به دنبال تبعید امام خمینی به ترکیه در 13 آبان 1343 مردم ایران به طور یکپارچه نسبت به این رویداد به اعتراض پرداختند. روحانیان آگاه و
کتابشیخ شریفصفحه 42
متعهد با دریافت خبر تبعید امام تلگرام، نامه و طومارهای زیادی به مقامات ترکیه، امام خمینی و مقامات جهانی ارسال کردند و ضمن پشتیبانی همه جانبه از امام تبعید غیرقانونی ایشان را محکوم کردند. در اعتراض به تبعید امام مراسم نماز جماعت در بسیاری از شهرها تعطیل شد و وعاظ از رفتن به مساجد خودداری ورزیدند. این اعتصاب دو هفته ادامه داشت. در این ایام شریف قنوتی به همراه شیخ محمد موحد و شیخ سهراب شفیعی از سوی آیات سیدعبدالحسین دستغیب و شیخ بهاءالدین محلاتی مأموریت یافتند به قم عزیمت نمایند و از اوضاع خبر کسب کنند. آن سه نفر پس از عزیمت به قم خبر آوردند که منزل علما در قم محاصره شده و تحت کنترل است. مأموریت این سه نفر هم در کنترل ساواک بود.
شریف قنوتی پس از ملاقات با آیات دستغیب و محلاتی و انجام مأموریت های محوله از سوی آنان، به اردکان فارس بازگشت و فعالیت های انقلابی اش را گسترده تر کرد. او از آن به بعد با سخنرانی های آتشین خود از امام خمینی و دلایل تبعید ایشان توسط عوامل رژیم سخن می گفت و به افشاگری علیه رژیم پهلوی می پرداخت و شخصیت واقعی امام و هدف نهضت اسلامی به رهبری امام را بیش از پیش برای مردم می شناساند.
کتابشیخ شریفصفحه 43