با حمایت پرشور کنفدراسیون از چریک های فدایی، دادستان نظامی تهران، کنفدراسیون
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 256 را سازمانی غیر قانونی و عضویت در آن را مشمول مجازات سه تا ده سال زندان اعلام کرد. کنفدراسیون گرچه در مبارزه علیه این حکم پیروز میدان گردید و بر تعداد اعضای خود به شدت افزود ولی از درون سیر انحطاط نهایی خود را آغاز کرد.
در یکی از سمینارهای کنفدراسیون در بهار سال 1969 که در دوسلدورف تشکیل شد، ابوالحسن بنی صدر گفت «چنانچه احزاب و گروه های سیاسی فعالیت های خود را به درون کنفدراسیون هدایت کنند، هم سازمان دانشجویی را به لجن خواهند کشاند و هم خود مضمحل خواهند شد.» این پیشگویی با اعلام حمایت کنفدراسیون از مبارزات مسلحانه داخل کشور تحقق عینی یافت. درگیری سازمان های مائوئیستی با یکدیگر به درون سازمان علنی و به اصطلاح دموکراتیک دانشجویی کشیده شد.
خاطرات سیاسی- اجتماعی دکتر صادق طباطباییج. 1صفحه 257