امام خمینی در تاریخ 4 / 2 / 1368 به منظور اصلاح و تکمیل ارکان تشکیلات نظام اسلامی طی نامه ای به رئیس جمهور وقت هیأتی از صاحب نظران و کارشناسان را مسئول بررسی و تدوین اصلاحات لازم در قانون اساسی بر اساس هشت محور تعیین شده در همین نامه نمود. پس از بازنگری قانون اساسی جمهوری اسلامی توسط کارشناسان، مواد اصلاح شدۀ قانون اساسی در تاریخ 12 آذر 1368 به همه پرسی گذاشته شد و با اکثریت مطلق آرا به تأیید ملت ایران رسید.
گورباچف آخرین صدر هیأت رئیسه اتحاد جماهیر شوروی دست به اصلاحات و تغییراتی در قطب کمونیستی جهان زده بود. هنوز تحلیلگران سیاسی و رهبران جهان غرب به این تحولات به دیده تردید و بدبینی می نگریستند و هیچ یک باور نداشتند که این تحولات، نظام الحادی هفتاد ساله کمونیسم را در شوروی از بیخ و بن برخواهد کند. ولی امام خمینی با بصیرتی غیرقابل درک برای محاسبه گران مادی، در تاریخ 11 / 10/ 1367 نامه ای به گورباچف نوشتند. در پیام امام خمینی به گورباچف سقوط رژیم کمونیستی پیش بینی شده است.
انتشار وسیع کتاب مبتذل آیات شیطانی نوشته سلمان رشدی و حمایت رسمی دولت های غربی از آن سرآغازی بر فصل تهاجم فرهنگی بود. اگر جامعه اسلامی در مقابل توهین های این کتاب به پیامبر عظیم الشأن اسلام از خود مقاومت نشان نمی داد، مبانی دینی و مقدساتی که هویت وحدت بخش امت اسلامی است، را مورد هجوم قرار می داد. امام خمینی با صدور حکم ارتداد و اعدام سلمان رشدی و ناشرین مطلع آن، موجب ایستادگی صفوف مسلمانان صرف نظر از مذاهب و زبان و کشورهایشان، بصورت متحد در برابر این نقشه شوم شد.
در سالهای پایانی عمر امام خمینی چند حادثه اتفاق افتاد که اثر آن بر روح امام سنگینی می کرد. شهادت مظلومانۀ حجاج بیت الله الحرام در کنار خانه خدا در مراسم حج سال 1366، به خاک و خون کشیده شدن زائران خانه خدا به جرم برائت از مشرکین و منفجر ساختن هواپیمای مسافربری ایران بر فراز خلیج فارس به وسیله نیروهای نظامی امریکا، برکناری قائم مقام رهبری از سوی امام خمینی (در تاریخ 8 / 1 / 68) از جمله حوادث ناگوار این دوران بودند.