم باشد یا کنار گذاشته مى شود و یا تحت الشعاع خط و یا متن اصلى سخنرانى قرار مى گیرد و این از مسائلى است که باید جدى براى آن فکرى کرد.
2- یکى دیگر از مسائلى که خوب است حضرت عالى براى آن فکرى کنید این است که آنچه از حضرت عالى منتشر شده است در جراید و صدا و سیما و حتى در بولتنها، به یک صورت نیست، گاهى دیده شده در روزنامه اى و یا مجله اى به علل مختلف، چه سیاسى و چه غیر سیاسى و یا سهواً، جمله و یا جملاتى از لابلاى اعلامیه ها و یا سخنرانیها در روزنامه اى آورده شده و در روزنامه دیگر نیامده است، کدام را باید اصل قرارداد، آن متنى که این جمله را دارد و یا متنى که فاقد آن جمله است؟ بدیهى است این تردید در جایى است که دسترسى به صدا و خط حضرت عالى نیست و این هم بسیار است چرا که خیلى وقتها است که صحبتهاى جنابعالى را من و یا یکى دیگر از دوستان مى نویسیم و بعد از تصویب شما به مطبوعات و غیره مى دهیم، چه کسى باید تشخیص دهد آن جمله از حضرت عالى است یا نه؟
روشن است که گاهى تغییر و یا حذف و یا اضافه کلمه اى به طور کلى معناى جمله را تغییر مى دهد.
3- مسأله دیگر این است که تکلیف نامه ها و نوشته ها و پیامها و فیلم و نوارها و اشعارتان که بطور کلى منتشر نشده است و در بایگانى دفتر موجود است را هم روشن بفرمایید.
4- پرونده هاى حضرت عالى در ساواک است (که الآن در اختیار وزارت اطلاعات مى باشد) و یک نسخه از آن را این جانب در اختیار دارد، لازم است به اطلاع حضرت عالى برسانم که تنها پرونده هاى جنابعالى در سازمان امنیت شاه در تهران 48 جلد است که تقریباً هر جلد حدود پانصد صفحه مى باشد که انتشار آن بدون شک پرده از مسائل بسیارى برمى دارد و طبیعى است که یکى از گرانقدرترین اسناد انقلاب اسلامى است.
5- کتابها و نوشته هایى که صرفاً علمى و یا اخلاقى است از ارزشمندترین کتبى است که مى تواند زیربناى انقلاب فقهى، اخلاقى، فلسفى، عرفانى و اصولى باشد.
6- بهره بردارى و تحقیق و تحلیل و نیز انتشار اسناد و نامه ها و بولتنهایى که قبل و بعد از انقلاب به عنوان حضرت عالى و یا دفتر ارسال گردیده و هم اکنون نیز در اختیار دفتر مى باشد.
دو- سه نمونه از مواردى که باعث نوشتن این نامه شد به عنوان ضمیمه و استشهاد تقدیم مى گردد.
خدا یار و نگهدارتان باد.
فرزند شما: احمد خمینى
حضرت امام در پاسخ نوشتند:
بسم اللَّه الرحمن الرحیم
فرزند عزیزم، احمد- حفظه اللَّه تعالى و ایّده
از آنجا که شما را بحمد اللَّه تعالى در مسائل سیاسى و اجتماعى صاحبنظر مى دانم و در تمامى فراز و نشیبها در کنار من بوده اى و هستى و با صداقت و کیاست امور سیاسى و اجتماعى این جانب را متصدى هستى، لهذا شما را براى تنظیم و تدوین کلیه مسائل مربوط به خود- که بسا در رسانه هاى گروهى اختلافات و اشتباهاتى رخ داده است- انتخاب مى نمایم. و از خداوند متعال، که حاضر و ناظر است، توفیقات شما را خواستارم. امید است با صرف وقت و دقت نظر این امر را به پایان برسانى. و السلام علیکم.
پنجشنبه 17 شهریور 67/ 26 محرّم الحرام 1409
روح اللَّه الموسوی الخمینى
(صحیفه امام، ج 21، ص: 125- 127)