یک‌سال پس از رحلت آیت الله بروجردی، موضوع انجمن‌های ایالتی و ولایتی پیش آمد. آقایان عالمان موضع‌گیری کرده و مردم نیز به دنبال آنان به صحنه آمدند و مساله شدت گرفت. بعد موضوع لوایح شش‌‌گانه شاه پیش آمد. شاه خود به میدان آمد، اعلامیه‌هایی از سوی حضرت آیت الله خمینی منتشر شد. حضرت امام در یک اعلامیه، ضمن تقبیح رفراندوم چنین فرمود: «شاه را اغفال کردند». ایشان کلمه اغفال را در آن اعلامیه آورد. در تایید بیانیه آیت الله خمینی، از گوشه و کنار ایران اعلامیه‌هایی صادر شد. برای نخستین بار به‌طور گسترده‌ای طلاب را بازداشت کرده و کتک زدند.
لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی در هیات دولت، شامل نود و دو ماده و هفده تبصره به تصویب رسید. از جمله بندهای این لایحه، حذف قسم به قرآن برای نمایندگان، حذف قید اسلام برای انتخاب شوندگان و آزادی بانوان برای شرکت در انتخابات بود. در پی اعلام تصویب لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی در روزنامه‌ها، مراجع قم با تشکیل جلسه‌ای تصمیم گرفتند، که تلگرافی خطاب به نخست‌وزیر ارسال کرده و بدین ترتیب مبارزه روحانیت برضد تصویب نامه انجمن‌های ایالتی و ولایتی با تلگراف اعتراض امیز به شاه آغاز شد.
اصناف تهران نیز با انتشار اعلامیه‌ای از حرکت عالمان و روحانیون برضد
[[page 73]]تصویب‌نامه دولت پشتیبانی کردند. پس از این حرکت، دولت اعلام کرد که تصویب‌نامه انجمن‌های ایالتی و ولایتی ملغا خواهد بود. آیت الله مرعشی نجفی، بر سردر منزل خود چراغانی کرده و جشن گرفتند. اما آیت الله خمینی این اظهار دولت را کافی ندانسته و از مردم خواستند که تا زمان لغو کامل آن از سوی هیات دولت ـ نه فقط از سوی نخست‌وزیر ـ به مبارزه ادامه دهند. از این رو، دولت مجبور شد که تصویب‌نامه را لغو کند. بدین ترتیب لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی در 11 آذر ماه 1341، ملغا اعلام شد، و حضرت آیت الله العظمی خمینی و دیگر مراجع وقت طی اعلامیه‌هایی، پایان غائله را اعلام و از مردم تشکر کردند.
[[page 74]]