در 1348ش شریف قنوتی در یکی از سخنرانی های خود در مسجد جامع اردکان به افشاگری علیه رژیم پهلوی پرداخت و به صراحت مردم
[[page 74]]را به مبارزه و فعالیت های انقلابی علیه حکومت پهلوی فراخواند. سخنرانی آتشین آن روز شیخ توسط عوامل امنیتی حاضر در مسجد ضبط شد و به اداره ساواک شیراز رسید. آنها پس از شنیدن سخنان شیخ در اولین فرصت به دستگیری و بازداشت شیخ اقدام کردند. شبانه به منزل او ریخته و شیخ را دستگیر کرده و با خود بردند.
در ساواک شیراز اتفاق عجیبی رخ داده بود که همین امر سبب شد شیخ بدون آنکه برای مدتی بازداشت شود و یا تعهدی بدهد از دست مأموران امنیتی خلاصی یابد. آن اتفاق را حاج محمدعلی اکبرپور چنین تعریف می کند: «یک روز صبح رفتم درِ منزل آقا. بعد چند نفر از اردکانی ها گفتند آقای اکبرپور سراغی از آقای قنوتی نداری. گفتم: مگر چه شده؟ گفتند آقای قنوتی نیست. از منزل آقا پرسیدیم. گفتند که ساعت 3 نیمه شب آمدند، در را زدند و آقای قنوتی را بردند. ما هم بلاتکلیف هستیم و نمی دانیم کجا رفته است. خلاصه، همه ناراحت بودند که چه پیش آمده کی شیخ را برده و کجا برده است؟ گویا مأموران امنیتی نوار سخنرانی ایشان را به ساواک شیراز فرستاده بودند و مأموران ساواک شیراز شبانه آقا را دستگیر کرده و برده بودند. عصر آن روز دیدیم که آقای قنوتی وارد اردکان شد. پس از صحبت های اولیه، ماجرا را از ایشان سؤال کردم. در جوابم چنین گفت: آمدند و مرا به ساواک شیراز بردند. یک سرهنگی شروع کرد به بازجویی از من. نواری از سخنرانی من را به آن سرهنگ داده بودند. او ابتدا مقدمه چینی کرد، سپس
[[page 75]]از من خواست به حرف هایی که در سخنرانی ام زده ام خوب گوش دهم اما تعجب آور بود که او هر چقدر تلاش کرد و نوار را عقب جلو برد نتوانست ردی از سخنرانی من بیابد. نوار خالیِ خالی بود. سرهنگ پریشان احوال شد و به افراد زیردست خود به شدت پرخاش کرد سپس بلند شد و پیشانی مرا بوسید و گفت آقا من به شما اعتقاد دارم ولی تنها خواهشی که دارم این است که منبر نروی. در شهر اردکان برای شما خیلی دسیسه می کنند. به طور کلی کادر اداری منسجم شده اند علیه شما و هر برنامه ای و اتفاقی پیش می آید پای شما می نویسند، مدتی منبر نروید. من جواب دادم نمی توانم این کار را بکنم. از من نخواهید که منبر نروم. من یک مبلّغ هستم. سرهنگ گفت پس حداقل حرف های ملایم تر و نرم تر بزن...».
[[page 76]]