به دنبال سقوط بنی صدر، سازمان مجاهدین خلق (منافقین) که با حمایت های بنی صدر کمال استفاده را برده و تشکیلات خود را گسترش داده بود، رسماً به فعالیت های تروریستی و اقدامات براندازی، دست زد. در رأس اهداف تروریستی منافقین، حزب جمهوری اسلامی و سران آن بود. فاجعه عظیم انفجار حزب جمهوری اسلامی و شهادت دبیرکل حزب آیت الله بهشتی و ۷۲ تن از یاران رده اول انقلاب در ۷ تیرماه ۱۳۶۰ از جمله این اقدامات تروریستی است. اما تصمیمات سریع و قاطع حضرت امام در جایگزینی مدیرانی که از نظام گرفته شده بودند، منافقان را در رسیدن به اهداف خود و ایجاد تزلزل در ارکان نظام ناکام کرد.
امام (س) به مناسبت این جنایت هولناک در ۹ تیر ماه ۱۳۶۰ خطاب به ملت ایران و خانواده های شهدای هفتم تیر پیامی فرستادند:
«ملتی که برای اقامه عدل اسلامی و اجرای احکام قرآن مجید و کوتاه کردن دست جنایتکاران ابرقدرت و زیستن با استقلال و آزادی قیام نموده است، خود را برای شهادت و شهید دادن آماده نموده است و به خود باکی راه نمی دهد که دست جنایت ابرقدرتها از آستین مشتی جنایتکار حرفه ای بیرون آید و بهترین فرزندان راستین او را به شهادت رساند. مگر شهادت ارثی نیست که از موالیان ما که حیات را عقیده و جهاد می دانستند و در راه مکتب پرافتخار اسلام با خون خود و جوانان عزیز خود از آن پاسداری می کردند به ملت شهیدپرور ما رسیده است؟ مگر عزت و شرف و ارزشهای انسانی، گوهرهای گرانبهایی نیستند که اسلاف صالح این مکتب، عمر خود و یاران خود را در راه حراست و نگهبانی از آن وقف نمودند؟
مگر ما پیروان پاکان سرباخته در راه هدف نیستیم که از شهادت عزیزان خود به دل تردیدی راه دهیم؟ مگر دشمن قدرت آن دارد که با جنایت خود مکارم و ارزشهای انسانی شهیدان عزیز ما را از آنان سلب کند؟ مگر دشمنهای فضیلت می توانند جز این خرقه خاکی را از دوستان خدا و عاشقان حقیقت بگیرند؟ بگذار این ددمنشان که جز به «من» و «ما» های خود نمی اندیشند و یأکلون کما تأکل الانعام عاشقان راه حق را از بند طبیعت رهانده و به فضای آزاد جوار معشوق برسانند .
... شما کوردلان با آنکه دیده اید با شهادت رساندن شخصیتهای بزرگ صفوف فداکاران در راه اسلام فشرده تر و عزم آنان مصمم تر می شود، می خواهید با به شهادت رساندن عزیزان ما این ملت فداکار را از صحنه بیرون کنید. شما تا توانسته اید به فرزندان اسلام چون شهید بهشتی و شهدای عزیز مجلس و کابینه با حربه ناسزا و تهمتهای ناجوانمردانه حمله کردید که آنها را از ملت جدا کنید، و اکنون که آن حربه از کار افتاد و کوس رسوایی همه تان بر سر بازارها زده شد، در سوراخها خزیده و دست به جنایاتی ابلهانه زده اید که به خیال خام خود ملت شهیدپرور و فداکار را با این اعمال وحشیانه بترسانید، و نمی دانید که در قاموس شهادت واژه وحشت نیست. اکنون اسلام به این شهیدان و شهیدپروران افتخار می کند و با سرافرازی همه مردم را دعوت به پایداری می نماید.» (صحیفه امام، ج ۱۵، ص ۱-۳)
امام خمینی در سخنانی در تاریخ ۸ تیر ۱۳۶۰ در دیدار با قضات دیوانعالی کشور و اقشار مختلف مردم چنین فرمودند: «این را من کرارا گفته ام که مرحوم آقای بهشتی در این مملکت مظلوم زیست. تمام مخالفین اسلام و مخالفین این کشور حمله مستقیم شان را به ایشان و بعضی دوستان ایشان کردند. کسی را که من بیشتر از بیست سال می شناختم» (صحیفه امام؛ ج۱۴، ص ۵۱۵) «... یک مرد صالحی را به صورت یک دیکتاتور در آوردند.... من او را یک فرد متعهد، مجتهد، متعهد، متدین، علاقمند به ملت، علاقمند به اسلام و به دردبخور برای جامعه خودمان می دانستم.» (همان؛ ص ۵۱۵)
ایشان همچنین چند روز بعد در سخنرانی دیگری فرمودند: «اینهایی که دم از خلق می زنند و دم از شجاعت می زنند و دم از جنگجویی می زنند چطور در کنار خانه ها خزیده اند و بچه ها را وادار می کنند که بروند بمب بگذارند؟ این کار ابلهانه برای چیست؟... خیال می کنید که حالا که این کار را کردید دیگر ملت ما همه کنار می روند و صحنه را می گذارند برای شما؟این اشتباه است... یک بمبی دزدکی زیر یک منزل گذاشتن و یک نفر،چند نفر ابرار را ،چند نفر اشخاص متعهد به اسلام را، فداکار را از بین بردن که ملت را از بین نمی برد ...» (صحیفه امام؛ ج ۱۴، ص ۵۲۵ - ۵۲۶)
و در اوج این ترور ها و وحشی گریهای گروهکها، سفارش حضرت امام خمینی (س) به مسئولین قضایی بر رفتار مبتنی بر احترام و عدالت و بر اساس موازین بسیار جالب و عبرت آموز است:
«یک کلمه به برادران دادگاه و کسانی که رئیس زندان هستند و اشخاصی که زندانبان هستند می گویم و آن اینکه اینطور نباشد که یک جنایتی وقتی واقع شد، اینها آرامش خودشان را از دست بدهند و خدای نخواسته با زندانیانی که الان هستند ولو این زندانیان از همین گروههای فاسد باشند با خشونت غیر اسلامی عمل کنند. با آرامش و با احترام عمل کنند... این طور نباشد که حالا از باب اینکه یک دسته ای از ما به وسیله همین گروهها از بین رفته، حالا ما در حبس با اشخاصی که محبوس هستند، خدای نخواسته به خلاف موازین اسلام عمل کنیم.» (صحیفه امام؛ ج ۱۴، ص: ۵۲۸)