در اوج گیری اختلاف سلایق سیاسی به ویژه بین مسئولین و دست اندرکاران، بودند افراد و گروه هایی که نظرات و جهت گیری های حضرت امام را با اندیشه و تفکرات خویش مغایر می دیدند و به جای اصلاح مواضع خویش به فرافکنی و توجیهات غیر اخلاقی و تشکیک در صحت بیان مطالب به طریقی مرحوم حاج سید احمد آقا را که در مواردی واسطه بین حضرت امام و سایرین در امور سیاسی بود متهم به بی صداقتی می کردند؛ حضرت امام در پاسخ نامه حاج سید احمدآقا در این زمینه به تأیید صداقت و امانتداری ایشان پرداختند. این پاسخ مختصر چند سطری، جلوه ای بارز از عرفان بالا و خداخواهی محض حضرت امام و خلوص در کارها از یک طرف و از طرف دیگر بیانگر واقع بینی در امور اجتماعی و داشتن سعه صدر فوق العاده در جایگاه رهبری، در برخورد با کسانی است که متفاوت از آن حضرت فکر می کردند.
متن نامه حجت الاسلام و المسلمین احمد خمینی به امام و پاسخ امام به این شرح است:
نامه [به آقای سید احمد خمینی (تأیید صداقت و امانتداری ایشان)]
زمان: ۳ آذر ۱۳۶۳/ ۳۰ صفر ۱۴۰۵
مکان: تهران، جماران
موضوع: تأیید صداقت و امانتداری
مخاطب: خمینی، سید احمد
[بسم الله الرحمن الرحیم. از آنجا که همیشه واسطه بین حضرت عالی و مسئولین و غیر مسئولین در امور سیاسی این جانب می باشد و از آنجا که گاهی دستورات حضرت عالی با خطوط فکری بعضی از دست اندرکاران و یا گروه ها و افراد عادی برخورد جدی دارد، تحلیل ها و تفسیرها شروع می گردد و بعضی ها این گونه تشکیک می کنند که مثلًا خبر واحد است و یا معلوم نیست و از این قبیل. آیا چه قبل و چه بعد از انقلاب حتی کلمه ای بر آنچه فرموده بودید اضافه و یا کم کرده ام؟ و یا نعوذ بالله مطلبی را به حضرت عالی به دروغ نسبت داده ام؟ و یا خدای نخواسته عمدی بر خلاف رضای حضرت عالی کاری انجام داده ام؟ ارادتمند، احمد خمینی ].
بسمه تعالی
من شهادت می دهم که احمد فرزند این جانب از موقعی که در مسائل روز وارد شده است و تماس با کارهای این جانب داشته است تا حال تحریر این کلمات از او خلاف دستورات این جانب مشاهده نکرده ام و در اعلامیه ها و امثال آنها تصرفی بدون رضای من نکرده است و چیزی بر خلاف گفته های من به من نسبت نداده است و بالجمله خلافی از او مشاهده نکردم. لکن باید احمد بداند کسانی خصوصاً مثل او که در این امور اجتماعی یا سیاسی وارد می شوند، مصون از افترا و ضربه نیستند و باید او حساب خود را با خدای قادر متعال درست کند و به ذات مقدسش اتکال نماید و از بشر ضعیف هراس نداشته باشد که مکاید بشری چون خود بشر زودگذر و فانی است و همه به سوی او - جل و علا - خواهیم رفت و اکنون نیز در محضر مبارک او هستیم. و السلام علی من اتبع الهدی. از خداوند تعالی توفیق خدمت به خلق برای همه دست اندرکاران و برای منسوبان به خود خواستارم.
تاریخ سلخ صفر ۱۴۰۵- روح الله الموسوی الخمینی
(صحیفه امام؛ ج ۱۹، ص ۱۰۷)