تشکیلات اتحادیه انجمن های اسلامی نیز مانند کنفدراسیون بود. ابتدا افراد به عضویت واحدهای انجمن در شهرهای محل تحصیل در می آمدند و از طریق پیوستن آن انجمن به عضویت اتحادیه درمی آمدند. تعداد نمایندگان هر انجمن در کنگره که عالی ترین مرجع تصمیم گیری سازمان بود،بستگی به تعداد اعضای همان انجمن داشت. نمایندگان انجمن ها در کنگره سالآنه حق رای داشتند و گاه برحسب تعداد اعضای واحدها به کنگره دعوت می شدند. البته در کنار واحدهای عضو، گاه افراد یا نمایندگان قابل اعتماد واحدهای پیوسته (که هنوز به عضویت اتحادیه درنیامده بودند) شرکت می کردند اما حق رای نداشتند.
در کنگره سالانه، خط مشی کلی اتحادیه و عملکرد و فعالیت های آن مورد بحث قرار می گرفت و گزارش مالی و منابع درآمدها مطرح می شد. هیات مدیره گزارش سال قبل را ارائه می داد. سپس کمیسیون ها تشکیل و مشغول کار می شدند و پس از یکی ـ دو روز نتیجه کار کمیسیون ها به کنگره می آمد و پس از بحث و بررسی مصوبات آن اعلام می شد.
کمیسیون ها عبارت بودند از: کمیسیون تعیین خط مشی، انتشارات، امور فرهنگی، مالی، قطعنامه و کمیسیون اساسنامه که چنانچه تغییراتی مناسب با رشد اتحادیه و شرایط سیاسی و اجتماعی ضرورت می یافت موضوع را بررسی می کردند. از جمله در کنگره پنجم تجدیدنظری در اساسنامه کردیم.
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 95
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 96
در کنگره سالانه اعضای کادر مرکزی یا هیات مدیره اتحادیه، دبیر روابط بین الملل، دبیر امور فرهنگی و انتشارات و دبیر امور مالی، توسط نمایندگان و از بین اعضای باتجربه و وابسته به اتحادیه انتخاب می شدند. البته کسانی که به عضویت هیات مدیره درمی آمدند نمی بایستی به یک سازمان سیاسی غیرعلنی تعلق داشته باشند.
تعدادی از مسوولان اتحادیه که در کادر هیات دبیران یا هیات مدیره در دوره های متناوب و متعدد انجام وظیفه می کردند عبارت بودند از: 1ـ حسین نمازی (دبیر انتشارات)، 2ـ مهدی نواب (انتشارات)، 3ـ ابراهیم فروهِش (انتشارات)، 4ـ حسین کاشفی (انتشارات) 5ـ عباس تائب (انتشارات)، 6ـ جعفر نیکویی (مالی و انتشارات)، 7ـ همایون یاقوت فام (روابط بین الملل و انتشارات)، 8ـ رضا صفاتی (مالی و انتشارات). 9ـ کریم خداپناهی (انتشارات) 10ـ مرحوم علی ابریشمی (مالی) و من (روابط بین الملل) یکی از فعالیت های آموزشی و عقیدتی انجمن اسلامی، برگزاری سمینارهای سراسری بود. بعضی سمینارها ایدئولوژیک و عقیدتی و بعضی سیاسی بود یا مسائل اجتماعی مورد بحث قرار می گرفت. سمینارهای منطقه ای و آموزشی هم داشتیم. سمینارهای آموزشی و ایدئولوژیکی را اغلب در مرکز اسلامی هامبورگ برگزار می کردیم که دکتر بهشتی و بعد آقای محمد مجتهد شبستری آن را اداره می کردند. مطالب آموزشی از این طریق به تمامی اعضاء منتقل می شد. خود واحدها هم سمینارهای آموزشی محلی برگزار می کردند و مطالب به صورت جزواتی منتشر می شد و در اختیار بقیه اعضاء و سایر کادرها قرار می گرفت. چندین جزوه از جمله نقش ایمان در زندگی انسان، مسئله نبوت، موضوع معاد به ایران هم فرستاده شد و در ایران هم چاپ شد. علاوه براین، سمینارهای منطقه ای هم داشتیم که موضوعش بر حسب ضرورت تعیین می شد. مثلاً تاریخ ایران، حکومت از نظر اسلام، تاریخ اسلام، مسائل اقتصادی یا سیاسی و به تناسب از افراد و صاحبنظران مختلف دعوت به سخنرانی می شد. مثل امام موسی صدر، دکتر چمران دکتر حبیبی، دکتر سروش، آقایان قطب زاده، بنی‌صدر و دکتر یزدی.
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 97 این افراد عضو انجمن نبودند اما در جلسات غیرتشکیلاتی از آنها برای سخنرانی دعوت می کردیم. هر انجمن در شهر خودش شب های جمعه یا یکشنبه جلسه هفتگی داشت که برنامه های کلی و جهت های فکری و سیاسی آن، علاوه بر مباحث و مسائلی که واحدها خود با آن درگیر بودند، از طرف کنگره سالآنه تعیین شده بود و بیشتر راجع به مسائل عقیدتی بود. عمدتاً خود اعضاء تهیه کننده مقالات برای این گونه جلسات بودند و گاه به تناسب حال از افراد سایر انجمن ها دعوت می شد. خود من یا آقای نواب یا دیگر برادرانی که به عنوان چهره های شاخص برای ساواک شناخته شده بودیم و لذا نیازی به مخفی کاری و یا دیگر ملاحظات سیاسی نداشتیم، اغلب برای سخنرانی به انجمن شهرهای دیگر می رفتیم. در شهر آخن جلسات ما شب های یکشنبه بود، چون جمعه شب ها که برای ما خیلی مطلوب بود، کنفدراسیون برنامه داشت و دانشجویان در جلسات آنها شرکت می کردند و اگر ما جلسات را همان زمان می گذاشتیم متهم می شدیم که اختلاف انداخته ایم و دانشجویان را از مسائل مبارزه جدا کرده ایم. از طرفی این حُسن را داشت که چند نفر از اعضای ما می توانستند در جلسات آنها شرکت کنند و یک مقداری مسائل عقیدتی را طرح بکنند و آنجا را شلوغ بکنند و ضمناً به شناسایی افراد مستعد پرداخته و کار جذب و آموزش روی آنها را آغاز کنند. هم چنین بعضی از افراد سالم آن ها امکان حضور در جلسات ما را پیدا می کردند.
هر انجمنی علاوه بر جلسات هفتگی، کمیسیون های مختلفی مانند عقیدتی، تاریخ، سیاسی و ادبی داشت که افراد بنابر ذوق و سلیقه در آنها عضو می شدند و کار مشترک و مطالعات دسته جمعی انجام می دادند. موضوعات عقیدتی مثلاً مسئله جبر و اختیار و یا مسائل غامض فلسفی و نیز موضوعات حاد سیاسی نظیر سرمایه گذاری های خارجی در ایران، مباحث مربوط به فلسطین و... را عنوان می کردیم که تا مثلاً سه ماه دیگر باید به بحث گذاشته شود. کمیسیون عقیدتی، مسوول اداره برنامه می شد. کتاب های مورد لزوم شناسایی و در اختیار افراد قرار می گرفت و در موعد مقرر مقالات تهیه شده آن ها به بحث گذاشته می شد.
در کنار فعالیت های مستمر و دائمی گاهی مسائل و حوادث غیرمترقبه ای مانند سیل
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 98
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 99 و زلزله پیش می آمد که برای کمک به مردم مصیبت زده، اعضای انجمن های اسلامی بسیج می شدند. نظیر حادثه سیلی که در اثر طغیان رودخانه در پاکستان اتفاق افتاد یا حوادث دیگری بویژه در کشورهای مسلمان یا زمین لرزه طبس و امثال آن. به این مناسبت ها یک برنامه ریزی برای جمع آوری پول می کردیم، مثلاً در همان سیل پاکستان که فکر می کنم در سال 1347 ش / 1968 م بود، برای انجام یک تلاش گسترده و جمع آوری اعانات نقدی و جنسی و دارویی، ما در آخن از پلیس اجازه گرفتیم، بیانیه هایی پخش کردیم و در سطح شهر اقدام به گرداندن قلک کردیم. آخن شهری بود دارای مرز مشترک با هلند و بلژیک، یک روز را اجازه گرفتیم که اعضاء به این دو کشور بروند و اعانه جمع کنند. آن سال خانم من تازه آمده بود به آلمان غربی و به عنوان اولین زن محجبه در دانشگاه های آلمان آغاز به تحصیل کرده بود و با روسری، قلک به دست و یک پلاکارد بر روی سینه دایر بر کمک به آسیب دیدگان سیل در پاکستان مشغول جمع آوری پول بود. اتفاقاً زمستان سردی هم بود ولی مردم هم خوب کمک کردند و ما پول زیادی فراهم کردیم و توسط دوستان و دکتر بهشتی به پاکستان فرستادیم.
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 100