امام خمینی در خرداد ماه 1358 در پیامی به آیت الله سید محمد باقر صدر به موضوع عملکرد دولت عراق نسبت به روحانیون و تجاوز به سرحدات ایران اشاره و حوزه نجف را «دژ محکم»ی نامید که باید حفظ شود. متن پیام امام به شرح زیر است:
بسم اللَّه الرحمن الرحیم
حضرت آیت اللَّه آقاى حاج سید محمد باقر صدر- دامت برکاته- نجف اشرف
پیشامدهاى اخیر یکى پس از دیگرى موجب تأسف است. انتظار آن نبود که با جنابعالى، شخصیت علمى و اسلامى، چنین رفتار شود. چنانچه انتظار نبود و نیست که مأمورین دولت عراق در سرحدات رفتارى کنند که مخالف حُسن همجوارى است. ملت ایران که با نهضت اسلامى خود امید دارد دست اجانب را از جمیع ممالک اسلامى کوتاه کند و استقلال را به آنها برگرداند. همچنین انتظار دارد که همان نحو که ملتها با نهضت عظیم اسلامى ایران موافق و پشتیبان آن هستند، دولتها نیز پشتیبان آن باشند. حوزه علمیه نجف اشرف، که در خدمت اسلام و مسلمین است، در طول تاریخ حافظ استقلال عراق بلکه سایر کشورهاى اسلامى بوده است، انتظار ندارد که مورد اهانت واقع شود و یکى از شاخصترین بزرگان آن، مورد تهاجم واقع شود.
من به دولت عراق نصیحت مىکنم که این دژ محکم را که حافظ کیان [و] مصالح کشور است حفظ کند. این نصیحتى بود که من در دوران گذشته به شاه مخلوع و دولت ایران کردم. از خداوند تعالى عظمت اسلام و استقلال کشورهاى اسلامى را خواهانم. و السلام علیکم و رحمة اللَّه و برکاته.
روح اللَّه الموسوی الخمینى
صحیفه امام، ج8، ص: 150