حضرت امام در دوران تبعید در حوزه نجف فعالیت‌های مبارزاتی را گسترش داده و با دانشجویان مبارز و مسلمان ایرانی که در کشورهای اروپایی و جاهای دیگر مشغول تحصیل بودند نیز ارتباط برقرار کرده و در موارد متعدد رهنمودهای لازم را صادر می‌کردند؛ از جمله پیام آن حضرت به ششمین کنگره سالانه اتحادیه انجمن‌های اسلامی دانشجویان در اروپا در روز 27 تیر 1349 ش ـ (14 جمادی‌الاول 1390 ق) که در آن ترفندهای کارشناسان استعماری در معرفی و وارونه جلوه دادن چهره اسلام و ضرورت معرفی اسلام راستین و بویژه طرز صحیح حکومت اسلامی را تذکر دادند: (روزنگار زندگی و تاریخ سیاسی اجتماعی امام خمینی، ص 160 و 161)
بسمه تعالى
14 ج 1 90
اتحادیه انجمن هاى اسلامى دانشجویان گروه فارسى زبان در اروپا
پس از اهداى سلام، پیام ششمین کنگره سالانه اتحادیه واصل شد. توجه نسل جوان به شناسایى و شناساندن چهره واقعى اسلام موجب تقدیر است. ما امروز قبل از هر چیز وظیفه داریم تبلیغات چند صد ساله اجانب و عمال استعمار را خنثى کنیم.
کارشناسان استعمار با کمال تزویر و حیله، با اسم اسلام دوستى و شرق شناسى پرده هاى ضخیمى بر چهره نورانى اسلام کشیده و اسلام را با معماری ها و نقاشی ها و ابنیه عالیه و هنرهاى زیبا معرفى نموده و حکومت هاى جائرانه ضد اسلامى اموى و عباسى و عثمانى را به اسم خلافت اسلامى به جامعه ها تحویل داده اند، و چهره واقعى اسلام را در پشت این پرده ها پنهان نگاه داشته؛ به طورى که امروز مشکل است ما بتوانیم حکومت اسلام و تشکیلات اساسى و سیاسى و اقتصادى و اجتماعى آن را بر جوامع بشرى- حتى مسلمین- بفهمانیم. باید کوشش کرد و پرده از تبلیغات مسموم چند صد ساله اجانب برداشت.
شما نسل جوان موظف هستید غربزده ها را از خواب بیدار کنید، و فجایع حکومت هاى ضد انسانى آنها و عمال آنها را برملا نمایید و طرز حکومت اسلام را که مع الأسف بسیار عمر کوتاهى داشت و در همان چند صباح، راه و روش اسلام را در ولایت و والى روشن کرد به جوامع عموماً و به فرزندان اسلام خصوصاً گوشزد کنید و صفوف خود را فشرده تر نمایید. از خداوند متعال توفیق همه را براى خدمت به اهداف اسلام خواستار است. و السلام علیکم و رحمة اللَّه.
روح اللَّه الموسوی الخمینى
(صحیفه امام، ج2، ص 282 ـ 283)