همچنانکه گفته شد برنامه نهضت های اسلامی در سه بعد رشد ایدئولوژیک و ارتقاء فقه حوزه به فقه حکومتی، رشد سیاسی مردم و آگاهی های اجتماعی و مذهبی ساختن دانشگاه و سیاسی کردن حوزه و بالاخره تدارک قوا و نهادهای قهریه، پیش می رفت. قیام مسلحانه در دستور کار نهضت و نیز اعتقاد امام نبود. اما:
در سال 1349 یک گروه مارکسیست از جوانان این مرز و بوم ـ چنانکه پیشتر گفته شد با تشکیلاتی بنام «سازمان چریک های فدایی خلق» در منطقه سیاهکل در جنگل های شمال اعلام موجودیت کرده و به چند فقره عملیات مسلحانه از سرقت بانکها و ترور عوامل رده بالای رژیم دست زدند. این حرکت های مسلحانه در اندک زمانی شور و نشاطی زاید الوصف در جوانان ایرانی به وجود آورد. بیم آن می رفت که این حرکت موجبات اقبال جوانان را به جهان بینی مارکسیسم سبب گردد. درست در همین زمان سازمان مجاهدین خلق اعلام موجودیت کرد. این سازمان که از جوانان مسلمان و مخلص و پیروان صدیق آیت الله طالقانی و مهندس بازرگان تشکیل گردیده بود و از
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 289
سال ها قبل در تدارک قیام مسلحانه بودند، نگرانی از روی آوردن جوانان مسلمان به مکتب کمونیسم را به حداقل رساند، و در عوض اقبال اکثر سیاسیون مسلمان از روحانی و دانشگاهی را به سوی خود جلب کرد. در فاصله زمانی کمتر از یک سال چتر حمایت ملت ایران و به ویژه دانشگاهیان و طلاب جوان حوزه، بر سر مجاهدین خلق سایه افکند. حمایت های مالی و تبلیغاتی و امکانات امنیتی و... از همه طرف به سوی آنان سرازیر شد. در خارج از کشور، جوانان مسلمان و خصوصاً اعضای انجمن های اسلامی توان تازه ای گرفتند و از زیر ضربات تبلیغاتی چپهای انقلابی و کمونیستی رهایی یافتند. این امر تا آنجا پیش رفت که پاره ای از علمای بزرگ حوزه و نیز شخصیت های طراز اول انقلابی از علمای بلاد و جماعات گرفته تا یاران نزدیک امام به حمایت آنان برخاستند.
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 290