پس از ترور نافرجام آیت الله خامنه ای در ششم تیرماه 1360 در مسجد ابوذر در جنوب تهران و مجروح شدن ایشان، حضرت امام یک روز بعد، طی پیامی به همین مناسبت اعمال جنایتکارانه منافقین را محکوم و سلامتی ایشان را از درگاه احدیت خواستار شدند:
«من به شما خامنه‌ای عزیز تبریک می‌گویم که در جبهه‌های نبرد با لباس سربازی و در پشت جبهه با لباس روحانی به این ملت مظلوم خدمت نموده، و از خداوند تعالی سلامت شما را برای ادامه خدمت به اسلام و مسلمین خواستارم.» (صحیفه امام، ج14، ص 504)
آیت الله خامنه اى نیز در واکنش به پیام محبت آمیز امام خمینى، با صدور پیامى اظهار داشتند:
«بسم اللَّه الرحمن الرحیم
بعد از چهار روز که از این حادثه بر من مى گذرد به فضل الهى و به کمک و تلاش بی دریغ کارکنان عزیز این بیمارستان خودم را در وضع بسیار مناسب و خوبى مى بینم. هر وقت به یاد این مى افتم که این حادثه موجب شده امام عظیم الشأن ما اظهار لطف کنند و در پیامشان اظهار دلسوزى بکنند و ملت بزرگ و قهرمان ما دست به دعا بردارد و دعا کنند، در خودم احساس شرمندگى مى کنم.
در راه انجام وظیفه این گونه حوادث، حوادثى نیست که این همه لطف و محبت و بزرگوارى را چه از سوى امام، چه از سوى امت و همچنین از سوى کارکنان، کارمندان این واحدهاى پزشکى که واقعاً شب و روزشان را در این کار گذاشته اند، این همه اظهار شد ...
من بدین وسیله از همین جا عرض سلام و ارادت بى پایان خودم را خدمت امام امت مى کنم و به ایشان عرض مى کنم که در مقابل حوادث این چنین ما هیچ انتظار نداریم و توقعى نداریم که کمترین رنجشى به خاطر ایشان بنشیند. ما معتقدیم که، سر خُم مى به سلامت، شکند اگر سبویى، ...» (همان)