شاه به منظور نفوذ همه جانبه امریکا و حضور مستقیم آنها در عرصه های مختلف و تضمین امنیت آنان، دستور احیای لایحه کاپیتولاسیون را داد. امام با سخنرانی هایی، دخالت های غیرقانونی امریکا در کشور و خیانت های شاه را افشا کرد که منجر به تبعید ایشان شد.
روحیه مبارزه و جهاد در راه خدا ریشه در بینش اعتقادی و تربیت خانوادگی و شرایط سیاسی - اجتماعی طول دوران زندگی حضرت امام خمینی(س) داشته است. مبارزات ایشان از نوجوانی آغاز، و سیر تکاملی آن به موازات تکامل ابعاد روحی و علمی ایشان از یکسو و اوضاع و احوال سیاسی و اجتماعی ایران و سایر جوامع اسلامی از سوی دیگر در اشکال مختلف ادامه یافته است. ایشان نخستین بیانیه سیاسی خود را در سال 1323 ه.ش. که در آن آشکارا علمای اسلام و جامعه اسلامی را به قیام عمومی فرا خوانده بود، صادر کرد.
روز هفتم آذر سال ۱۳۴۱ امیر اسدالله علم نخست وزیر در تلگرامی به علمای قم، لغو مصوبه انجمنهای ایالتی و ولایتی را اعلام کرد. تصویب لایحه انجمن های ایالتی و ولایتی در ۱۴مهر ۱۳۴۱ در کابینه امیر اسدالله علم و سپس اعتراض امام خمینی که به لغو این مصوبه انجامید، از جمله فرازهای مهم مبارزات امام (س) با حکومت پهلوی به شمار می رود. این لایحه بخشی از تغییراتی بود که شاه به توصیه هیأت حاکمه جدید امریکا و به نام «اصلاحات اجتماعی» قصد انجام آن را داشت. به موجب این لایحه شـرط «مسلمان بـودن، سوگند بـه قرآن کریـم و مرد بودن انتخاب کنندگان و کاندیداها» تغییر می یافت، این تغییر به منظور قانونی کردن حضور عناصر بهایی در مصادر امـور کشور طراحی شـده بود.
رژیم شاه پس از چند شکست پی در پی، طرح امریکایی انقلاب سفید را در دی ماه 1341 در معرض افکار عمومی قرار داد. امام خمینی (س)، با توجه به اهدافی که شاه و امریکا در پشت این طرح به ظاهر اصلاحی داشتند، و عمق خطرات ناشی از آن، قدم به صحنه ی مبارزه گذارد و با مطلع کردن علما و مراجع قم، و آگاهی دادن به مردم، یورش همه جانبه ای را برای شکستن تهاجم جدید رژیم آغاز کرد. در همین زمینه امام خمینی (س) در اعلامیه ای بسیار تند و در عین حال مستدل که به اعلامیه 9 امضایی معروف و منتشر گردید؛ سقوط کشاورزی و استقلال کشور و ترویج فساد و فحشا را به عنوان نتایج قطعی اصلاحات برشمرد.
پس از مخالفت های امام در برابر سیاست های غرب گرایانه محمدرضا پهلوی، شاه که از مخالفت های امام به شدت برآشفته بود، درصدد رویارویی مستقیم با روحانیت برآمد تا آنها را مرعوب و وادار به سکوت کند. در همین زمینه روز دوم فروردین ۱۳۴۲ (مصادف با شهادت امام جعفر صادق (ع)) مأمورین مسلح رژیم به مدرسه فیضیه یورش بردند و به کشتار و جرح طلاب پرداختند. همزمان مدرسه دینی طالبیه تبریز نیز مورد هجوم مأمورین قرار گرفت. در پی این حوادث، حضرت امام در روز ۱۳ فروردین ۱۳۴۲ اعلامیه معروف خود را تحت عنوان «شاه دوستی یعنی غارتگری» منتشر ساخت.
در ادامه اعتراضات روز عاشورای سال 1383 ه . ق (13 خرداد 1342 ش)، جمعیت صد هزار نفری در تهران با داشتن عکس هایی از امام به تظاهرات پرداختند. امام خمینی (س) عصر آن روز در مدرسه فیضیه نطق تاریخی خویش را که آغازی بر قیام 15 خرداد بود ایراد کرد. براساس گزارشات، حضرت امام در آن سخنرانی با لحنی دلسوزانه و از روی ترحم شاه را بدبخت و بیچاره خطاب کرده و به او نصیحت می کند که سر عقل بیاید.
سخنان امام خمینی همچون پتکی بر روح شاه فرود آمد و از این رو شاه فرمان خاموش کردن صدای قیام را صادر کرد. نخست جمع زیادی از یاران امام خمینی در شامگاه 14 خرداد دستگیر و ساعت سه نیمه شب (سحرگاه پانزده خرداد 42) صدها کماندوی اعزامی از مرکز، منزل حضرت امام را محاصره کردند و ایشان را در حالی که مشغول نماز شب بود دستگیر و سراسیمه به تهران برده و در بازداشتگاه باشگاه افسران زندانی کردند و غروب آن روز به زندان قصر منتقل نمودند.
به دنبال انتشار خبر بازداشت امام در سحرگاه 15 خرداد 1342 به مناسبت سخنرانی تاریخی امام که علیه اسرائیل و رژیم شاه بوده از نخستین ساعات روز 15 خرداد، اعتراضات گسترده ای در قم، تهران، ورامین، مشهد و شیراز برگزار شد که با شعارهایی بر ضد شاه و در طرفداری از امام همراه بود. مأموران نظامی که در نقاط مرکزی و حساس شهرهای قم و تهران مستقر بودند به روی تظاهرکنندگان آتش گشودند. مردم نیز با چوب و سنگ به دفاع از خود برخاستند.
شاه به منظور عادی جلوه دادن اوضاع سیاسی و جلوگیری از خشم مردم در تاریخ 11 مرداد 1342 حضرت امام را از بازداشتگاه ابتدا به منزلی تحت محاصره نیروهای امنیتی در منطقه داوودیه تهران و سپس به منزلی واقع در محله قیطریه تهران منتقل کرد و در شامگاه 16 فروردین 43 بدون اطلاع قبلی، امام خمینی (س) آزاد و به قم منتقل می شود.
سحرگاه ۱۳ آبان ۱۳۴۳ ه. ش. دوباره کماندوهای مسلح اعزامی از تهران، منزل امام خمینی در قم را محاصره کردند. شگفت آنکه وقتِ بازداشت، همانند سال قبل مصادف با نیایش شبانه امام خمینی بود. حضرت امام بازداشت و به همراه نیروهای امنیتی مستقیماً به فرودگاه مهرآباد تهران اعزام و با یک فروند هواپیمای نظامی که از قبل آماده شده بود، تحت الحفظ مأمورین امنیتی و نظامی به آنکارا پرواز کرد. عصر آن روز ساواک خبر تبعید امام را به اتهام اقدام علیه امنیت کشور در روزنامه ها منتشر ساخت. علی رغم فضای خفقان، موجی از اعتراض ها به صورت تظاهرات در بازار تهران، تعطیلی طولانی مدت دروس حوزه ها و ارسال تومارها و نامه ها به سازمان های بین المللی و مراجع تقلید جلوه گر شد.
روز ۱۳مهر ماه ۱۳۴۴ حضرت امام از ترکیه به عراق اعزام شدند. به تصور رژیم شاه وضعیت آن زمان عراق مانعی بزرگ برای محدود نمودن فعالیت های امام خمینی بود اما امام با هوشمندی در مقابل دسیسه ها می ایستاد و مردم را به ادامه جهادی که آغاز کرده بود دعوت می کرد.
در مهر 1357 امام نجف را به قصد مرز کویت ترک گفت. دولت کویت از ورود امام به این کشور جلوگیری کرد و بالاجبار ایشان به فرانسه هجرت کرد و در نوفل لوشاتو اقامت کرد. در مدت 4 ماه اقامت، مصاحبه های متعدد امام دیدگاه های ایشان را برای جهانیان بازگو می کرد.
اوایل بهمن 1357 خبر تصمیم امام در بازگشت به کشور منتشر شد. دولت بختیار فرودگاه های کشور را به روی پروازهای خارجی بست ولی با اعتراض و تظاهرات مردم ناگزیر به پذیرفتن خواست ملت شد و امام خمینی بامداد 12 بهمن 1357 وارد کشور شد.