بعد از تشخیص بیماری، حضرت امام در ساعت 10:30 شب اول خرداد برای آماده شدن جهت جراحی در بیمارستان شماره 2 بقیةالله بستری شدند. در شب قبل از عمل یکی دو واحد خون تزریق شد، زیرا نسبت به میزان معمول کم‌خونی داشتند. نحوه خداحافظی حضرت امام با خانواده و نیز حاج سید احمدآقا در موقع آمدن به بیمارستان بسیار عاطفی و معنی‌دار بود. نماز شب مخصوص حضرت امام که از تلویزیون هم قسمت‌هایی از آن پخش شد، ترک نشد. نماز صبح روز بعد را هم به طور معمول ادا کردند و برای جراحی آماده شدند.
(روزنگار زندگی و تاریخ سیاسی اجتماعی امام خمینی، ص 72)
دکتر حسن عارفی پزشک حضرت امام این لحظات را چنین در خاطراتش توصیف کرده است:
ساعت 30 / 10 شب، مورخ 1 / 3 / 68 حضرت امام خمینی برای آماده شدن جهت عمل جراحی معده در صبح روز بعد در بیمارستان بقیةالله الاعظم شماره 2 بستری شدند. با اینکه چندین بار به علت کسالت های مختلف در این بیمارستان بستری شده بودند ولی عکس العمل معظم له در آستانه درِ ورودی بیمارستان با حاج احمد آقا خمینی حاکی از معنی و آینده نگری دیگری بود. زیرا امام عزیز در بدو ورود به بیمارستان به طور غیر منتظره و ناگهانی حاج احمد آقا را در آغوش گرفتند و گردن ایشان را بوسیدند. صحنه ای که نشان از فراق و جدایی و در ضمن علاقه و همبستگی داشت.
گویی امام عزیز این ورود به بیمارستان را خروجی نمی دید و با دید دوراندیش خود استنباط کرده بود که اجل در انتظار اوست.
(طبیب دلها، ص 183)