همین امر باعث کاهش تعداد دانشجویان مبارز در کنفدراسیون گردید، به طوری که در کنگره ششم که از سوم تا هفتم ژانویه 1967 (سیزدهم تا هفدهم دی ماه 1345) در شهر فرانکفورت برگزار شد، اعلام شد که حدود 400 الی 500 نفر از سازمان جدا شده اند.البته تعدادی از این افراد جذب انجمن های اسلامی شده بودند، ولی این رقم بالا نشانه روی آوردن اکثریت آنان به بی تفاوتی یا ترس از مسائل امنیتی و عدم علاقه به اندیشه های کمونیستی بوده است. تعداد نفرات جبهه ملی در هیات دبیران منتخب این
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 243 کنگره باز هم کمتر شد و به دو نفر تقلیل یافت؛ حسن ماسالی و چنگیز پهلوان، در حالی که رحمت خسروی و محمد علمی از سازمان توده انقلابی و بهمن نیرومند از سازمان کادرها، در رهبری کنفدراسیون در اکثریت قرار گرفتند. بحران در درون کنفدراسیون در واقع از همین سال و همین کنگره آغاز شد. از اولین نمودهای این درگیری، اختلاف بر سر برخورد سازمان با رحلت دکتر مصدق بود. در حالی که جبهه ای ها 40 روز عزای عمومی اعلام کردند، دیگران به زور حاضر شدند یک هفته را بپذیرند و سرانجام هم به یک هفته عزای عمومی و نه تعطیل عمومی ختم شد؛ در حالی که سازمان آمریکا، ضمن اعلام لغو جشنهای عید نوروز، چهل روز هم عزای عمومی اعلام کرد و جلسات بزرگ و متعددی در بزرگداشت دکتر مصدق برگزار کرد. نمونه دیگر عدم توافق در پذیرفتن سازمان های دانشجویان ایرانی در اروپای شرقی به عضویت کامل کنفدراسیون بود.
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 244