به دنبال این سخنرانی سحرگاه 13 آبان 1343 امام دستگیر و سپس به ترکیه تبعید می شوند. بعد از چند مدت هم حاج آقا مصطفی دستگیر و ایشان نیز به ترکیه تبعید می گردند.
با تبعید امام به ترکیه، امام موسی صدر به واتیکان سفر می کند و طی ملاقاتی طولانی و فشرده از پاپ اعظم می خواهد که برای رهایی امام از تبعید اقدام کنند. در اروپا نیز بیانیه های متعددی توسط برادران انجمن اسلامی سازمان UMSO در حمایت از امام و قیام روحانیت در ایران صادر می گردد. در تهران و قم و مشهد، در بازار و دانشگاه نیز اعتراضات به تبعید امام ادامه یافت سرانجام امام و حاج آقا مصطفی در 13 مهر ماه 1344 از ترکیه به عراق تبعید می گردند.
شاه خیال می کرد، شرایط حوزه نجف امام را در خود تحلیل برده و حرکت ایشان به خاموشی خواهد گرایید.
گفتگوی ایشان با آیت الله حکیم در نجف در همان روزهای اول ورودشان، روشنگر همه چیز هست الاّ سکوت و یا تصمیم به سکوت پیرامون حوادث ایران.
مطالب رد و بدل شده میان ایشان و آیت الله حکیم عیناً نقل می گردد:
چند روز پس از تبعید امام از ترکیه به عراق، امام خمینی در شب 27 مهرماه 1344 در نجف اشرف به دیدار مراجع تقلید رفت. گفتگوی آن حضرت با آیت الله حکیم بیانگر عزم راسخ امام در انجام رسالت خویش در حوزه نجف و همچنین نشان دهنده تفکر و فضای حاکم بر این حوزه است که عیناً نقل می شود:
امام خمینی: «خوبست برای تغییر آب و هوا به ایران بروید و اوضاع آن جا را از نزدیک ببینید و مشاهده کنید که بر این ملت مسلمان چه می گذرد. در زمان مرحوم بروجردی عدم اقدام ایشان را علیه دولت جابره حمل بر صحت می کردم و می گفتم مطالب را به ایشان نمی رسانند. نسبت به جناب عالی هم این طور معتقدم که فجایع حکومت ایران را به سمع شما نمی رسانند والا شما هم ساکت نمی ماندید.
در تهران به عنوان 25 سال سلطنت پهلوی جشن گرفتند و به زور چهارصد هزار
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 196
دلار از این مردم فقیر برای مصارف جشن گرفتند، 800 دختر و 800 پسر را به عنوان دعا در محلی به جان هم انداختند. به عنوان دعا چه کرده اند! از گفتنش خجلم.
آیت الله حکیم: شما که این جا هستید، به من لطفی ندارد ایران بروم؛ وانگهی چه می شود کرد، چه اثری دارد؟
امام: قطعاً اثر دارد، ما با همین قیام تصمیمات خطرناک دولت را متوقف کردیم، چطور اثر ندارد؟ اگر علما اتحاد داشته باشند قطعاً موثر است.
آقای حکیم: اگر احتمال عقلایی نیز داشته باشد و از طریق عقلایی اقدام شود خوبست.
امام: قطعاً تاثیر دارد، چنانچه اثر هم دیدیم و منظور ما از اقدام، اقدام عاقلانه است و اقدام غیرعاقلانه اصلاً مورد بحث نیست. مقصود، اقدام علما و عقلاء ملت است.
مرحوم حکیم: اقدام حاد کنیم مردم از ما تبعیت نمی کنند... برای دین سینه چاک نمی کنند.
امام: عرض کردم که مردم در پانزده خرداد جوانمردی و صداقت خود را نشان دادند.
مرحوم حکیم: اگر قیام کنیم و خونی از بینی کسی بریزد، سروصدایی بشود مردم به ما ناسزا می گویند و سروصدا راه می اندازند.
امام: ما که قیام کردیم از احدی بجز مزید احترام و سلام و دستبوسی ندیدیم و هر که کوتاهی کرد حرف سرد شنید و مورد بی ارادتی مردم واقع شد. در تبعید ترکیه به یکی از دهات ترکیه که اسمش یادم نیست رفتم. اهالی آن ده گفتند وقتی آتاتورک مشغول عملیات ضد دینی خود شد علمای ترکیه جمع شدند و به اتفاق مشغول فعالیت علیه تصمیمات آتاتورک شدند. آتاتورک ده را محاصره و چهل نفر از علمای ترکیه را به قتل رسانید. من شرمنده شدم، پیش خود فکر کردم که آن ها سنی می باشند. وقتی خطر را به دین اسلام نزدیک می بینند، چهل نفر کشته می دهند ولی علمای شیعه در این خطر عظیمی که بر دیانتمان وارد آمده خون از دماغمان نیامد (نه از دماغ من و نه شما و نه دیگری). واقعاً جای خجلت است.
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 197
آقای حکیم: چه باید کرد بایستی احتمال اثر بدهیم، کشته دادن چه اثر دارد؟
امام: عملیات ضد دینی دو جور است. یکی مثل رضاخان، بی دینی می کرد و می گفت: من می کنم و نسبت به شرع نمی داد. البته موضوع اقدام علیه او از باب نهی از منکر بود ولی شاه فعلی هر عمل ضد قرآن و مذهب می کند و می گوید: از دین است، نظر قرآن چنین است، من از قرآن کریم می گویم. این بدعت عظیم که بر اساس دیانت لطمه وارد می کند قابل تحمل نیست. باید جانبازی کرد، بگذارید تاریخ ثبت کند که وقتی دین مورد حمله واقع شد عده ای از علمای شیعه قیام کردند و دسته ای از آن ها کشته شدند.
مرحوم حکیم: تاریخ چه فایده ای دارد باید اثر داشته باشد.
امام: چطور فایده ندارد؟ مگر قیام حسین بن علی علیهماالسلام به تاریخ خدمت موثری نکرد؟ و چه بهره بزرگی از قیام آن حضرت می گیریم؟
مرحوم حکیم: راجع به امام حسن چه می فرمایید؟ ایشان که قیام نکردند.
امام: اگر امام حسن هم به اندازه شما مرید داشت قیام می کرد. در اول امر قیام کرد، دید مریدها فروخته شده اند لذا فتح نکرد. اما شما در تمام ممالک اسلامی مقلد و مرید دارید.
مرحوم حکیم: من که نمی بینم کسی را داشته باشم که اگر اقدامی کردیم تبعیت نماید. امام: شما اقدام و قیام نمایید من اولین کسی خواهم بود که از شما تبعیت خواهم کرد!
مرحوم حکیم: لبخند و سکوت...»
یکی از دلایل اساسی مشکلات ما در انتشار بیانیه های روحانیون و امام در آن زمان در اروپا، سکوت سایه افکنده بر حوزه نجف و بخش اعظم روحانیت و مراجع در ایران بود. حاکمیت ارتجاع بر اوضاع نجف به حدی بود که امام دوران اقامت خود را در نجف از تلخ ترین دوران حیات خود می نامند.
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 198
در سفرهایی که در آن دوران به نجف انجام می دادم و طی ملاقات های طولانی که با شهید سیدمحمد باقر صدر و یاران امام و نیز حاج آقا مصطفی خمینی داشتم، به حدی از اوضاع نجف متاثر بودم که به عناوین مختلف مانع از اعزام نمایندگانی دیگر از طرف اتحادیه انجمن های اسلامی در اروپا به نجف می شدم. می ترسیدم که آنان از دین و روحانیت متنفر شوند. حتی این مطلب را یکبار به برادر عزیزم دعایی گفته بودم که ایشان نیز مطلب را عیناً برای امام نقل کرده بود.
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 199