پس از دستگیری امام در ساعت سه یا چهار سحرگاه پانزدهم خرداد 1342؛ که با ریختن ماموران ساواک از در ودیوار منزل ایشان در محله یخچال قاضی قم صورت گرفت و شبانه ایشان را به تهران منتقل کردند، مردم قم با فریاد حاج آقا مصطفی از پشت بام منزل مجاور، از بازداشت امام اطلاع حاصل کردند. اعتراض مردم در قم و تهران و تظاهرات خیابانی علیه دستگیری امام منجر به کشتار خونین هزاران نفر گردید که به عنوان قیام و کشتار پانزدهم خرداد 42 د ر تاریخ ایران رقم خورده است.
پس از دستگیری امام، اداره امور منزل ایشان و ارتباط با روحانیون و بازاریان سراسر کشور، تا مدتی حسب گزارشات ساواک توسط حاج آقا مصطفی صورت می‌گرفت. در این مدت حتی سفرهای ایشان به نقاط مهم کشور نظیر مشهد و اصفهان و خمین و مشاوره با بزرگان و مراجع وقت حوزه؛ دقیقاً توسط ماموران ویژه ساواک کنترل می‌شد.
در اوراق ساواک گزارشاتی از ملاقات ژنرال نصیری با ایشان در تاریخ 16 شهریور 42 دیده می‌شود که به شدت ایشان را در تعقیب راه پدرش مورد تهدید قرار داده بود.
در پی سخنرانی معروف امام علیه لایحه کاپیتولاسیون که به بازداشت مجدد و تبعید ایشان به ترکیه منجر شد؛ حاج آقا مصطفی نیز در ساعت ده و ربع روز سیزدهم آبان
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 372
43 توسط نیروهای ویژه ساواک قم دستگیر و مستقیماً به تهران منتقل شد. بر اساس مدارک موجود ایشان در ساعت نه شب همانروز سیزدهم آبان تحویل زندان قزل قلعه تهران گردید و روز بعد به اتهام «اقدام بر ضدامنیت داخلی مملکت» که در تاریخ بیست آبانماه به تایید رئیس دادگاه شماره یک دادرسی ارتش رسید، موقتاً در همان زندان بازداشت گردید. اظهارات ایشان در پی به اصطلاح سین، جیم‌های ساواک آن‌طور که در پرونده قطور امنیتی ایشان منعکس است بسیار خواندنی است.
ماموران ساواک در مشاوره با مقامات عالی امنیتی کشور، از یکسو بازداشت طولانی ایشان را به صلاح ندانسته و از سوی دیگر حضور ایشان را در قم خلاف مصالح کشور تشخیص داده لذا تصمیم به تبعید نامبرده می‌گیرند. لذا در ساعت شش بعد از ظهر روز هشتم دیماه 43 از زندان آزاد شده و روز سیزدهم دیماه همان سال طی حکم مقامات دادرسی ارتش از کشور اخراج و نزد پدرش به ترکیه تبعید گردید.
از آن پس بود که اداره امور مبارزه و انقلاب در دفتر امام در قم، بر دوش پرتوان سید احمد جوان قرار گرفت که جداگانه به آن پرداخته‌ام.
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 373