آیت الله صدر در سال 1344 ق به نجف اشرف مراجعت کرد و برای احترام، در درس میرزای نائینی حاضر می‌شد و در سال 1349ق به ایران بازگشت و به دعوت مرجع عالیقدر و موسس حوزه علمیه قم آیتالله حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی در قم اقامت گزید و به سرعت به عنوان فقیهی عالیقدر و مرجعی بزرگ و معروف و یکی از ارکان حوزه علمیه قم اشتهار یافت و پس از رحلت آیتالله حائری به همراه دو مرجع بزرگ دیگر ـ آیتالله سیدمحمد حجت و آیتالله سیدمحمدتقی خوانساری ـ زعامت حوزه و مرجعیت شیعیان را به عهده گرفت.
آن بزرگوار در «قم» به رحمت حق پیوست و درکنار قبر مراجع عظام دیگر، در حرم مطهر حضرت معصومه(ع) بخاک سپرده شد.
از مرحوم آیتالله صدر، ده فرزند، سه پسر و هفت دختر بجای ماند که پسران آن بزرگوار عبارتنداز:
مرحوم آیتالله حاج آقا رضا صدر (متوفای 1415 ق 1373 ش).
جناب آقای سیدعلی صدر.
امام موسی صدر رهبر ربوده شده شیعیان لبنان.
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 2صفحه 24