سید مصطفی قبل از شروع نهضت امام خمینی (س)، تا حدودی با جریان های سیاسی جامعه آشنایی داشت و نسبت به جریان های مذهبی، همفکری و گرایش نشان می داد. وی در زمان تصویب لایحه انجمن های ایالتی و ولایتی (شانزدهم مهر 1341) که طی آن توطئه اسلام زدایی و مذهب ستیزی رژیم پهلوی، وارد مرحله نوینی شد و در واکنش به آن، مبارزات جدی و رسمی امام علیه رژیم پهلوی آغاز شد، به همراه مادرش در عراق به سر می برد و سرگرم زیارت عتبات عالیه بود. برداشت ساواک این بود که امام خمینی (س) به منظور تشدید مبارزه، همسر و فرزندش را به عراق فرستاده است. در یکی از گزارش های ساواک استان پنجم (کرمانشاهان)، به نقل از فرزند سید احمد زنجانی آمده، که «سید مصطفی مخالف دولت است و تعدادی نوار ضبط صوت که سخنرانی های امام خمینی روی آن ضبط شده، با خود به عراق برده و در نجف و کربلا به وسیله بلندگو آن را پخش نموده است.»
حکومت پهلوی پس از رحلت آیت اللّه بروجردی در فروردین ماه 1340، سعی داشت پایگاه مرجعیت را از قم به نجف منتقل کند تا از این طریق، روحانیون و مراجع تقلید ایران را تضعیف کرده، از نفوذ آنها در میان مردم و فشارهایشان بر حکومت بکاهد؛ بنابراین پیام تسلیت درگذشت آیت اللّه بروجردی را برای مراجع نجف فرستاد؛ اما واکنشی که از طرف مراجع و روحانیون مبارز ایران صورت گرفت، متفاوت تر با آن، پیش بینی هایی بود که رژیم پهلوی در انتظار آن بود. یکی از مهمترین این واکنش ها از طرف امام خمینی (س) بود که به یک مبارزۀ فراگیری در این زمینه دست زدند و موجبات خنثی شدن آن توطئه را فراهم آوردند. (رجبی، محمدحسن؛ زندگینامه سیاسی امام خمینی؛ ج 1، ص 225 ـ 228.)
مرحله بعدی حضور امام خمینی (س) در صحنه مبارزه با رژیم پهلوی، ماجرای تصویب «لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی» در تاریخ شانزدهم مهر 1341 بود. مهمترین مطالب این لایحه که خشم نیروهای مذهبی را برانگیخت، حذف واژه اسلام از شرایط انتخاب کنندگان و انتخاب شوندگان و سوگند انتخاب شوندگان در مراسم تحلیف به یکی از کتاب های آسمانی به جای قرآن بود. امام خمینی (س) بلافاصله به آن واکنش نشان داد و علمای طراز اول قم را به مشورت و تصمیم گیری در این زمینه فرا خواند. نتیجه جلسه مشورتی، این بود که به محمدرضا پهلوی تلگراف شود و در آن، ضمن اعلام مخالفت علما با لایحه، لغو فوری آن درخواست شود. همچنین قرار شد که این جلسات تداوم پیدا کند و علمای تهران و شهرستانها نیز از طرق ممکن در جریان این مسأله قرار گیرند. از این پس فعالیت های گسترده ای صورت گرفت و تلگراف های زیادی به محمدرضا پهلوی و دربار فرستاده شد و اطلاعیه های فراوانی نیز در سطح کشور پخش گردید و وعاظ و روحانیون در سخنرانی های خود به ابعاد و پیامدهای این مصوبۀ مخالف شرع و قانون اساسی، پرداختند. (همان؛ ص 228 ـ 231)
اوج گیری حمایت مردم و تشکل های سیاسی و صنفی از مواضع روحانیون در مقابل تصویب لایحه ذکر شده در بالا و واکنش های مشابه در جریان رفراندوم اصول ششگانۀ انقلاب سفید، رژیم پهلوی را بر آن داشت که به تهدید و ارعاب در کانون این فعالیت ها یعنی قم و حوزه علمیه آن شهر دست بزند. قبل از این اقدام، محمدرضا پهلوی در 19 دی 1341 طی سخنانی مراجع و علمای مخالف رفراندوم را با عباراتی توهین آمیز، مورد خطاب قرار داد و آنها را تهدید به سرکوبی قریب الوقوع کرد. (ن. ک: «مجموعه تألیفات، نطق ها، پیام ها، مصاحبه ها و بیانات اعلیحضرت همایون محمدرضا شاه پهلوی آریامهر شاهنشاه ایران، ج 4، ص 3046»). امام خمینی (س) در واکنش به این توهین و به منظور تداوم مبارزه و آگاه کردن مردم، با صدور اعلامیه ای، عید نوروز سال 1342 را عزای عمومی اعلام کرد. ( روحانی، حمید؛ نهضت امام خمینی؛ ج 1، ص 344 ـ 348.)
ایام نوروز سال 1342 مقارن با وفات امام صادق (ع) بود؛ بنابراین امام خمینی (س) و سایر مراجع و علما در اعلامیه هایی که در این زمینه صادر کردند، عید نوروز را عزای عمومی اعلام کردند و سعی کردند تا در ظاهر چنین وانمود کنند که این اعلام عزا به مناسبت تقارن با وفات امام صادق (ع) بوده و انگیزه سیاسی ندارد.
به دنبال این اقدامات، ساواک سعی کرد از پخش اعلامیه ها و برگزاری مراسم سوگواری و سخنرانی در دوم فروردین، جلوگیری کند؛ اما با همه تلاش هایی که کرد، هم اعلامیه ها پخش شد و هم مجالس عزاداری برگزار گردید. برای جلوگیری از برگزاری مراسم، گروهی از سربازان گارد جاویدان شاهنشاهی با لباس های مبدل وارد قم شدند و به مجالس روضه خوانی و عزاداری رفته، سعی کردند مجالس را بر هم بزنند. از جمله این مأموران به مراسمی که در خانه امام خمینی (س) برپا بود رفته؛ سعی در ایجاد اخلال نمودند؛ اما با واکنش امام خمینی که تهدید کرد، اگر این ایجاد مزاحمت ادامه یابد، به حرم حضرت معصومه (س) خواهد رفت و برای مردم صحبت خواهد کرد، خنثی گردید؛ اما بعد از ظهر همان روز مجلس سوگواری دیگری را آیت اللّه محمدرضا گلپایگانی در مدرسه فیضیه قم برگزار نمود که مأموران یاد شده، وارد آن مجلس شدند و ضمن بر هم زدن مجلس، به ضرب و شتم شرکت کنندگان در آن، پرداختند. با واکنش طلاب و مردم شرکت کننده، نیروهای مسلح نیز که مدرسه فیضیه را در محاصره خود داشتند وارد عمل شدند و افراد بسیاری را مضروب و مجروح ساختند. این درگیری تا حدود ساعت هفت بعدازظهر ادامه پیدا کرد و در پایان درگیری، مأموران کتابها و لوازم و اثاثیه طلاب را در وسط صحن مدرسه فیضیه به آتش کشیدند و سپس آنجا را ترک کردند. (رجبی، محمدحسن؛ زندگینامه سیاسی امام خمینی؛ ج 1، ص 247 ـ 249) در همان روز به مدرسه طالبیه تبریز نیز حمله کرده، به ضرب و شتم شرکت کنندگان در مراسم پرداختند. رژیم پهلوی تصور می کرد چنین اقدام سرکوبگرانه ای موجب ترس مراجع و روحانیون و بویژه امام خمینی (س) خواهد شد و به انزوای آنها و یا ایجاد دو دستگی در بین آنها خواهد انجامید؛ اما بازتاب این رویداد، واکنش های اعتراض آمیز روحانیون و از جمله امام خمینی را به دنبال داشت. امام خمینی سخنرانی های کوبنده ای در محکومیت آن انجام دادند و از محل مدرسه فیضیه نیز بازدید نمودند. در بین مردم و روحانیون نیز موج انزجار و نفرت در قم، تهران و سایر شهرستانها پدید آمد. (صحیفه امام؛ ج 1، ص 166 ، 167 ؛ روحانی، حمید؛ نهضت امام خمینی؛ ج 1، ص 382 ـ 386.)
سرکوبی، تهدید و تحقیر روحانیون از طرف رژیم پهلوی از یک سو و مقاومت و فعالیت آنها علیرغم همه مشکلات و تنگناها از سوی دیگر، همچنان تداوم یافت. از جمله؛ امام خمینی به مناسبت چهلم واقعه مدرسه فیضیه قم خطاب به مردم ایران اعلامیه ای صادر کردند و در آن مراتب تأثر و اندوه خود را از تعرّض به حرمت روحانیت و حوزه های علمیه را یادآور شدند. (صحیفه امام؛ ج 1، ص 196ـ198). همچنین امام خمینی (س) به همین مناسبت، مجلس ختمی نیز در مسجد اعظم قم ترتیب داد؛ اما رژیم از برگزاری چنین مجالسی در تهران جلوگیری کرد. (رجبی، محمدحسن؛ زندگینامه سیاسی امام خمینی؛ ج 1، ص 255)
سید مصطفی پس از بازگشت از سفر عتبات عالیات، در کنار امام قرار گرفته، به فعالیت های سیاسی، علیه حکومت پهلوی مشغول شد.