نامه ای که حاج سیداحمد خمینی در شهریور 1367 خطاب به پدرش نوشت، خشت موسسه ای شد برای حفظ و نشر آثار بنیانگذار جمهوری اسلامی؛ تمهیدی برای جلوگیری از اختلاف بر سر متون و فرمایشات امام خمینی. روزنامه اطلاعات آن روزها مثالی آورده بود از اشتباهی که درباره یکی از سخنرانی های امام رخ داده بود و لزوم تشکیل مجمعی برای انتشار صحیح آثار رهبر انقلاب را یادآور شد: «وقتی کلمه «محرم» (بر وزن معظم) در متن فتوا، «محرم» (بر وزن مرکز) نوشته و خوانده شود، موجب تغییر معنا و تاثیرات مهم در جامعه می شود. همین کلمه در نطق سال 43 حضرت امام، در متن یکی از کتب تاریخی، «مجرم» (بر وزن مشکل) نوشته شده و توضیحات مطلب هم نشان می دهد که اشتباه چاپی نبوده است و تکرار این اشتباهات که بعضا بوسیله اهل دانش و تحقیق هم رخ داده است، از میزان اعتبار و صحت مطالب چاپ شده می کاهد.»؛ نامه ای که سیداحمد خمینی نیمه اول سال 1367 با عنوان «پدر عزیز و مراد بزرگوارم» خطاب به رهبر انقلاب نوشت، در واقع استفتایی بود برای تعیین تکلیف درباره شش موضوع:
1. یکى از مسائل بسیار مهم که بعد از جنابعالى - خدا آن روز را نیاورد - موجب موضعگیری هاى فرزندان انقلاب و افراد گوناگون و محققین و احیاناً اختلاف آنها مىگردد، برداشت هاى گوناگون سیاسى و غیرسیاسى آنان از یک متن است و از این بسیار گستردهتر، از اختلاف بین متون منتشر شده حضرتعالى با آنچه به عنوان اسناد سیاسى و غیره از صدا و فیلم و متن هاى دستنویس جنابعالى که منتشر نشده و در اختیار ماست، سرچشمه مىگیرد. شما بهتر از هر کس مىدانید که به علل گوناگون گاهى خود شخصاً و گاهى اینجانب و یا مسؤولین و حتى بعض افراد معمولى پیشنهاد حذف یک قسمت و یا قسمتهایى از سخنرانی ها یا حذف و تغییر و اضافه جمله و یا جملاتى بسیار در اعلامیهها خدمتتان عرضه شدهاست که حضرتعالى گاهى قبول نمىفرمایید و گاهى پس از دقت، دستور حذف و یا تغییر و اضافه را بدان صورت که مایل باشید، صادر مىفرمایید که انجام گیرد، اگر روزى تصمیم بر این گردد - که حتماً مىگردد - متن سخنرانی ها و یا اعلامیهها و چیزهایى از این قبیل که با صدا و خط حضرتعالى منتشر گردد، مسلماً متن دستخط و یا متن اصلى صدا و فیلم به عنوان سند خدشهناپذیر اصل قرار مىگیرد و آنچه از زیاد و کم بدان صورتى که گذشت ولو بسیار هم مهم باشد یا کنار گذاشته مىشود و یا تحتالشعاع خط و یا متن اصلى سخنرانى قرار مىگیرد و این از مسائلى است که باید جدى براى آن فکرى کرد.
2. یکى دیگر از مسائلى که خوب است حضرتعالى براى آن فکرى کنید، این است که آنچه از حضرتعالى منتشر شده است در جراید و صدا و سیما و حتى بولتن ها، به یک صورت نیست، گاهى دیده شده در روزنامهاى و یا مجلهاى به علل، چه سیاسى و چه غیرسیاسى و یا سهواً، جمله یا جملاتى از لابهلاى اعلامیهها و یا سخنرانی ها در روزنامهاى آورده شده و در روزنامه دیگر نیامده است، کدام را باید اصل قرار داد، آن متنى که این جمله را دارد و یا متنى که فاقد آن جمله است؟ بدیهى است این تردید، در جایى است که دسترسى به صدا و خط حضرتعالى نیست و این هم بسیار است، چرا که خیلى وقت ها است که صحبت هاى جنابعالى را من و یا دوستان مىنویسیم و بعد از تصویب شما به مطبوعات و غیره مىدهیم، چه کسى باید تشخیص دهد آن جمله از حضرتعالى است یا نه؟ روشن است که گاهى تغییر و یا حذف و یا اضافه کلمهاى بطور کلى معناى جمله را تغییر مىدهد.
3. مسأله دیگر این است که تکلیف نامهها و نوشتهها و پیامها و فیلم و نوارها و اشعارتان که بطور کلى منتشر نشده است و در بایگانى دفتر موجود است را هم روشن بفرمایید.
4. پروندههاى حضرتعالى در ساواک است (که الان در اختیار وزارت اطلاعات مىباشد) و یک نسخه از آن را اینجانب در اختیار دارد، لازم است به اطلاع حضرتعالى برسانم که تنها پروندههاى جنابعالى در سازمان امنیت شاه در تهران 48 جلد است که تقریباً هر جلد حدود پانصد صفحه مىباشد که انتشار آن بدون شک پرده از مسائل بسیارى برمىدارد و طبیعى است که گرانقدرترین اسناد انقلاب اسلامى است.
5. کتابها و نوشتههایى که صرفاً علمى و یا اخلاقى است، از ارزشمندترین کتبى است که مىتواند زیربناى انقلاب فقهى، اخلاقى، فلسفى، عرفانى و اصولى باشد.
6. بهرهبردارى و تحقیق و تحلیل و نیز انتشار اسناد و نامهها و بولتن هایى که قبل و بعد از انقلاب به عنوان حضرتعالى و یا دفتر ارسال گردیده و هم اکنون نیز در اختیار دفتر مىباشد، دو - سه نمونه از مواردى که باعث نوشتن این نامه شد، به عنوان ضمیمه و استشهاد تقدیم مىگردد.
بنیانگذار انقلاب هم در پاسخی که به نامه حاج احمد آقا در 17 شهریور 1367 مرقوم فرمودند، این مسوولیت را برعهده فرزندشان گذاشتند:
بسم الله الرحمن الرحیم
فرزند عزیزم احمد - حفظه الله تعالى و ایده
از آنجا که شما را بحمدالله تعالى در مسائل سیاسى و اجتماعى صاحبنظر مى دانم و در تمامى فراز و نشیب ها در کنار من بوده اى و هستى و با صداقت و کیاست امور سیاسى و اجتماعى اینجانب را متصدى هستى، لهذا شما را براى تنظیم و تدوین تمامی مسائل مربوط به خود، که بسا در رسانه هاى گروهى اختلافات و اشتباهاتى رخ داده است، انتخاب مى نمایم و از خداوند متعال که حاضر و ناظر است توفیقات شما را خواستارم. امید است با صرف وقت و دقت نظر، این امر را به پایان برسانى.
والسلام علیکم
پنجشنبه 17 شهریور 67/ 26 محرم الحرام 1409
روح الله الموسوى الخمینى
در پی این نامه نگاری ها محمدعلى و حمید انصارى طرح پیشنهادى «تشکیلات و شرح وظایف موسسه تنظیم و نشر آثار حضرت امام» را تدوین کردند که کلیات آن مورد موافقت بنیانگذار انقلاب و روسای سه قوه قرار گرفت. مجلس شوراى اسلامى با تصویب قانون نحوه حفظ آثار و یاد حضرت امام خمینى در 14 آبان 1368 و سپس تایید آن توسط شوراى نگهبان، امر حفظ، نشر، نظارت و تایید آثار امام خمینى را به طور مستقیم به موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینى(س) واگذار کرد؛ علاوه بر آن بعضى سازمان ها، وزارتخانه ها و صداوسیما موظف به نشر و بسط اندیشه هاى بنیانگذار جمهورى اسلامى ایران شدند. مجلس در 26 شهریور 1369 موادى را به این قانون الحاق کرد که روز سوم مهر 1369 به تایید شوراى نگهبان رسید و طبق آن درباره دخل و تصرف یا انهدام اسناد مرتبط با حضرت امام(س) و نیز سایر موادى که در این الحاقیه آمده است براى مرتکبان، پیگرد قانونى و مجازات تعیین کرده است.
واگذاری نظارت به سیدحسن خمینی
پس از درگذشت حاج احمد آقای خمینی و بنابر وصیت او، تولیت موسسه تنظیم و نشر آثار امام و حرم مطهر به فرزند ارشدش حجت الاسلام والمسلمین سیدحسن خمینی واگذار شد. یادگار امام اما درباره این مسوولیت و وصیت پدرش از مقام معظم رهبری درخواست تنفیذ کرد. آیت الله خامنه ای رهبر معظم انقلاب در پاسخ به این نامه، وصیت سیداحمد خمینی را تنفیذ فرمودند.