سه کتاب «عقل و تعقل در اندیشه امام خمینی(س)»، «الهی نامه حضرت امام خمینیپ» و «همای رحمت امام علی(ع)» توسط کمیته فرهنگی ستاد بزرگداشت حضرت امام خمینی(س) و مشارکت وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی هر یک در شمارگان سی هزار جلد منتشر شد.
کتاب «عقل و تعقل در اندیشه امام خمینی (س)» اثر رضا نظرپور، نیز مجموعه‌ای است که در آن به بررسی مسائل مربوط به عقلانیت در اندیشه‌های امام خمینی(س) در تقابل با خرافات و تحجرات پرداخته است. یکی از آفت‌ها و مشکلاتی که همواره گریبان‌گیر ادیان و اعتقادات است، خرافات و تحجرات در انجام فرایض روزمره دینی می‌باشد.
در کتاب تلاش بر این است تا به موضوعاتی از قبیل عقل و موانع رشد آن، آفت‌های عقل از قبیل غرور، غضب، انکار حق، تکبر، تعصب، تحجر و ... ، مقابله به تحجرگرایی و بر‌خورد با خرافات پرداخته شود که اکثر آن‌ها با توجه به نقل قول‌ها و یا نظریات امام نگاشته شده‌اند. در واقع این موضوع را بیان می‌کند که عقل همواره در خدمت دین و انسان نیست و گاهی می‌خواهد قلمرو خود را بر خلاف جریانات انسانیت گسترش دهد که این امر سبب عقب‌افتادگی انسان می‌شود. در واقع، عقل لزومأ عامل پیشرفت و ترقی محسوب نمی‌شود و در مواقعی سد راه کمال انسان و باعث می شود که انسان از حقیقت دور بماند.
کتاب «الهی‌نامه» امام خمینی(س) امتزاج بدیعی از ادعیه و مناجات‌های امام خمینی(س) است که توسط حجت‌الاسلام محمدهادی فلاح گردآوری شده است و در میان این ادعیه، اشعار عرفانی سروده امام خمینی هم قرار گرفته است.
مناجات‌های این کتاب پس از گزینش، با رعایت تناسب در این سه دفتر سامان داده شده‌اند. دفتر نخست کتاب، «گره گشای راز» نام دارد. دفاتر دوم و سوم هم به ترتیب، «جرگه عشاق» و «آل روح‌الله» نام دارند. دعای پایانی و فهرست منابع، آخرین عناوین این کتاب هستند.
عنوان دفتر نخست و دوم، متناسب با مضامین و زمینه مناجات مربوطه، از میان سروده‌های امام(ره) و عنوان دفتر سوم هم هماهنگ با محتوای مناجات پیوسته، گزینش شده است. پیش از هر دفتر، محتوایی کوتاه از آن نوشته شده است تا خواننده با این ورودی، به مطالعه مناجات‌ها پرداخته و با آگاهی بیشتری با آن‌ها روبرو شود.
به گفته گردآورنده کتاب، متن دعاها هم با رعایت حفظ امانت، مستند و بدون حذف و اضافه، جز در پاره‌ای از موارد که جهت کمک به برداشت مخاطب در پاورقی کتاب، از اشاره و توضیح لازم دریغ نشده است. امام خمینی(ره) در برخی از سروده‌های خود از تخلص هندی استفاده می‌کرد که برخی از این ابیات در این مجموعه آمده است.
در قسمتی از دفتر نخست این کتاب می‌خوانیم: بارالها، ما از مقامات اولیا و مدارج اصفیا و کمال مخلصین و سلوک سالکین، حظّی جز الفاظی نداریم و از جمیع مقامات به قیل و قال قناعت نمودیم که نه از آن کیفیتی حاصل شود و نه حال.
من در این بادیه، صاحب نظری می‌جویم/ راه گم کرده‌ام و راهبری می‌جویم/ از ورق‌پاره عرفان، خبری حاصل نیست/ از نهان‌خانه رندان، خبری می‌جویم
بارخدایا، حب دنیا و تعلقات آن ما را از بارگاه قدس و محفل انس تو محجوب نموده، مگر تو با لطف خفّی خود از ما افتادگان دستگیری فرمایی و جبران ما سبق را فرمایی، تا بلکه از خواب غفلت انگیخته شده، راهی به محضر قدس پیدا کنیم.
بار خدایا، ما را از این خواب گران برانگیز، و از این خودخواهی و خودبینی که منشا همه مفاسد است، نجات ده و به صراط مستقیم انسانیت هدایت فرما؛ «انّک ولّی الهدایة والتوفیق»
کتاب «همای رحمت امام علی علیه السلام» نیز گردآوری دیدگاه های حضرت امام پیرامون امیرالمومنین(ع) است که تدوین آن را مجید زمانپور برعهده داشته و در 336صفحه منتشر شده است.