به دنبال شهادت شهید رجائی، حضرت آیت الله خامنه ای با رأی قاطع مردم ایران به عنوان سومین رئیس جمهور جمهوری اسلامی ایران برگزیده شد. به همین مناسبت و در روز عید سعید قربان، با حضور جمع زیادی از مسئولین و خانواده های شهدا و سایر مردم مراسم تنفیذ حکم ریاست جمهوری معظم له برگزار شد؛ در این مراسم ابتدا حاج سید احمد خمینی متن نامه های وزارت کشور و شورای نگهبان مبنی بر اعلام صحت انتخابات را قرائت نمود و سپس متن حکم امام در مورد تنفیذ انتخابات را برای حاضران خواند
زمان: ۱۷ مهر ۱۳۶۰ / ۱۰ ذی الحجه ۱۴۰۱
بسم الله الرحمن الرحیم
ما نَنْسَخْ مِنْ آیَةٍ أَوْ نُنْسِها نَأْتِ بِخَیْرٍ مِنْها أَوْ مِثْلِها «۱» گرچه دست جنایتکاران و منافقان، رئیس جمهور متعهد و مؤمنی را از ملت مجاهد ایران گرفت و یکی از خدمتگزاران صدیق را به شهادت رساند و ملت عزیز را از خدمت او، و او را از خدمت به ملت محروم کرد و گمان کرد که با ترور اشخاص، ملت بپاخاسته از تصمیم خود عقب می نشیند و در خدمت به اسلام بزرگ سستی می ورزد و در نتیجه راه برای قدرتهای چپاولگر باز می شود، ولی شرکت بی سابقه مردم کشور، امید بدخواهان را مبدل به یأس و طمع آزمندان را برای همیشه برید.
امریکا و تروریستهای وابسته و پیوسته به آن با تبلیغات خود ملت شریف ایران و ارتش وفادار به اسلام را از هدف بزرگ اسلامی شان منحرف معرفی می نمایند، و وسایل ارتباط جمعی غرب، خصوصاً امریکا و صهیونیزم برای جهانخواران و مزدورانشان کاخهای سفید خیالی ساخته تا با شکست ایران در انتخابات، به سوی ایران مهد شیرزنان و شیرمردان، هجوم آورده و با محو اسلام، حکومت سلطنتی یا جمهوری دمکراتیک خلق برقرار و کشور را تا ابد مورد چپاول قدرتمندان خصوصاً امریکا قرار دهند. ولی شرکت عمومی ملت شجاع و متعهد در انتخابات و پیروزیهای پی در پی قوای مسلح در جنوب و غرب و حضور مداوم ملت در سرتاسر کشور از طرفی، و از طرف دیگر سرکوبی اشرار وطن فروش در داخل و پشت جبهه و به انزوا کشیدن ملی گرایانِ پیوسته به امریکا، کاخهای تخیلی آنان را فرو ریخت.
خداوند متعال بر ما منت نهاد که افکار عمومی را برای انتخاب رئیس جمهوری متعهد و مبارز، در خط مستقیم اسلام و عالِم به دین و سیاست هدایت فرمود که امید است با حُسن تدبیر و کمک قوای سه گانه و پشتیبانی ملت بزرگ، مشکلات یکی پس از دیگری رفع و احکام مقدس اسلام به طور دلخواه در سطح کشور اجرا گردد.
این جانب به پیروی از ملت عظیم الشأن و با اطلاع از مقام و مرتبت متفکر و دانشمند محترم جناب حجت الاسلام آقای سید علی خامنه ای- ایّده الله تعالی- رأی ملت را تنفیذ و ایشان را به سمت ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب نمودم. و رأی ملت مسلمان متعهد و تنفیذ آن محدود است به اینکه ایشان به همان نحو که تا کنون خدمتگزار اسلام و ملت و طرفدار قشر مستضعف، و به حکم قرآن کریم اشِدَّاءُ عَلَی الْکُفَّارِ رُحَماءُ بَیْنَهُمْ «۲» بوده اند از این پس نیز به همان تعهد باقی باشند و از طریق مستقیم انسانیت و اسلام انحراف ننمایند، که ان شاء الله نمی نمایند. و در این موقع خطیر که بدخواهان خارج و داخل و بلندگوهای ابرقدرتها خصوصاً امریکای جنایتکار با هر وسیله می خواهند ملت و دولت و مجلس و دادگاههای ایران را متهم کنند و به گمان فاسد خود تزلزلی در ارکان جمهوری اسلامی ایجاد نمایند، لازم است رئیس جمهور با کمک همه ارگانهای جمهوری اسلامی و با تشریک مساعی یکدیگر جریانات امور را به طوری هماهنگ و موافق اسلام کنند که بهانه را از دست بدخواهان بگیرند؛ گرچه بسیاری از آنان با احکام اسلام و حدود و تعزیرات آن موافقت ندارند.
آقای رئیس جمهور و سایر دست اندرکاران و دولتمردان در جمهوری اسلامی باید بدانند که ملت شریف ایران بر همه آنان محبت و منت دارند، چرا که این ملت فداکار است که در اول انقلاب با نثار خون جوانان خود و زحمات طاقت فرسا پیروزی را به دست آورد و همه را از زندانها و تبعیدها و انزواها و اختناقها نجات داد و حکومت را از ستمگران بازستاند و به آنان تحویل داد. و همین ملت است که از اول پیروزی تا کنون در صحنه بوده و از کشور و ارتش و سپاه و سایر قوای مسلح و دولت و مجلس و شورای عالی قضایی و دادگاهها پشتیبانی نموده، و با کمک و همت همین ملت، دشمنان داخل و خارج را سرکوب و حزب الله را به جای احزاب و گروههای شیطان نشاند. و هم اینانند که با شوق و شعف به آقای رئیس جمهور بیش از شانزده میلیون رأی دادند و بر کرسی ریاست جمهوری نشاندند؛ و هم اینانند که به خواست خداوند تعالی قادرند کشور را حفظ و از شرّ شیاطین نجات دهند؛ و اینانند که بر همه ماها و شماها حق دارند و همه می بایست دیْن خود را به آنان ادا کنیم و در خدمت ملت خصوصاً مستضعفین که سنگینی این جمهوری به دوش آنان بوده و بدون کوچکترین توقعی در خدمت اسلامند، با جان و دل کوشا باشیم. و ما دام که همه ما و شما در خدمت مردم هستیم آسیبی به جمهوری اسلامی وارد نمی شود و ملت بزرگ و بیدار و در صحنه جواب همه یاوه سرایان و زورگویان را می دهد. از خداوند متعال پیروزی اسلام و مسلمین را خواستارم. و السلام علی عباد الله الصالحین.
روح الله الموسوی الخمینی
(صحیفه امام؛ ج ۱۵، ص ۲۷۸ - ۲۸۰)
۱) سوره بقره، آیه ۱۰۶:« ما هیچ آیتی را نسخ نمی کنیم و یا آن را از یادها نمی بریم مگر آنکه بهتر و یا مثل آن را بیاوریم».
۲) سوره فتح، آیه ۲۹:« محمد( ص) فرستاده خداست، و آنانی که با اویند بر کافران سختگیر، و بین خویش مهربان هستند».