محرم سال 1383 ه.ش مصادف با خرداد سال 1342 ه.ش بود. روز عاشورا روز اوج عزاداری ها بود. عصر عاشورا (13 خرداد) در شهر قم مردم زیاد برای شنیدن سخنان امام خمینی در محل مدرسه فیضیه گرد آمدند. مدرسه فیضیه، میدان آستانه و کلیه معابر آن مملو از جمعیت بود.
ابتدا یکی از روحانیون سخنرانی کرد و گزارشی از راهپیمایی صبح عاشورای مردم تهران را به اطلاع حاضران رساند. سپس سخنان امام خمینی آغاز شد. امام در سخنرانی خود به ذکر جنایت های یزید در روز عاشورای سال 61 هجری پرداخت و آن را با حادثه دوم فروردین مدرسه فیضیه ارتباط داد. (دوم فروردین 1342 سالروز شهادت امام جعفر صادق ماموران نظامی شاه با لباس شخصی به مدرسه فیضیه حمله کردند و طلاب را مورد ضرب و شتم و کشتار قرار دادند.)
امام خطاب به شاه فرمود: «آقا، من به شما نصیحت می کنم. ای آقای شاه، ای جناب شاه، من به تو نصیحت می کنم. دست بردار از کارها، آقا اغفال دارند می کنند تو را. من میل ندارم که یک روز اگر بخواهند تو بروی، همه شکر کنند... اگر دیکته می دهند دستت و می گویند بخوان، در اطرافش فکر کن... نصیحت مرا بشنو... ربط ما بین شاه و اسرائیل چیست که سازمان امنیت می گوید: از اسرائیل حرف نزنید... مگر شاه اسرائیلی است؟» (صحیفه امام، ج1، صفحات 245 و 246 و 247 و 248)
امام خمینی با صراحت و شجاعتی بی نظیر شاه را نصیحت کرد: «یک قدری تفکر کن، یک قدری تامل کن، یک قدری عواقب امور را ملاحظه بکن. یک قدری عبرت ببر، عبرت از پدرت ببر. آقا نکن این طور! بشنو از من ... چرا این قدر مردم را اغفال می کنید؟... نکن این طور؛ بدبختنکن اینطور؛... بیچاره نمی دانی آن روزی که یک صدایی در آمد یک نفر از اینهایی که با تو رفیق هستند رفاقت ندارند، اینها رفیق دلارند. (همان، ص246 و 247)
امام خمینی در این سخنرانی تاریخی به شاه حمله کرد و ابهت او را شکست. شاه فرمان خاموش کردن صدای قیام را صادر کرد. ابتدا تعدادی از یاران امام در شامگاه 14 خرداد دستگیر شدند و پس از آن ساعت سه بعد از نیمه شب 15 خرداد ماموران ساواک اعزامی از تهران با همکاری ماموران شهربانی منزل امام را محاصره و ایشان را دستگیر و به تهران اعزام کردند. امام خمینی نحوه دستگیری را چنین نقل می کنند:
وقتی آنها در را شکستند، من متوجه شدم که آنها آمده اند مرا بگیرند... احتمال دادم که اشتباه کنند و مصطفی را ببرند. به همین جهت گفتم: خمینی من هستم. آماده بودم مرا ببرند... سرخیابان یک ماشین بزرگ ایستاده بود. من را سوار آن ماشین کردند و حرکت کردند.یک نفر یک طرف من نشسته بود که از اول تا آخر سرش را گذاشته بود کنار دست من و به بازویم تکیه داده بود گریه می کرد. یکی دیگر هم طرف دیگر نشسته بود و مرتب شانه ام را می بوسید. (پا به پای آفتاب، ج1، ص109، خاطره ازخانم فریده مصطفوی، دخترحضرت امام(ره))
امام خمینی پس از انتقال به تهران ابتدا در باشگاه افسران و در غروب همان روز به زندان قصر (پادگان بی سیم) منتقل شد. لحظاتی پس از دستیگری امام خمینی خبر آن در قم و تهران پخش شد. مردم قم با شنیدن این خبر از خانه ها خارج و گریان و نالان به کوچه و خیابان آمده و راهی حرم حضرت معصومه شدند. جمعیت به سوی پل آهنچی و ایستگاه راه آهن در حرکت بودند که مامورانتظامی سررسیدند و آنها را به گلوله بستند. 4 فروند جت جنگی بر فراز شهر قم به پرواز در آمدند و صدای غرش آنها فضای شهر قم را به میدان جنگ مبدل کرده بود. درگیری نظامیان با مردم منجر به زخمی و کشته شدن بسیاری گردید و حوالی ظهر با پراکنده شدن مردم خیابانها و شهر خلوت شد.
امام خمینى در سلول
توطئۀ شاه به منظور مرعوب ساختن و به تسلیم و سازش واداشتن امام تنها به آنچه در پیش آمد، محدود نبود، بلکه وقتى دیدند که این فشار و ناراحتى روحى نیز نتوانست روح بزرگ و انقلابى او را درهم بشکند به «فرمان همایونى»! او را به سلول انفرادى در پادگان نظامى عشرتآباد منتقل ساختند و با این شیوه خواستند ارادۀ آهنین و عزم پولادین او را درهم بشکنند و او را در مقابل اغراض اسارتبار شاه به تسلیم وادارند.
امام در 4 تیر ماه 42 که به پادگان عشرتآباد انتقال یافت، حدود 24 ساعت را در سلول تنگى که در آن هواى آزاد درست جریان نداشت و نشست و برخاست به دشوارى صورت مىگرفت گذرانید و در برابر این فشار نیز قهرمانانه مقاومت کرد و رژیم شاه را در برابر نسل معاصر و نسلهاى آینده و در پیشگاه تاریخ رسوا کرد. (نهضت امام خمینی، سید حمید روحانی، ج1، ص680)
امام خمینی پس از قریب به دو ماه حبس در تاریخ 11 مرداد 1342 به خانه ای در محله داودیه و پس از آن به خانه دیگری در محله قیطریه منتقل شد تا تحت نظر ماموران باشد. این مدت بدون احتساب ایام زندان هشت ماه طول کشید سرانجام حضرت امام را در 16 فروردین 1343 شبانه وارد قم کردند. رژیم تعمد داشت که امام بدون اطلاع قبلی وارد قم شود تا مراسم استقبالی صورت نگیرد؛ اما با ورود امام به قم بسیاری از اهالی مطلع شدند و در محله یخچال قاضی و خانه امام گرد آمدند تا از نزدیک مرجع و رهبر خویش را زیارت کنند.