در همین دوران علی محمد فاطمی، صادق قطب زاده و محمد نخشب در سال 1339 سازمان دانشجویان ایرانی در آمریکا را پایه ریزی کردند. در این زمان حدود 4 هزار دانشجوی ایرانی در ایالات متحده به تحصیل اشتغال داشتند.
در اواخر سال 1339 (1960 م) علی محمد فاطمی (خواهرزاده دکتر حسین فاطمی، وزیر خارجه دولت مصدق) اولین شماره نشریه «پندار» را منتشر ساخت که در آن «مانیفست» جنبش اسلامی دانشجویی نوشته صادق قطب زاده درج شده بود. در این مانیفست، قطب زاده تلاش های انجمن دوستان آمریکایی را افشا کرد و خواهان تاسیس اتحادیه سراسری دانشجویان ایرانی گردید. همین نشریه پندار، سپس ارگان «انجمن اسلامی دانشجویان ایرانی در ایالات متحده» شد. در مقدمه مانیفست انجمن اسلامی دانشجویان، قطب زاده شعار حکیمانه ای را از افلاطون نقل می کند: «جریمه ای که انسان های خوب برای عدم علاقه به دخالت در امور سیاسی پرداخت می کنند این است که توسط افرادی به مراتب بدتر از خودشان رهبری می شوند».
پیرو انتشار مانیفست مذکور، از 29 اوت تا 2 سپتامبر 1960 (شهریور 1339) نمایندگان سازمان های دانشجویان ایرانی از 25 ایالت آمریکا کنگره ای در شهر ایپسیلانتی (در ایالت میشیگان) برگزار کردند. در این کنگره اردشیر زاهدی بدون دعوت مسوولان کنگره شرکت کرد و هنگامی که کودتای 28 مرداد را قیام ملی خواند، با اعتراض دانشجویان روبه رو شده و با عصبانیت سالن را ترک کرد، در حالی که با صدای بلند می گفت: «ارز این پدرسوخته ها را قطع خواهم کرد». جلسه با سخنرانی صادق قطب زاده و محمد نخشب آغاز شد و پس از تدوین مرامنامه و خط مشی و اساسنامه سازمان، کادر رهبری را برای سال 1960 به این شرح انتخاب کرد:
صادق قطب زاده، منصور صدری، مجید تهرانیان، کیوان طبری و علی محمد فاطمی، محمد نخشب نیز برای سردبیری نشریه «دانشجو» ارگان سازمان انتخاب شد. در بیانیه پایانی کنگره که برای اولین بار به شدت سیاسی و ضد رژیم سلطنتی بود، سیاست های
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 172
حزب توده به شدت مورد انتقاد قرار گرفته و علیه روابط حسنه شوروی و ایران اتخاذ موضع شده بود.
پس از پایان رسمی کنگره اردشیر زاهدی طی پیامی از رهبران جدید برای یک مذاکره رسمی در سفارت دعوت به عمل آورد، هنگامی که فاطمی و قطب زاده به سفارت رفتند، زاهدی خطاب به فاطمی گفت که از پذیرفتن صادق قطب زاده معذور است و تنها فاطمی را خواهد پذیرفت؛ که در پی اعتراض او و حمایت از قطب زاده، دیدار برگزار نشد. از آن تاریخ به بعد سازمان دانشجویی در آمریکا وارد مرحله تازه ای گردید.
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 173