چنان که قبلا اشاره شد حکومت ایران امام را به خاطر هضم شدن در میان دیگر مراجع به عراق تبعید کرد. آن‌ها فکر می‌کردند که آقایان نجف بسیار ملاتر از امام هستند و نظرات علمی و فقهی ایشان را نخواهند پذیرفت و در نتیجه دیدگاه‌های سیاسی ایشان نیز زیر سوال خواهد رفت.
اما بعد از اتمام بازدیدهای امام، مرحوم بحرالعلوم ـ از نوادگان سید محمدتقی
خاطرات سال های نجـفج. 2صفحه 175
بحرالعلوم ـ که از اوتاد بود، از ایشان درخواست کرد تا در مسجد شیخ انصاری ـ که خودش در آنجا نماز میخواند و درس میداد ـ اقامه نماز و تشکیل مَدرَس بفرمایند. امام قبول نکردند و فرمودند: من نیامدهام که مزاحم دیگران باشم اگر من در آنجا نماز بخوانم مفهومش این است که آنجا را از ایشان گرفتهام. آقای بحرالعلوم وقتی که از نظر امام باخبر شدند مجددا اصرار و پافشاری کردند، در نتیجه آن حضرت تقاضای ایشان را پذیرفتند.
در اولین جلسه درس امام، از همه اقشار حتی غیر روحانی نیز شرکت کردند اما پس از آن اکثرا طلاب جوان حضور به هم میرساندند. امام در این جلسه به حوزه نجف بسیار عتاب کردند و آن‌هارا سفارش به خودسازی و تقوا و علم نمودند و اشاره فرمودند که بزرگان خیانت‌پیشه در تاریخ که این همه جنآیت کردهاند، از شکم مادر، جنایتکار نبودهاند. اینها در آغاز نقطه سیاهی در دلشان وجود داشته و کمکم بزرگ شده است و بالاخره دنیا را به آشوب کشاندهاند. آقایان طلاب، سعی کنید قبل از اینکه پا در جامعه بگذارید و مسوولیتی را بپذیرید، خودتان را اصلاح کنید. اگر خودتان را اصلاح کردید، آن وقت است که میتوانید جامعه را اصلاح کنید. ولی اگر خدای ناخواسته آن نقطه سیاه و ریز را بر طرف نکردید و در جامعه داخل شدید، آن نقطه شروع به رشد خواهد کرد و به فساد کشیده خواهید شد و جامعه را آلوده خواهید کرد. مردم از شما هدایت میخواهند. بیدار باشید، هوشیار باشید، اسلام در خطر است. موازین اسلامی را رعایت کنید. ما شاگردان امام زمان هستیم. ما فرزندان اسلام هستیم و از اسلام ارتزاق میکنیم. ما باید وفادار باشیم و به داد اسلام برسیم. پیامبر اسلام در یکی از جنگها که سربازان اسلام فاتح و پیروز بر میگشتند، سپاه را در بیرون مدینه نگه داشت و به آن‌ها فرمود: خدا رحمت کند کسی را که جهاد اصغر را به خوبی و با موفقیت پشت سر گذاشت و حالا جهاد اکبر را در پیش رو دارد و آن مبارزه با نفس است.
پس از سخنرانی امام، بسیاری از طلاب جوان خود را آماده خودسازی کردند و با حضور مداوم در درسها و نماز آن بزرگوار، پشتیبانی خود را اعلام کردند.
خاطرات سال های نجـفج. 2صفحه 176