سازمان منافقین در نظام جمهوری اسلامی ایران

مقدمه

بخش اول: عملکرد پیش از انقلاب اسلامی

بخش دوم: عملکرد پس از پیروزی انقلاب اسلامی

بخش سوم: رویارویی با نظام اسلامی

بخش چهارم: اعلان رسمی مبارزه مسلحانه با نظام اسلامی

بخش پنجم: فعالیت ها پس از خروج از ایران

بخش ششم: عملیات مرصاد

سازمان مجاهدین خلق، در سال ۱۳۴۴ با تشخیص ضرورت تشکیل سازمانی مخفی و متشکل با ایدئولوژی اسلامی برای مبارزه با امپریالیسم تشکیل شد. مشی مسلحانه و ایدئولوژی التقاطی، مراحل مختلفی را در سال های پیش از انقلاب و بعد از آن برای سازمان رقم زد.

عملکرد پیش از انقلاب سازمان، در سه مرحله قابل بررسی است: ۱. از تأسیس تا ضربۀ ۱۳۵۰؛ ۲. از ۱۳۵۰-۱۳۵۴ (دورۀ رکود)؛ ۳. از ۱۳۵۴ (اعلام تغییر ایدئولوژی)-۱۳۵۷.

پس از پیروزی انقلاب، بخش مسلمان سازمان به رهبری مسعود رجوی، سیاست دوگانه ای در برابر نظام در پیش گرفت و در نهایت نیز به طور رسمی مبارزه مسلحانه با جمهوری اسلامی را اعلام کرد. بعد از شکست داخلی سازمان و خروج تشکیلات به خارج از کشور، رجوی سازمان را از تشکیلاتی سیاسی مذهبی، به فرقه ای مذهبی مافیایی فروکاست.

امام خمینی (س) با اعتقاد به نگاه التقاطی و تک بعدی سازمان به دین، در هیچ برهه ای از انقلاب، سازمان را تأیید نکرد.

در پی قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ و شکست مبارزات مسالمت آمیز گروه های اسلامی و ملی، زمینه تأسیس سازمان مجاهدین خلق ایران در سال ۱۳۴۴ فراهم شد. گروهی از جوانان مذهبی که سابقه فعالیت در نهضت آزادی داشتند، با هدف سرنگونی رژیم پهلوی، این سازمان را بنیان گذاشتند. بنیان گذاران اولیه سازمان، سه تن از دانشجویانِ عضو بخش دانشجویی نهضت آزادی، به نام های محمد حنیف نژاد، سعید محسن و عبدالرضا (حسین) نیک بین (معروف به عبدی) بودند. اندکی بعد، اصغر بدیع زادگان نیز به آنها افزوده شد. این افراد که از آغاز تشکیل نهضت آزادی، به ویژه پس از واقعه ۱۵ خرداد و در طول دوره زندان، همواره منتقد عدم قاطعیت رهبران آن در برخورد با رژیم پهلوی بودند، در این مدت تلاش کردند با استفاده از تجارب کسب شده در نهضت آزادی، به برنامه ریزی و تدوین ایدئولوژی، همچنین تشکیل هسته ها و سازماندهی بپردازند.

محمد حنیف نژاد و سعید محسن پس از آزادی از زندان در شهریور ۱۳۴۲، در جمع بندی وضعیت سیاسی کشور و دلایل شکست مبارزات سیاسی، به نتایجی رسیدند که مهم ترین آنها اینها بود:

• مبارزه ملت ایران در واقع، متوجه دشمنان اصلی، یعنی آمریکا و دیگر امپریالست های غرب است.
• جریان هایی مانند نهضت آزادی و جبهه ملی که معتقد به مبارزه در چارچوب حفظ حاکمیت و شیوه های مسالمت آمیز هستند، توان رهبری مبارزات مردم ایران را ندارند و خود از مهم ترین دلایل شکست قیام ۱۵ خرداد به شمار می روند.
• ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ به عنوان نقطه عطف تاریخ مبارزات مردم ایران، ضرورت پرداختن به مبارزه جدی و مسلحانه علیه رژیم پهلوی را آشکار کرد و این مبارزه، پیش از هر چیز، لزوم تشکیل سازمانی مخفی، منضبط، متشکل و ملی را با ایدئولوژی اسلامی مشخص می کند.

بر این اساس، افراد نامبرده، تصمیم گرفتند برای رسیدن به اهداف مورد نظر، سازمان مجاهدین خلق را تأسیس کنند. سازمان در آغاز کار، معتقد به نقش مهم اسلام، به ویژه مکتب تشیع و سنت های انقلابی و مبارزاتی آن در بسیج توده ها بود؛ از این رو در طول سال های دهه ‏۱۳۴۰ و اوایل دهه ۱۳۵۰، مسلمان بودن از شروط اولیه عضویت در سازمان بود و قوانین سازمان در این زمینه، انعطاف نشان نمی داد. همچنین ارتباط نزدیک اعضای سازمان با سیدمحمود طالقانی و مراکزی چون مسجد هدایت و حسینیه ارشاد در تهران که کانون های مبارزه بودند، بر دامنه جذابیت مذهبی سازمان افزود و موجب همراهی بیشتر روحانیون انقلابی، نیز کمک های مالی بازاریان و سایر انقلابیون شد.

سازمان مجاهدین، برای آموزش اعضای خود، در کنار بهره گیری از کتاب های اسلامی، از برخی متون مارکسیستی نیز برای انتقال تجارب علمی و اجتماعی، استفاده می کرد؛ لذا دستیابی به جامعه بی طبقه را آرمان خود و وظیفه همه مسلمانان می شمرد و معتقد بود نظام توحیدی مورد نظر پیامبر(ص)، همان نظام اشتراکی وابسته و بی طبقه است. اعتقاد این گروه به تضاد نداشتن اسلام و مارکسیسم، در واقع نوعی تجدیدنظرطلبی در اسلام بود و تألیف کتاب امام حسین(ع)، به قلم احمد رضایی که در آن هدف اسلام، مبارزه با سرمایه داری و امپریالیسم معرفی شده بود، نشان دهنده پذیرش اسلام با عنوان یک دین انقلابی از سوی مجاهدین بود. از نشانه های وجود رگه های التقاط درون سازمان، پذیرش اصول دیالکتیک به عنوان پایه اساسی، اقتصاد مارکسیستی و آرم ترکیبی سازمان که داس و چکش، به همراه آیه فَضَّلَ اللَّهُ الْمُجاهِدینَ…بود، می باشد. امام خمینی (س) نیز معتقد بود این گروه به دین نگاه التقاطی و تک بعدی داشته است.

سازمان مجاهدین خلق، در بُعد سیاسی، ایران را تحت سلطه امپریالیسم می دانست و معتقد بود انقلاب سفید محمدرضا پهلوی، کشور را از جامعه فئودالی به بورژوازی وابسته به امپریالیسم غرب، تبدیل کرده، رژیم پهلوی، بیشتر بر مبنای خفقان آفرینی، ارعاب و تبلیغات حکومت می کند و تنها راه تغییر این وضعیت، توسل به خشونت است؛ لذا برای آمادگی یافتن برای مبارزه مسلحانه، برخی از اعضای سازمان به اردوگاه های آموزشی سازمان آزادیبخش فلسطین در لبنان اعزام شدند.

عملکرد سازمان از آغاز تأسیس تا پیروزی انقلاب اسلامی، در سه دوره قابل بررسی است:

از تأسیس تا ضربه رژیم در سال ۱۳۵۰

نخستین اقدام پس از بنیان گذاری سازمان، تشکیل کلاس های آموزشی از سوی محمد حنیف نژاد و سعید محسن با موضوع های ایدئولوژی، اقتصاد، سیاست و مسائل تشکیلات، در تهران بود که پس از جذب افراد قابل اطمینان و تا حدودی دارای تعهد سیاسی و مذهبی، از طریق مسئولان انجمن های اسلامی یا نهضت آزادی دانشگاه صورت می گرفت. این برنامه آموزشی در آغاز کار، ابتدایی و محدود بود؛ اما کم کم گسترش یافت و در سه دوره مقدماتی، متوسطه و عالی عرضه شد. ۲۰ در این مقطع، اعضای سازمان به ویژه اعضای اولیه، وظیفه داشتند از میان افراد قابل اعتماد، با گذراندن دوره آزمایشی و تحت نظر مسئول مربوطه، عضوگیری کنند، و این روند به طور جدی دنبال می شد. سازمان در هیچ دوره ای اساسنامه مدون نداشت و بر تدوین آن نیز اصراری نداشت. دربارهٔ شیوه سازماندهی نیز تا سال ۱۳۴۷، هیچ گروه تخصصی در سازمان وجود نداشت و از آن سال به تدریج، نخست گروه ایدئولوژی و سپس گروه های سیاسی، اطلاعات، کارگری، روحانیت و بازار به وجود آمد. خانه های تیمی نیز برای آسان سازی ارتباط نزدیک با افراد، نیز آشنایی با مسائل آنها و تقویت روحیه و انضباط افراد، تشکیل شد. هر حوزه که واحد تشکیلاتی به حساب می آمد، شامل سه یا چهار تن بود و با مسئولیت یکی از اعضای حوزه های بالاتر اداره می شد. تشکیلات سازمان، درکامل ترین شکل خود، دارای بخش های زیر بود:

• مرکزیت.
• حوزه کادرها و مسئولان درجه دو.
• حوزه کادرهای درجه سه.
• حوزه اعضای ساده.

مرکزیت سازمان در آغاز متشکل از همان بنیان گذاران اولیه سازمان بود، اما در سال ۱۳۵۰ به ده تن رسید.

در میانه سال ۱۳۴۷، تیم های انتشارات، لجستیک، اطلاعات و ارتباطات برای تدارک فعالیت های مسلحانه ایجاد شد و آغاز مبارزه، به کسب حداقل آمادگی نظامی و تدارک اسلحه مورد نیاز منوط گردید که تماس با سازمان الفتح، برای زمینه سازی اعزام اعضا به اردوگاه های فلسطینی و گذراندن دوره آموزش نظامی، نخستین اقدام در این جهت بود. در مسیر سفر به اردوگاه های فلسطینی، شش تن از اعضای سازمان در ۶ / ۵ / ۱۳۴۹ در بازار دبی دستگیر شدند. از تلاش تیم اعزامی سازمان برای آزادی بی سروصدای دستگیرشدگان، نتیجه ای به دست نیامد و با حساس شدن سازمان اطلاعات و امنیت کشور روی موضوع، گزینه نظامی پیش روی سازمان قرار گرفت. سرانجام در ۱۸ / ۸ / ۱۳۴۹ هنگام اعزام دستگیرشدگان و تحویل آنها به ایران که با هواپیما صورت گرفت، عبدالرسول مشکین فام، حسین روحانی و محمد (صادق) سادات دربندی، وارد هواپیما شدند و به کمک شش دستگیرشده، هواپیمای شرکت «ایر تاکسی ایران» را ربودند و به بغداد بردند. دولت عراق به گمان اینکه هواپیماربایان، مأموران رژیم پهلوی هستند، آنان را دستگیر کرد و مدتی تحت شکنجه قرار داد. پس از این اتفاق، «تراب حق شناس»، یکی از اعضای مرکزی سازمان، به دیدار امام خمینی (س) در نجف اشرف رفت و از ایشان خواست برای آزادی افراد دستگیرشده، میانجی گری کند، ولی ایشان با این استدلال که وساطت وی ممکن است گرفتاری آنها را بیشتر کند و اینکه نمی خواهد از رژیم بعثی عراق درخواستی کند، نپذیرفت. سرانجام، این زندانیان، با دخالت نماینده الفتح در عراق، آزاد شدند و برای آموزش نظامی به اردوگاه های فلسطینی در لبنان رفتند.

به دنبال تصمیم اعضای رهبری سازمان برای طراحی عملیات نظامی در زمان برگزاری جشن های ۲۵۰۰ساله شاهنشاهی از طریق بمب گذاری در تأسیسات برق تهران در مهر ۱۳۵۰ سازمان تلاش کرد تا اوایل تابستان ۱۳۵۰، سلاح مورد نیاز برای این عملیات را، از منابع قاچاق تأمین کند. همین مسئله و نفوذ یکی از عوامل ساواک در کرمانشاه به نام «الله مراد دلفانی» به عنوان تأمین کننده سلاح در سازمان، منجر به شناسایی افراد و خانه های تیمی آنها و کشف عملیات مربوط به جشن های ۲۵۰۰ساله شد. ساواک در اول شهریور۱۳۵۰، با حمله به برخی خانه های تیمی، شمار زیادی از رهبران، اعضا و طرفداران سازمان و در مجموع حدود ۱۲۰ تن را دستگیر کرد. ۶۹ تن از آنان، ازجمله یازده تن از اعضای کادر مرکزی، یعنی محمد حنیف نژاد، علی اصغر بدیع زادگان، علی باکری، سعید محسن، بهمن بازرگانی، ناصر صادق، علی میهن دوست، محمود عسگری زاده، رضا رضایی، محمد بازرگانی و مسعود رجوی، در دادگاه نظامی محاکمه و همه کادر مرکزی به اعدام محکوم شدند. از این میان، نه تن در فروردین و خرداد ۱۳۵۱ تیرباران شدند؛ رضا رضایی پیش از محاکمه از زندان گریخته بود و حکم اعدام بهمن بازرگانی و مسعود رجوی نیز به زندان ابد تخفیف یافت. تخفیف مجازات مسعود رجوی، به دلیل تقاضای عفوی بود که جمعی از استادان علوم سیاسی دانشگاه ژنو، به درخواست کاظم رجوی، برادر مسعود رجوی، نوشته بودند و محمدرضا پهلوی با آن موافقت کرده بود. با محاکمه این افراد در بهمن ۱۳۵۰، نام سازمان مجاهدین خلق برای نخستین بار در روزنامه های ایران انتشار یافت.

دوره ۱۳۵۰ تا ۱۳۵۴

دستگیری اعضای اصلی مجاهدین خلق در شهریور ۱۳۵۰ اگرچه موجب متلاشی شدن سازمان نشد ولی آن را بسیار ضعیف کرد. رضا رضایی که گریخته بود، به همراه احمد رضایی، حسین روحانی و تراب حق شناس که در مأموریت خارج کشور بودند و دو تن دیگر، مانع فروپاشی سازمان شدند. پس از این، سازمان به سه بخش مجزا تبدیل شد که رهبر هر بخش، عضو کمیته مرکزی سه نفره بود. هر بخش برای عضوگیری و تهیه سلاح به طور مستقل اجازه داشت، ولی برای اجرای عملیات مسلحانه یا انتشار هرنوع اعلامیه به نام مجاهدین خلق، باید از کمیته مرکزی کسب تکلیف می کرد. اعضای نخستین کمیته مرکزی پس از تجدید سازمان، رضا رضایی، کاظم ذوالانوار و بهرام آرام بودند که پس از مدت کوتاهی به دلیل کشته شدن رضایی در درگیری و دستگیری ذوالانوار، تقی شهرام و مجید شریف واقفی به کمیته مرکزی راه یافتند.

در این دوره، بخش خارج کشور سازمان نیز فعالیت خود را به عنوان یک ارگان با وظایف مشخص، آغاز کرد. بیشتر فعالیت این بخش، تبلیغاتی و انتشار جزوه های درون گروهی سازمان نظیر «شناخت»، «اقتصاد به زبان ساده» و »«انقلاب سفید» گرفتن یک موج رادیویی از دولت عراق، همچنین حمایت از مجاهدین داخل کشور از نظر تأمین وسایل مورد نیاز، آموزش نظامی اعضا و تماس و ارتباط با گروه های سیاسی خارج از کشور (ایرانی و غیر ایرانی) و برخی دولت ها بود.

ازجمله فعالیت های ارگان خارج کشور، در همان آغاز کار، تماس و دیدار حسین احمدی روحانی (از مسئولان این ارگان) با امام خمینی (س) بود که در اواخر سال ۱۳۵۰ و اوایل ۱۳۵۱ انجام گرفت. این دیدار برای آشناکردن امام خمینی (س) با مسائل سازمان و درخواست از ایشان برای صدور اعلامیه و محکومیت رژیم پهلوی به سبب دستگیری و محاکمه افراد سازمان در نجف اشرف صورت گرفت. سازمان اعتقاد داشت اعلامیه ایشان می تواند تأثیر بسیاری بر گرایش مردم به سازمان، همچنین نگاه رژیم به آن بگذارد. این دیدار، با وساطت سیدمحمود دعایی انجام شد و طی شش یا هفت جلسه خصوصی، احمدی روحانی، امام خمینی (س) را با تاریخچه سازمان، مواضع تشکیلاتی و ایدئولویک سازمان آشنا کرد.

امام خمینی (س) با مطالعه جزوه های «راه انبیا، راه بشر» و «امام حسین (ع)»، دیدگاه های خود را به اختصار نوشت و در اختیار آنان قرار داد. ایشان، نگاه سازمان به روز قیامت، همچنین نظریه تکامل را نادرست دانسته، به نوع برخورد سازمان با روحانیت و نیاوردن نام خدا در آغاز نوشته های سازمان انتقاد کرده بود. امام خمینی (س) در این دیدار، به صراحت مخالفت خود را با جنگ مسلحانه ابراز کرد و صدور اعلامیه را در آن مقطع به ضرر زندانیان سازمان دانسته، آن را مشروط به شناخت کامل خود از سازمان کرد. این امر در شرایطی بود که علمای مبارزی چون حسینعلی منتظری، سیدمحمود طالقانی، مرتضی مطهری و اکبر هاشمی رفسنجانی، در نامه ها و پیشنهادهای خود به امام خمینی (س)، دربارهٔ سازمان و به خصوص شخصیت هایی چون محمد حنیف نژاد و ضرورت حمایت از آنها تأکید کرده بودند. امام خمینی (س) افزون بر خودداری از تأیید سازمان، با حمایت برخی از روحانیان مرتبط با خود از سازمان نیز مخالف بود. با این حال، ایشان چندی بعد اعلامیه ای دربارهٔ جنایات رژیم پهلوی و انباشته شدن زندان ها از جوانان مسلمان، بدون نامی از سازمان، صادر کرد.

در اوایل سال ۱۳۵۲، مجاهدین خلق نه تنها در تهران، بلکه در اصفهان، شیراز، مشهد، قزوین، کرمانشاه، تبریز و زنجان نیز کانون هایی ایجاد کردند. این سازمان، نشریاتی مانند نشریه «جنگل» (از زمستان ۱۳۵۲ تا تابستان ۱۳۵۵)، نشریه خبری سازمان مجاهدین خلق ایران (از پاییز ۱۳۵۳ تا بهار ۱۳۵۵)، نشریات تیم ایدئولوژی، مانند شناخت، تکامل، اقتصاد به زبان ساده، مطالعات مارکسیستی، نهضت حسینی و چگونه قرآن بیاموزیم را منتشر می کرد.

سازمان در ادامه اقدامات نظامی علیه رژیم پهلوی، عملیاتی مانند انفجارهای متعدد در هنگام ورود ریچارد نیکسون، رئیس جمهور آمریکا به ایران و به گلوله بستن اتومبیل ژنرال هارولد پرایس، رئیس هیئت مستشاری آمریکا در ایران در خرداد ۱۳۵۱ انفجار بمب در سفارت اردن به نشانه اعتراض به سفر ملک حسین، پادشاه اردن، به ایران در مرداد ۱۳۵۱ و حمله به برخی مراکز نظامی را انجام داد؛ ولی مهم ترین اقدام نظامی در این مقطع، ترور سعید طاهری، رئیس سازمان زندان های شهربانی و از عوامل سرکوب مردم در واقعه ۱۵ خرداد بود که در مرداد ۱۳۵۱ صورت گرفت. این بمب گذاری ها و عملیات مسلحانه که تا اواخر سال ۱۳۵۳ ادامه داشت، خشم و نگرانی محمدرضا پهلوی و مقامات امنیتی رژیم را برانگیخت. حساسیت رژیم به مبارزه مسلحانه به حدی بود که برای سرکوبی آن هیچ حد و مرزی نمی شناخت؛ بنابراین سال های ۱۳۵۰ تا ۱۳۵۲ را می توان اوج موفقیت ساواک در کشف گروه های مسلح، از سال ۱۳۴۳ به بعد دانست.

از اوایل بهار ۱۳۵۱، به ابتکار رضا رضایی، نشست هایی برای تحلیل و بررسی همه جانبه فعالیت ها و شناخت نقاط ضعف سازمان، برگزار شد که با ورود محمدتقی شهرام به مرکزیت سازمان و شرکت در این بحث ها، موضوع مباحث از سیاسی و تشکیلاتی، به عقیدتی تغییر جهت داد. در شهریور ۱۳۵۲ (چند ماه پس از کشته شدن رضا رضایی)، اعضای رهبری سازمان به این نتیجه رسید که باید آموزش دینی در سازمان متوقف شود؛ زیرا اختلاف نظر در تفسیر قرآن، موجب اختلاف و انشعاب است و سازمان باید بر مبارزه متمرکز باشد. از سال ۱۳۵۲–۱۳۵۳ به بعد، انتقاد از اسلام آغاز و در این زمینه متن آموزشی ای به نام «جزوه سبز» تهیه شد و پس از آن بیانیه اعلام مواضع ایدئولوژیک تدوین گردید. از این رو چرخش ایدئولوژی سازمان از اسلام به مارکسیسم، از سال ۱۳۵۲ آغاز شده بود، ولی در طول سال ۱۳۵۳، تنها رهبران کادر مرکزی که تقی شهرام در رأس آن قرار داشت، از آن اطلاع داشتند و خبر آن در نشریه داخلی آذر ۱۳۵۳ اعلام شد. در واقع، تلاش و تبلیغات ساواک برای معرفی سازمان به داشتن افکار مارکسیستی، سازمان را واداشت مواضع خود را با انتشار بیانیه آشکار کند. با انتشار این بیانیه، سازمان به دلیل استبداد کامل بر مجموعه های تحت امر خود، مانع مخالفت بیشتر اعضای سازمان شد و مخالفت برخی از اعضای سازمان مانند مجید شریف واقفی، مرتضی صمدیه لباف و محمد یقینی نیز، با تصفیه خونین سازمان و ترور این افراد روبه رو شد.

سازمان در زمستان ۱۳۵۳، برای اثبات کارایی خود پس از تغییر ایدئولوژی، رضا زندی پور، رئیس کمیته مشترک ضد خرابکاری رژیم پهلوی را ترور کرد. در اعلامیه نظامی سازمان پس از این ترور، برای نخستین بار، آرم سازمان بدون آیه «فَضَّلَ اللَّهُ الْمُجاهِدین عَلَی الْقاعِدینَ» منتشر شد.

دوره ۱۳۵۴تا ۱۳۵۷

خلأ وجود رهبران اولیه که اغلب مذهبی بودند، به تدریج موجب رشد دوگانگی فکری میان اسلام و مارکسیسم و ریشه دواندن آن در سازمان گردید و در نهایت، اسلام از مشی فکری سازمان کنار گذاشته شد. سازمان در بهار ۱۳۵۴ در ادامه عملیات نظامی، اقدام به ترور دو مستشار عالی رتبه آمریکایی کرد که هم آمریکا و هم رژیم پهلوی را نگران ساخت و در مطبوعات داخل و خارج ایران بازتاب گسترده ای یافت. پس از این رویداد، ساواک نیروی خود را برای پیشگیری از تکرار این گونه عملیات بسیج کرد. در نتیجه، ساواک بسیاری از رهبران سازمان را دستگیر و اعدام کرد یا آنان در درگیری های خیابانی جان خود را از دست دادند. افشای ترورهای درون سازمانی و تشکیلاتی در این مرحله، موجب بهره برداری تبلیغاتی وسیع رژیم و پخش مصاحبه های تکان دهنده از عوامل این ترورها شد.

پس از این حوادث، سرانجام در مهر ۱۳۵۴، با انتشار بیانیه هزار صفحه ای اعلام مواضع ایدئولوژیک، تغییر ایدئولوژی در سازمان جنبه رسمی یافت و سازمان با مواضع ایدئولوژیک مارکسیستی اعلام موجودیت کرد. بیشتر محتوای این بیانیه، تحلیل دوآلیسم موجود در تفکر سازمان و سرگردانی میان ماتریالیسم و ایدئالیسم است. همچنین ضمن موارد مختلف، به شرح و بسط تفاوت اسلام مجاهدین با اسلام رایج و سنتی پرداخته، در ادامه با تکیه بر تضاد درک علمی و ایمان به وحی، مارکسیسم را به عنوان فلسفه علمی دقیقاً هماهنگ با علم تجربی گرفته است و به جای تضاد دین و مارکسیسم، تضاد دین و علم را مطرح کرده است. در بخشی از این بیانیه آمده است: «ما برای اینکه درک علمی تاریخ را با نقش انبیا تلفیق کنیم و عدم تناقض این دو را بپوشانیم، مجبور بودیم مارکسیسم را به عنوان عصایی در دست مذهب قرار دهیم تا لنگی ها و نارسایی های آن را جابجا با تفسیر مارکسیستی، ولی در پوشش آیات و احکام اسلامی جبران کنیم. در حقیقت ما هیچ گاه نمی توانستیم و بالاخره هم نتوانستیم به چنین نتیجه ای دست یابیم که ایدئولوژی و تفکری که محصول ۱۳۰۰ سال پیش است، می تواند پاسخگوی مسائل مبارزاتی امروز ما باشد. پروسه دائماً تکراری، اما بی نتیجه احیای اندیشه مذهبی در جامعه از سیدجمال الدین اسدآبادی گرفته تا علی شریعتی، نمونه بارز بی استعدادی و ناتوانی ذاتی این اندیشه است که به دلیل کهنگی تاریخی اش، هیچ استنباط نو و مترقیانه ای از آن نمی توان داشت. به عنوان مثال نتیجه منفی و ضد علمی قبول مسئله وحی، تنها اجبار به پذیرش یک پدیده مرموز و ناشناخته، بدون هیچ استدلال علمی نبود، بلکه اثر سوء و ضدانقلابی چنین اعتقاداتی در مبارزه انقلابی روزمره ما، قابل توجه تر بود»

تغییر ایدئولوژی که با این بیانیه رسمیت یافت، اگرچه با استقبال بسیاری از اعضای سازمان به ویژه کادر درجه یک روبه رو شد، چون یک تصمیم استبدادی و غیر دموکراتیک بود، فضایی از سردرگمی را درون سازمان ایجاد کرد و به کشمکش های درون سازمانی و در مواردی به انشعاب منتهی شد. دو انشعاب اصلی از سازمان مجاهدین، هر یک راه جداگانه ای در پیش گرفت. مارکسیست ها بیشتر توجه خود را معطوف به نفوذ در کارخانه ها، برپایی اعتصابات، ارتباط با فداییان خلق و… کردند و افراد دستگیرنشده مجاهدین مسلمان نیز در تهران و شهرستان ها، به طور پراکنده به فعالیت پرداختند.

برخی از اعضای بازمانده سازمان در سال ۱۳۵۴، به عنوان سازمان دانشجویان مسلمان ایرانی در آمریکا، جزوه ای با عنوان «گامی فراتر در افشای منافقین»، منتشر کردند و ماهیت منافقانه تقی شهرام و دوستان وی را شرح دادند. این نخستین باری بود که به شماری از اعضای سازمان لقب «منافق» داده شد. این گروه همچنین در اطلاعیه ای با عنوان «نظریه ای از سازمان آمریکا ـ کنفدراسیون جهانی»، در برابر جریان نفاق در سازمان موضع گرفت و این حرکت را پایمال کردن حرکت ده ساله مجاهدین دانست.

بسیاری از اعضای زندانی سازمان نیز تحت تأثیر فضای خارج از زندان، به اندیشه های مارکسیستی گرویدند؛ اما موسی خیابانی و مسعود رجوی که در آن مقطع رهبری اعضای زندانی را بر عهده داشتند، مصمم شدند با توجه به جایگاه مذهب و روحانیت در میان مردم و برای جلوگیری از تضعیف سازمان، مانع گسترش این خبر شوند و همچنان با تظاهر به اسلام از منابع مالی و انسانی نیروهای مذهبی، بهره ببرند و این برخورد متظاهرانه را راه کاری برای حفظ تشکیلات و سازمان در آن شرایط می دانستند. در واکنش به این امر، برخی علمای حاضر در زندان، مانند سیدمحمود طالقانی، حسینعلی منتظری، عبدالرحیم ربانی شیرازی، اکبر هاشمی رفسنجانی، محمدرضا مهدوی کنی، محی الدین انواری، محمدعلی گرامی و عبدالمجید معادیخواه در اواخر اسفند ۱۳۵۴ اعلام کردند برای جلوگیری از زیان ارتباط با اعضای سازمان مجاهدین خلق، جدایی مسلمان ها از مارکسیست ها در زندان ضروری است و هر گونه مسامحه، خسارات جبران ناپذیر خواهد داشت. این نظریه با مخالفت جدی خیابانی و رجوی در زندان روبه رو شد.

پس از تبلیغات گسترده رژیم پهلوی که مخالفان خود را افزون بر ارتجاع سرخ و سیاه، مارکسیست های اسلامی نامید،امام خمینی (س) به همه گروه های سیاسی و روشنفکران سفارش کرد به صراحت و بدون ابهام، نهضت و تحرک خود را اسلامی و بر اساس قوانین قرآن کریم معرفی کنند و به روحانیت و توده ملت بپیوندند. ایشان آشکارشدن ماهیت اصلی سازمان را لطف الهی و موجب پیشگیری از ضربات بیشتر آنها به اسلام دانست. قطع حمایت های مادی و معنوی روحانیان و نیروهای مذهبی، سازمان را بیش از پیش ضعیف کرد؛ از این رو پس از سال ۱۳۵۵ تا آستانه پیروزی انقلاب اسلامی که اوج مبارزه گروه های مذهبی بود، تحرک چشمگیری از گروه های چپ دیده نشد و پس از کشته شدن وسیع اعضای سازمان مجاهدین در درگیری ها، به تدریج در میان اعضای باقی مانده، کار سیاسی، جایگزین مشی نظامی گردید.

سران سازمان مجاهدین خلق که از شهریور ۱۳۵۰ در زندان بودند، پس از آزادی در آذر و دی ۱۳۵۷ و با پیروزی انقلاب اسلامی، در صدد احیای سازمان و جذب اعضای جدید برآمدند. گروه چشمگیری از آنان که به مارکسیسم گرایش بیشتری داشتند، سازمان «پیکار در راه آزادی طبقه کارگر» را تأسیس کردند و بقیه تحت رهبری رجوی، با مواضع و تفسیرهای چپ گرایانه و افراطی از اسلام، طی پیام دوازده ماده ای بر ایدئولوژی اسلامی سازمان و جدایی از گروه اول تأکید کردند. این سازمان در چگونگی همکاری با انقلاب اسلامی، سیاست دوگانه ای در پیش گرفت؛ از یک سو تلاش کرد با استفاده از فرصت به دست آمده، با تربیت نیروی شبه نظامی با نام «میلیشیا» و انتشار نشریه «مجاهد»، به تجهیز، سازماندهی و افزایش سطح توانایی نظامی و تبلیغاتی خود بپردازد و از سوی دیگر، در صدد برآمد با مشارکت فعال در عرصه سیاسی، از امکانات قانونی و زمینه سیاسی برای دستیابی به سطوح بالای قدرت، بیشترین بهره را ببرد.

سازمان با نفوذ میان دانشجویان، دانش آموزان و کارمندان، تا نیمه های سال ۱۳۵۹، تلاش کرد برای جذب نیرو در دانشگاه ها و مدرسه ها و بعضی مراکز کارمندی، دفتر، کتابخانه یا دست کم یک میز یا تابلوی اعلانات به نام مجاهدین خلق داشته باشد. همچنین نبود یک نهاد امنیتی منسجم در آغاز پیروزی انقلاب، موجب نفوذ اعضای سازمان در نهادهای حساس و تعیین کننده ای چون دادگاه ها و دادسراهای انقلاب، سپاه پاسداران، وزارتخانه ها، نخست وزیری و شورای امنیت کشور شد. این سازمان تلاش کرد با استفاده از وضعیت اوایل انقلاب و با طرح شعارهای مترقی و تند، خود را یگانه نماینده اسلام حقیقی و پیشرو معرفی کند. سازمان در تبلیغات خود، با تأکید بر شعارهای برانگیزاننده، چاپ و تکثیر گسترده، زندگی نامه ها و شرح شکنجه ها، به جذب نیرو می پرداخت. نشریات سازمان، با نشر سخنرانی های برانگیزاننده، اعلامیه های سیاسی نظامی، آماده باش های مختلف، آموزش های نظامی، تظاهرات و درگیری ها و فراخواندن به خانه های تیمی، در ایجاد این فضای هیجانی و انگیزه قوی در اعضا کمک می کردند.

نخستین اجتماع عمومی سازمان پس از پیروزی انقلاب اسلامی، در ۵ / ۱۲ / ۱۳۵۷ در دانشگاه تهران با تأکید بر انحلال ارتش و حمایت از تحرکات سیاسی ـ نظامی جدایی طلبانه در کردستان، برگزار شد. دستگیری سیدمجتبی طالقانی فرزند سیدمحمود طالقانی که از افراد وابسته به گروه پیکار بود، در اواخر فروردین ۱۳۵۸ و ترک چندروزه تهران از سوی پدرش به نشانه اعتراض، موجب شد سازمان از این جریان برای مطرح کردن خود، بهره ببرد و دست به تظاهرات اعتراض آمیز بزند امام خمینی (س) در ۲۹ فروردین ۱۳۵۸ این اعتراضات و تظاهرات را نه از روی علاقه به طالقانی، بلکه برای برهم زدن فضای کشور و ایجاد جنجال و هیاهو دانست.

پس از آنکه سازمان، مواضع اعتقادی خود را در قالب یک اطلاعیه و نامه ای به حضور امام خمینی (س) اعلام کرد، نخستین دیدار رهبران سازمان با ایشان پس از پیروزی انقلاب در ششم اردیبهشت ۱۳۵۸ در قم صورت گرفت. در این اطلاعیه، تغییر ایدئولوژیک سازمان، حرکت خائنانه فرصت طلبان چپ، تعبیر شده، با مردود دانستن آن، اسلام رکن عقیدتی سازمان معرفی گشته بود. امام خمینی (س) در این دیدار که با حضور برخی مسئولان سازمان مانند رجوی و خیابانی، به صورت خصوصی انجام شد، ضمن تأکید بر اهمیت تلاش های صورت گرفته برای نجات کشور، عنایت اسلام به آزادی را بیش از هر چیز دیگر دانست و خاطرنشان کرد در اسلام، امری که بر خلاف آزادی باشد، جز آنچه با عفت عمومی ناسازگار است، وجود ندارد. ایشان در این دیدار، به نقل از خیابانی، به سران این گروه هشدار داد در صورت حرکت در مسیری خارج از اسلام، علیه آنان موضع خواهد گرفت؛ همچنین از آنان خواست سلاح های زیادی که از پادگان ها برده اند، تحویل دهند و سلاح های خود را بر زمین گذارند و ساختمان های دولتی را تخلیه کنند.

اردیبهشت ۱۳۵۸، خبر دستگیری محمدرضا سعادتی، عضو سرشناس سازمان به اتهام ارتباط اطلاعاتی و جاسوسی با عوامل کا. گ. ب و سفارت شوروی در تهران، موجب شد نخست سازمان با توطئه خواندن این اقدام، اعترافات سعادتی را تحت شکنجه شدید بداند، سپس علیه مقامات نظام، اعلام جرم کند؛ ولی پس از اطلاعیه های بعدی و غیرقابل انکارشدن اظهارات سعادتی، سازمان تلاش کرد این ارتباط را به همکاری دو جریان ضد امپریالیستی و ضد آمریکا تقلیل دهد. سعادتی پس از محاکمه، به ده سال زندان محکوم شد؛ ولی با اثبات نقش وی در ترور محمد محمدی گیلانی، سیداسدالله لاجوردی و محمد کچوئی در جریان شورش مسلحانه در زندان که منجر به شهادت کچوئی شد، دوباره محاکمه و در مرداد ۱۳۶۰ به اعدام محکوم شد.

سازمان همچنین پس از آغاز تهاجم رژیم بعثی عراق به ایران در ۳۱ / ۶ / ۱۳۵۹، با محکوم کردن این اقدام، آمادگی خود را برای مقابله با آن اعلام کرد؛ ولی از آنجاکه این گروه قصد داشت در جبهه ها حضور تشکیلاتی داشته باشد و مانور تبلیغاتی بدهد، و این امر موجب خودمختاری نیروهای شبه نظامی و ایجاد تنش های جدید در وضعیت حساس جنگی می شد، اجازه چنین حضوری نیافت. پس از ناکامی سازمان برای رسمیت بخشیدن به حضور تشکیلاتی نظامی خود در مناطق جنگی، تبلیغات سازمان دربارهٔ جنگ به اعلام هر از گاه شهادت نیروهای خود در جبهه محدود شد. مواضع سیاسی سازمان نیز علیه رژیم بعث به مرور کم رنگ تر شد و مقصر نشان دادن ایران در زمینه سازی جنگ، در تحلیل های سازمان افزایش یافت.

سازمان مجاهدین خلق که در انتخابات مجلس خبرگان قانون اساسی در تیر ۱۳۵۸، با وجود ائتلاف با بسیاری از گروه ها، با ناکامی مواجه شد،در آذر ۱۳۵۸ در همه پرسی قانون اساسی به علت اشکالات و نقائصی که بر آن وارد می دانست، شرکت نکرد. همچنین در انتخابات ریاست جمهوری (آذر ۱۳۵۸)، رجوی نامزد سازمان معرفی شد؛ اما پس از اعلام نظر امام خمینی (س) مبنی بر عدم صلاحیت کسانی که به قانون اساسی رأی مثبت نداده اند، سازمان در اطلاعیه ای از کناره گیری رجوی از انتخابات خبر داد و اعلام کرد خود نیز در انتخابات شرکت نمی کند. با این حال، در انتخابات مجلس شورای اسلامی در اسفند ۱۳۵۸ شرکت کرد که به واسطه سفارش های امام خمینی (س) به مردم مبنی بر رأی ندادن به اشخاصی که انحراف عقیدتی یا اخلاقی دارند، نتوانست توفیقی در انتخابات به دست آورد. با توفیق نیافتن این سازمان در صحنه سیاسی برای دستیابی به قدرت، این هدف، با تبلیغات گسترده علیه نظام و اقدامات مسلحانه پی گیری شد.

درگیری و شورش های خیابانی مجاهدین خلق در نقاط مختلف که از خرداد ۱۳۵۸ آغاز شد و ادامه یافت، موجب شد امام خمینی (س) ضمن مشکل شمردن موضع گیری در برابر کسانی که در ظاهر، اعلام دوستی می کنند و در باطن، ضربه می زنند، خطر اسلام شناسان بیگانه از اسلام را گوشزد کند و تفسیر و برداشت آنان از قرآن را تفسیر به رأی بشمرد. ایشان که این گروه را قابل اعتماد نمی دانست، در سال ۱۳۵۸عنوان «منافقین» را برای آنان و دیگر گروه های مسلمانی که در نظر و عمل، تحت تأثیر مارکسیسم بودند، برگزید. به این ترتیب، نام منافقین که از سال ۱۳۵۴–۱۳۵۵ به بخش مارکسیست شده سازمان گفته می شد، برای کل سازمان به کار رفت.

سازمان که با روش اجرای انقلاب فرهنگی و تصفیه دانشگاه ها از گروه های سیاسی مخالف بود، در آغاز از تخلیه دفتر خود در دانشگاه خودداری کرد و آن را تلاشی در جهت تصفیه نیروهای ترقی خواه از محیط دانشگاه به شمار آور؛ همچنین برای پیشبرد اهداف خود، با سوء استفاده از اختلاف سیدابوالحسن بنی صدر، رئیس جمهور وقت و حزب جمهوری، به حمایت گسترده از بنی صدر پرداخت و در پناه یک مقام حکومتی، علیه سایر نهادهای نظام، فعالیت کرد. امام خمینی (س) این حمایت را حربه ای برای جداساختن دولت و ملت و رئیس جمهور از یکدیگر خواند. اوج این حمایت ها در ۱۴ اسفند ۱۳۵۹ در مراسم بزرگداشت محمد مصدق، هنگام سخنرانی بنی صدر در دانشگاه تهران رخ داد و در نهایت به درگیری شدید مخالفان و موافقان بنی صدر که به طور عمده از شبه نظامیان سازمان بودند، انجامید. پس از رویداد ۱۴ اسفند و شدت یافتن درگیری ها، سازمان از بهار ۱۳۶۰ خود را آماده شورش مسلحانه علیه نظام اسلامی کرد که برای مسئولان نظام، قابل پیش بینی بود. دادستانی انقلاب اسلامی در ۱۹ فروردین ۱۳۶۰ در اطلاعیه ای ده ماده ای، ضمن درخواست از همه گروه ها و احزاب برای تحویل سلاح های خود، بر ادامه فعالیت سیاسی در چارچوب ضوابط قانونی تأکید کرد.

پس از درگیری جمعی از اعضای سازمان مجاهدین خلق با نیروهای انتظامی کشور، که در ۷ اردیبهشت ۱۳۶۰ و به بهانه کشته شدن چهار تن از اعضای سازمان روی داد، امام خمینی (س) در ۱۰ اردیبهشت از آنان خواست سلاح بر زمین گذاشته، به آغوش ملت برگردند. سازمان طی نامه ای به امام خمینی (س)، متعهد به عمل در چارچوب قانون اساسی شد و از ایشان برای تشریح مواضع و عرض شکایت که همراه نوعی تهدید نیز بود، درخواست ملاقات حضوری کرد. اما امام خمینی (س) در سخنرانی چند روز بعد خود در ۲۱ / ۲ / ۱۳۶۰، با اشاره به اینکه اسلام دین رحمت و عدل است و آنان را به بازگشت به دامن اسلام و ملت تشویق کرد. ایشان خاطرنشان کرد که اکنون در ایران احزاب انحرافی که مسلمان نیز نیستند وجود دارند اما چون بنای قیام مسلحانه ندارند آزاد هستند و نشریه نیز دارند، اما اینان در عین اظهار مظلومیت، تهدید به قیام مسلحانه می کنند. ایشان همچنین تفاهم با این گروه را تنها در صورت تحویل سلاح و استفاده نکردن از آن ممکن دانست و اعلام کرد به عنوان یک طلبه حاضر است در ده ها جلسه با آنان صحبت کند و اگر یک هزارم، احتمال دهد که از کارهای خود دست برمی دارند، خود به دیدار آنها خواهد رفت. همچنین ایشان از آنان خواست آنچه را که به غارت برده اند به بیت المال مسلمانان بازگردانند و اگر دلسوز ملت، کارگرها و دهقانان هستند بدانند شکست جمهوری اسلامی به معنای شکست مستضعفان سراسر جهان است. با این حال، سازمان مجاهدین خلق که بهانه جویی می کرد، در برابر این مواضع روشن و خاضعانه امام خمینی (س)، با ارسال نامه به بنی صدر، ضمن رد امکان هر گونه اقدام مسلحانه از سوی سازمان، اعلام کرد در صورتی حاضر به تحویل سلاح و گردن نهادن به قانون است که رئیس جمهور، اجرای قانون و نحوه تضمین در مورد اعضای سازمان را معین کند. این امر به دلیل اعلام نظر بنی صدر مبنی بر اینکه قادر به پاسخگویی به آنان نیست، نافرجام ماند.

اوج گیری اختلافات در دولت بر سر بودجه، وضعیت اقتصادی، تعیین وزرا و…، موجب شد نشریه های انقلاب اسلامی، وابسته به بنی صدر و مجاهد، وابسته به سازمان مجاهدین خلق، در اردیبهشت ۱۳۶۰، گزینه همه پرسی و مراجعه به آرای عمومی را برای خروج از بن بست، پیشنهاد دهند. سازمان هم در نامه ای به بنی صدر، تقاضای راهپیمایی مردم به طرف جماران برای انجام رفراندوم را مطرح کرد. امام خمینی (س) در واکنش به این مسئله، ضمن نفی بن بست در کشور، از همه خواست به حاکمیت قانون گردن نهند. تظاهرات گسترده و میلیونی مردم در سالگرد ۱۵ خرداد در سراسر کشور، نیز ۲۵ و ۲۸ خرداد در حمایت از بیانات امام خمینی (س)، نشانه اعلام حمایت و پشتیبانی مردم از ایشان و نظام اسلامی بود.

پس از آنکه امام خمینی (س) در ۲۰ خرداد ۱۳۶۰ بنی صدر را از فرماندهی نیروهای مسلح عزل کردو عدم کفایت وی در دستور کار مجلس قرار گرفت، سازمان مجاهدین خلق در ۲۸ / ۳ / ۱۳۶۰، طی اطلاعیه ای به صورت رسمی، مبارزه مسلحانه علیه جمهوری اسلامی را اعلام و عصر ۳۰ خرداد، در تهران و چند شهر بزرگ، حرکت نظامی خود را با بستن خیابان ها و تظاهرات و درگیری آغاز کرد. امام خمینی (س) در واکنش به این اقدام، سکوت خود را تا آن مقطع، تنها برای حفظ آرامش کشور دانست و از مردم خواست با وجود اعلام مواضع سازمان که اساس جمهوری اسلامی را با خطر مواجه کرده، به مقابله با توطئه گران برخیزند. ایشان در سخنانی دیگر، هواداران سازمان را جوانان عزیز این ملت شمرد که فریب سرکردگان سازمان را خورده، در برابر ملت ایستاده اند و اعلام مبارزه مسلحانه سازمان را قیام در برابر قرآن، اسلام و جمهوری اسلامی خواند و از آنان خواست در مقابل سیل خروشان ملت، خود را به تباهی نکشند و به نام استقلال ایران، کشور را تحت سلطه قدرت ها قرار ندهند.

شورش ۳۰ خرداد، موجب ضربه به سازمان، شناسایی پی درپی امکانات و اعضای آن به دست مردم، و زندگی مخفی افراد سازمان شد. پس از این تحولات، سازمان که از تیر ۱۳۶۰ در بعد تبلیغی، پخش برنامه های رادیو مجاهد را از طریق بخش فارسی رادیو بغداد آغاز کرده بود، دست به اقدامات تروریستی گسترده ای زد که از آن جمله به این موارد می توان اشاره کرد: ترور نافرجام سیدعلی خامنه ای، امام جمعه تهران، نماینده مجلس و عضو برجسته و از مؤسسان حزب جمهوری اسلامی در ۶ تیر ۱۳۶۰، بمب گذاری در دفتر حزب جمهوری اسلامی در ۷ تیر ۱۳۶۰ و کشتن بیش از هفتاد تن از مسئولان کشور و اعضای حزب ازجمله سیدمحمد حسینی بهشتی، رئیس دیوان عالی کشور، انفجار ساختمان نخست وزیری و شهادت محمدعلی رجایی (رئیس جمهور) و محمدجواد باهنر (نخست وزیر) در ۸ شهریور همان سال سازمان در آن زمان مسئولیت این دو حادثه را بر عهده نگرفت؛ اما در بیانیه رسمی وزارت خارجه آمریکا دربارهٔ سازمان که در سال ۱۳۷۳ منتشر شد، رسماً به مسئولیت سازمان در انفجار هشتم شهریور تصریح شده است. خود رجوی هم در مواردی با اشاره و کنایه از انفجارهای هفتم تیر و هشتم شهریور به عنوان اقدامات سازمان یاد کرده است. همچنین پس از سقوط رژیم بعثی عراق و صدام حسین، و انتشار مدارکی از دیدارهای فوق سری رجوی با مقامات اطلاعاتی و امنیتی عراق، در یکی از این دیدارها رجوی صریحاً دربارهٔ مسئولیت سازمان در انفجار هفتم تیر سخن گفته است.

موارد دیگر عبارت است از: تلاش ناموفق برای بمب گذاری در بیت امام خمینی (س)، ترور شخصیت هایی مانند علی قدوسی (دادستان کل انقلاب) در ۱۴ / ۶ / ۱۳۶۰، سیداسدالله مدنی (امام جمعه تبریز) در ۲۰ / ۶ / ۱۳۶۰، سیدعبدالکریم هاشمی نژاد (دبیر جامعه روحانیت مبارز مشهد و مسئول حزب جمهوری در مشهد) در ۷ / ۷ / ۱۳۶۰ و سیدعبدالحسین دستغیب (امام جمعه شیراز) در ۲۰ / ۹ / ۱۳۶۰. افزون بر این، طی سال ۱۳۶۰ در نتیجه اقدامات سازمان مجاهدین، ۵۰۴ تن در نقاط مختلف ایران شهید شدند.

امام خمینی (س) با موضع گیری در برابر این اقدامات، آن را نشانه بی اعتقادی «منافقین» به اصول اسلامی و بی نصیب بودن از بینش سیاسی دانست؛ همچنین با تشبیه آنان به گروه خوارج، این اعمال را مخالفت با اساس حکومت اسلامی خواند؛ چنان که در پی شهادت سیدعبدالحسین دستغیب، امام جمعه شیراز به دست این سازمان، ایشان اشاره به صدور اعلامیه ای از آنان کرد که طبق آن به اعضای خود دستور داده اند هر روحانی را که دیدند بکشند و هدف آنان از میان بردن روحانیت است. آنان از اسلام می ترسند و می دانند که روحانیون مردم را به اسلام دعوت می کنند؛ ولی ایشان تأکید می کرد حذف نیروهای متعهد نظام، موجب دلسردی مردم نشده، آنان را از جمهوری اسلامی منحرف نمی سازد. با این حال، امام خمینی (س) از راهنمایی و نصیحت طرفداران این سازمان غفلت نکرد؛ چنان که در وصیت نامه خود نیز ضمن زیر سؤال بردن گرایش های این گروه‏، به حامیان آنان سفارش کرد به ملت بپیوندند؛ چون حمایت از آنان جز بیچارگی خود و خلق، ثمر دیگری ندارد.

از سوی دیگر، امام خمینی (س) از مردم خواست هر خبری از خانه های تیمی سازمان دارند، به نهادهای مسئول برسانند تا مسئله هرچه زودتر تمام شود. به دنبال این موضوع با کمک مردم و نیروهای امنیتی، مخفیگاه اصلی زیرزمینی سازمان در زعفرانیه تهران شناسایی شد و اطلاعات سپاه و دادستانی انقلاب در ۱۹ / ۱۱ / ۱۳۶۰، توانست با حمله به این پایگاه، تشکیلات داخلی سازمان را متلاشی کند. طی این حمله، موسی خیابانی نفر دوم سازمان و مسئول داخل کشور به همراه شماری از اعضای کادر کشته شدند و در نتیجه، سازمان در سطح سیاسی و تشکیلاتی با بحران جدی روبه رو شد.

پس از رویارویی مستقیم سازمان مجاهدین خلق با نظام جمهوری اسلامی و شکست شورش ۳۰ خرداد، در ۶ / ۵ / ۱۳۶۰ خبر فرار یک هواپیمای بوئینگ سوخت رسانی نظامی از فرودگاه تهران، منتشر شد. خلبان این هواپیما سرهنگ معزی، خلبان مخصوص محمدرضا پهلوی و مسافران آن مسعود رجوی و سیدابوالحسن بنی صدر رئیس جمهور معزول ایران بودند که پنهانی ایران را به مقصد فرانسه ترک کردند. در همین روزها، تأسیس شورای ملی مقاومت، به عنوان حکومت جانشین، با همکاری بنی صدر و رجوی اعلام شد که از مرداد تا دی ۱۳۶۰، سازمان ها و افراد ضد نظام اسلامی به آن پیوستند. طبق سند «برنامه شورای ملی مقاومت و دولت موقت جمهوری دموکراتیک اسلامی ایران» که در ۵ / ۷ / ۱۳۶۰ به امضای بنی صدر و رجوی رسید، رجوی به عنوان نخست وزیر دولت موقت (در تبعید) انتخاب و محل استقرار شورا نیز فرانسه تعیین شد. وحدت سازمان با بنی صدر در این مقطع که به ازدواج رجوی با فیروزه، دختر بنی صدر نیز منجر شد، مبتنی بر بهره برداری از شهرت تبلیغاتی و ارتباطات قدیمی وی برای شکل گیری و تثبیت شورا بود. همچنین سازمان برای خروج نیروهای خود از راه کردستان، با احزاب دموکرات و کومله، دست وحدت و دوستی داد.

سال ۱۳۶۱ پس از آنکه در داخل ایران به دلیل آمادگی نیروهای نظامی و اطلاعاتی، کمترین تحرک برای نیروهای سازمان، طاقت فرسا و خطرآفرین شد، دستور خروج نیروها از کشور از دو مسیر تهران ـ کردستان ـ ترکیه ـ عراق و تهران ـ اقلید ـ بافق ـ زاهدان ـ پاکستان صادر شد. بسیاری از اعضای این سازمان پس از خروج از ایران، وارد عراق شدند و به همکاری با رژیم بعث در زمینه های اطلاعاتی، تبلیغاتی و نظامی علیه ایران پرداختند؛ چنان که با پیگیری خط ترور در داخل کشور، حوادث دیگری رقم زدند که ازجمله آنها، به شهادت رساندن محمد صدوقی (امام جمعه یزد) در ۱۱ / ۴ / ۱۳۶۱ انفجار بمب در خیابان ناصرخسرو در مهر ۱۳۶۱ و ترور عطاءالله اشرفی اصفهانی در ۲۳ / ۷ / ۱۳۶۱ در حال اقامه نماز جمعه در کرمانشاه بود. امام خمینی (س) در واکنش به این جنایت ها، ضمن محکوم کردن آن، بر نقش این ترورها در یکپارچگی و وحدت بیشتر ملت در مقابل مخالفان تأکید کرد.

رجوی پس از خروج از ایران، طی بیش از سه سال، سازمان را از یک تشکیلات سیاسی مذهبی، به فرقه ای مذهبی مافیایی فروکاست. ازدواج او با مریم قجر عضدانلو، همسر مهدی ابریشم چی به فاصله دو تا سه روز پس از طلاق وی، بدون گذراندن عده شرعی، در ۳۰ خرداد ۱۳۶۴، و ده سال پس از تغییر ایدئولوژی به عنوان انقلاب یا ارتقای ایدئولوژیک و معرفی رهبری دونفره، نشان داد این ایدئولوژی در اساس خود آماده زیرپاگذاشتن صریح ترین احکام اسلامی بود. پس از این انقلاب ایدئولوژیک، نظام کار شورایی به طور رسمی و با اعلام علنی، از میان رفت و رهبری نوین مصون از اشتباه و بازخواست زاده شد.

سازمان مجاهدین خلق همچنین پس از خروج از ایران، برای جلب حمایت های بین المللی، با زیرپاگذاشتن اصول و ارزش های اولیه خود، به معامله و ارتباط اطلاعاتی با سرویس های جاسوسی غرب پرداخت و توانست در اروپا به ویژه فرانسه، مستقر شود. اما انتقاد امام خمینی (س) از دولت فرانسه به سبب پذیرفتن اعضای سازمان و بهبود روابط ایران با فرانسه از ۱۳۶۳ به بعد، منجر به اخراج آنان از فرانسه و مهاجرت کامل به عراق شد. رجوی پس از امضای معاهده ای با طارق عزیز (معاون نخست وزیر وقت عراق)، در ۱۷ / ۳ / ۱۳۶۵ وارد بغداد شد و یک هفته بعد در ۲۵ / ۳ / ۱۳۶۵، برای تشکر به دیدار صدام حسین رفت. به تدریج نیروهای نظامی سازمان در قرارگاه های تشکیلاتی، سازماندهی شده، اطلاعات جبهه ها و تحرکات نظامی ایران و شنود بی سیم ارتش ایران را در اختیار عراق قرار می دادند.

سازمان در سال ۱۳۶۶ با تشکیل سازمانی نظامی با عنوان «ارتش آزادی بخش ملی» سلسله عملیاتی را در طول نوار مرزی ایران با حمایت ارتش عراق انجام داد که تلفات جانی و تسلیحاتی چشمگیری به ایران وارد کرد. نیروهای سازمان که به دلیل ایرانی بودن، توان عملیات فریب را داشتند، به سرعت، به یگان ویژه با توانایی اختصاصی در ارتش عراق، تبدیل شدند. امام خمینی (س) در برابر این اعمال سازمان که خود را ایرانی می خواندند، آنها را جاسوس رژیم عراق خواند. این سازمان با دراختیارداشتن بهترین امکانات برای جاسوسی و تخلیه اطلاعات از راه تلفن، جمع آوری اطلاعات جبهه و جنگ در مناطق مرزی را وظیفه اصلی پایگاه های مختلف خود تعیین کرده بود. انتشار اسناد مربوط به مذاکرات سرّی رجوی و سازمان امنیت عراق، نقش سازمان در سرکوب مردم عراق و اجرای چندین عملیات ویژه، وابستگی نظامی و تجهیزاتی سازمان به رژیم عراق را نشان داد که یکی از بزرگ ترین عملیات های یادشده، عملیات مرصاد بود.

پس از پایان جنگ و در جریان جنگ خلیج فارس نیز، سازمان با عنوان بخشی از ارتش عراق، به سرکوب مردم عراق در مناطق کردنشین پرداخت و در سال های بعد برای جلب حمایت های سیاسی ـ نظامی برخی کشورهای غربی و ادامه خیانت به امنیت ملی و توسعه کشور، تلاش کرد با فضاسازی و اطلاع رسانی غیر واقعی، جامعه جهانی را به برنامه هسته ای ایران بی اعتماد سازد.

سازمان مجاهدین خلق از سال ۱۳۶۶ با تشکیل ارتش آزادی بخش، برای اثبات خود و جلب حمایت غرب و رژیم بعث عراق، چندین عملیات ایذایی علیه ایران انجام داد. یکی از مهم ترین اقدامات سازمان علیه جمهوری اسلامی ایران، عملیاتی بود که پس از پذیرش قطعنامه ۵۹۸ از سوی ایران، در تیر ۱۳۶۷ انجام شد و سازمان آن را «عملیات فروغ جاویدان» نامید. سازمان که اقدام ایران در پذیرش قطعنامه را نشانه ضعف و بن بست کامل سیاسی، نظامی و اقتصادی جمهوری اسلامی ایران قلمداد می کرد، طرح عملیات مشترک با ارتش بعث عراق را با هدف براندازی نظام در ۳ / ۵ / ۱۳۶۷ از طریق سرپل ذهاب به طرف شهر کرند، با پانزده هزار تن که ازجمله از کشورهای اروپایی بسیج شده بودند، آغاز کرد نیروهای حاضر در این عملیات، سه گروه بودند:

• گروه آماده و آموزش دیده که از پیش در مجموعه به اصطلاح ارتش آزادی بخش متشکل بودند و در عملیات مختلف شرکت داشتند.
• نیروهای آموزش ندیده، اعم از اعضا و هواداران سازمان در کشورهای مختلف به ویژه اروپایی که بنا به ضرورت فراخوان عمومی شده بودند.
• برخی اسرای ایرانی که در عملیات های گذشته، به اسارت درآمده، با اقدامات توجیهی، جذب سازمان شده بودند. بسیاری از این افراد که انگیزه و توانایی مطلوب برای جنگیدن نداشتند، با آغاز درگیری در اسلام آباد، فرار کردند و از راه کوهستان های کناری، خود را به استان های دیگر رساندند.

این نیروها با فرماندهی رجوی در قالب ۲۵ تیپ رزمی، با تجهیزات نظامی زیاد، سازماندهی شده بودند. امضای پیمان صلح میان ایران و عراق، براندازی جمهوری اسلامی ایران، و اعلام دولت موقت جمهوری دموکراتیک اسلامی در باختران و سپس تهران، مهم ترین اهداف اعلام شده سازمان در این عملیات بود.

نیروهای سازمان در ساعت چهار بعد از ظهر سوم مرداد ۱۳۶۷، از مرزهای بین المللی عبور کردند و وارد خاک ایران شدند و با پشتیبانی عراق، ساعت ۲۱: ۳۰ شب، پس از عبور بدون درگیری از قصر شیرین، سرپل ذهاب و کرند، وارد اسلام آباد شدند و آن را تصرف کردند. این نیروها در مسیر حرکت خود به ویژه اسلام آباد، مرتکب جنایت های بسیاری شدند؛ ازجمله تمام نیروهای پاسدار و بسیجی بستری در بیمارستان را سر بریدند و سیزده تن از نیروهای جهاد سازندگی را نیز تیرباران کردند. پس از انتشار نخستین اطلاعیه نظامی عراق و تأیید تصرف شهرهای کرند و اسلام آباد، رادیو سازمان خطاب به مردم کرمانشاه اعلام کرد نیروهای سازمان در حال پیشروی به سمت این شهر هستند و از مردم شهر خواست به این نیروها بپیوندند.

نیروهای متجاوز سازمان در سی کیلومتری کرمانشاه، در گردنه چارزبر ـ که بعدها به تنگه مرصاد معروف شد ـ با مقاومت رزمندگان مواجه و متوقف شدند. با وجود تلاش عراق در به هم زدن تمرکز نیروهای ایران از منطقه غرب، بلافاصله پس از آگاهی نیروهای ایران از این توطئه، سرهنگ علی صیاد شیرازی که از سوی شورای عالی دفاع به عنوان فرمانده عملیات تعیین شده بود، شبانه به کرمانشاه رفت و با انجام عملیات شناسایی و طراحی عملیات مرصاد در زمین و هوا، موفق شد در مراحل اولیه عملیات، شکست سختی به منافقین وارد کند که به آزادسازی کامل اسلام آباد منجر شد. در این عملیات که با فرماندهی سپاه پاسداران، پشتیبانی هوانیروز ارتش و با حضور گسترده مردم اجرا شد، رزمندگان از سه محور چارزبر، جاده قلاجه و جاده اسلام آباد ـ پل دختران وارد عمل شدند و در دو مرحله نیروهای سازمان را سرکوب کردند.

یکی از مهم ترین عوامل موفقیت رزمندگان در این عملیات، موقعیت جغرافیایی تنگه چارزبر بود که کمینگاه خوبی برای مدافعان و قتلگاه مهاجمان بود. اعضای سازمان از آغاز ورود به این تنگه، زمین گیر شدند و در شرایطی که ستون رزمی سازمان، اوضاع به سامانی نداشت، با ورود نیروهای هوانیروز به صحنه، تلفات سنگینی به آنها وارد آمد. پس از بروز بی نظمی شدید میان نیروهای سازمان در این درگیری، عقب نشینی آنان به سمت سرپل ذهاب آغاز شد. ورود هواپیماهای عراقی به صحنه جنگ، موجب قوت قلب نیروهای سازمان و حرکت دوباره آنها به سمت تنگه شد؛ ولی این حملات نیز با شکست و عقب نشینی همراه بود. سرانجام در روز ششم مرداد، با همراهی دقیق نیروی هوایی که با آتش سنگین خود مانع حمایت نیروی هوایی عراق شد، متجاوزان در مراحل اولیه عملیات شکست خوردند و بعد از ظهر همان روز اسلام آباد پس از هفتاد ساعت اشغال، آزاد شد. نام «مرصاد» از واژه قرآنی به معنای کمینگاه گرفته شده بود و به دلیل شرایط ویژه این عملیات که نیروهای سازمان را در کمینگاه غافلگیر کرده بود، و نیز در پاسخ به نام فروغ جاویدان، نام «مرصاد» بر این عملیات گذاشته شد.

پاکسازی منطقه پس از عملیات، به کمک نیروهای مردمی انجام شد که پس از فراخوان امام خمینی (س)، مبنی بر استمرار حضور در جبهه ها پس از پذیرش قطعنامه در جبهه حضور یافته بودند. استقبال از این فراخوان به حدی بود که امکان تجهیز و سازماندهی همه آنها وجود نداشت. ۱۹۳ در پایان عملیات، مقادیر زیادی سلاح و تجهیزات پیشرفته الکترونیکی و مخابراتی و نیز اسناد درون گروهی سازمان به غنیمت رزمندگان درآمد. شکست قاطع عراق و سازمان در دو جبهه جنوب و غرب به صورت هم زمان، موجب تغییر سرنوشت جنگ به سود جمهوری اسلامی ایران شد و صدام حسین، تنها ده روز پس از عملیات مرصاد، آتش بس را پذیرفت

مسعود رجوی در ۱۸ مرداد ۱۳۶۸ در نشست توجیهی و جمع بندی در پایگاه اشرف، دلیل شکست سازمان در این عملیات را نه در ناتوانی نیروها و اشتباه خود در محاسبه توان نظامی ایران و…، بلکه در نداشتن بینش توحیدی پرسنل نظامی سازمان، ارزیابی کرد و برای تبرئه خود، مسئولیت این شکست را به گردن نیروها و فرماندهان سازمان انداخت. زیر سؤال رفتن سازمان و رهبری آن به دست اعضا که موجب ریزش نیرو در سازمان شد، همچنین محکومیت این عملیات از سوی دیگر گروه های مخالف جمهوری اسلامی ایران، از پیامدهای مهم عملیات فروغ جاویدان برای سازمان مجاهدین خلق بود. پس از این عملیات، امکان بسیج نیرو از این سازمان سلب شد و با تغییرات جدی در تاکتیک سازمان، عنصر سیاسی در کنار کار نظامی، جایگاه ویژه یافت.

هم زمان با حمله مسلحانه سازمان به جمهوری اسلامی ایران، برخی نیروها و طرفداران زندانی که به صورت تاکتیکی اعلام توبه کرده بودند، برای همراهی با فاتحین جنگ اعلام آمادگی و حتی شورش کردند تا به زعم خود با رسیدن نیروهای این سازمان به تهران، فرایند اشغال تهران را کامل و کار را یکسره کنند. براساس حکم فقهی بغی و محاربه، جهاد با باغیان و محاربین که بر حاکم اسلامی خروج کنند و اقدام عملی و براندازانه داشته باشند، واجب شمرده شده است؛ نیز طبق ماده ۱۸۶ قانون مجازات اسلامی، هر گروه یا جمعیت متشکل که در برابر حکومت اسلامی، قیام مسلحانه کند، مادام که مرکزیت آنها باقی است، تمام اعضا و هواداران آن که موضع آن گروه یا سازمان را می دانند و به گونه ای در پیشبرد اهداف آن، تلاش مؤثر دارند، اگرچه در شاخه نظامی شرکت نداشته باشند، محارب اند. از این رو امام خمینی (س) طی نامه ای در مرداد ۱۳۶۷، اعلام کرد اعضای زندانی در زندان های سراسر کشور که بر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می کنند، محارب و محکوم به اعدام هستند. تشخیص موضوع نیز بر عهده دادستان، قاضی و نماینده اطلاعات هر منطقه گذاشته شد. به تبعیت از این حکم فقهی، بسیاری از اعضا و هواداران زندانی آن، که بر موضع طرفداری و وابستگی خود پافشاری داشتند، اعدام شدند.

دانشنامه امام خمینی (س)

• قرآن کریم.
• آبراهامیان، یرواند، ایران بین دو انقلاب.
• درآمدی بر جامعه شناسی سیاسی ایران معاصر، ترجمه احمد گل محمدی و محمد ابراهیم فتاحی ولیلایی، تهران، نشر نی، چاپ سوم، ۱۳۷۸ش.
• احمدی روحانی، حسین، سازمان مجاهدین خلق ایران، تهران، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، چاپ اول، ۱۳۸۴ش.
• امام خمینی (س)، سیدروح الله‏، صحیفه امام، تهران، مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی (س)، چاپ پنجم، ۱۳۸۹ش.
• بایگانی مؤسسه.
• بهداروند، محمدمهدی، بسترهای پذیرش قطعنامه ۵۹۸، قم، دانشگاه قم، چاپ اول، ۱۳۸۳ش.
• بهروز، مازیار، شورشیان آرمانخواه، ناکامی چپ در ایران، ترجمه مهدی پرتوی، تهران، ققنوس، چاپ سوم، ۱۳۸۰ش.
• پورحسین، مهدی، بغی و تمرد در حکومت اسلامی، قم، پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی، چاپ اول، ۱۳۹۱ش.
• جعفریان، رسول، جریان ها و سازمان های مذهبی ـ سیاسی ایران، تهران، مرکز اسناد انقلاب اسلامی ـ پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی، چاپ پنجم، ۱۳۸۳ش.
• حق بین، مهدی، از مجاهدین تا منافقین، تهران، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، چاپ اول، ۱۳۹۲ش.
• دارابی، علی، جریان شناسی سیاسی در ایران، تهران، سازمان انتشارات پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی، چاپ دوم، ۱۳۸۸ش.
• درویشی سه تلانی، فرهاد، سیره عملی امام خمینی (س) در اداره امور کشور (۱۳۵۷–۱۳۶۸)، تهران، عروج، چاپ اول، ۱۳۸۵ش.
• راستگو، علی اکبر، مجاهدین خلق در آیینه تاریخ، تهران، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، چاپ اول، ۱۳۸۴ش.
• رضایی شریف آبادی، مسعود و عباس سلیمی نمین، پاسداشت حقیقت، تهران، دفتر مطالعات و تدوین تاریخ ایران، چاپ دوم، ۱۳۷۱ش.
• رضوی، مسعود، هاشمی و انقلاب، تهران، همشهری، چاپ اول، ۱۳۷۶ش.
• روحانی، حسن، خاطرات حجت الاسلام و المسلمین دکتر حسن روحانی، تهران، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، چاپ اول، ۱۳۸۸ش.
• روحانی، حمید، نهضت امام خمینی (س)، تهران، عروج، چاپ پنجم، ۱۳۸۲ش.
• زیباکلام، صادق، مقدمه ای بر انقلاب اسلامی ایران، تهران، روزنه، چاپ سوم، ۱۳۷۸ش.
• صدر شیرازی، محمدعلی، عملیات مرصاد و سرنوشت منافقین، تهران، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، چاپ اول، ۱۳۹۲ش.
• فوزی تویسرکانی، یحیی، تحولات سیاسی اجتماعی بعد از انقلاب اسلامی در ایران، تهران، عروج، چاپ اول، ۱۳۸۴ش.
• کوشکی، محمدصادق، تبار ترور، تهران، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، چاپ اول، ۱۳۸۷ش.
• محتشمی پور، علی اکبر، خاطرات سیاسی، تهران، خانه اندیشه جوان، چاپ اول، ۱۳۷۸ش.
• مرتضوی، سیدضیاء، یک بام و دو هوا، نقد فقهی اظهارات آیت الله منتظری دربارهٔ اعدام های سال ۱۳۶۷، روزنامه جمهوری اسلامی، ۲۴ / ۵ / ۱۳۹۵ش.
• مؤسسه مطالعات و پژوهشهای سیاسی، سازمان مجاهدین خلق از پیدایی تا فرجام (۱۳۴۴–۱۳۸۴)، ج۲ و ۳، تهران، چاپ اول، ۱۳۸۵ش.
• مؤسسه مطالعات و پژوهشهای سیاسی، سازمان مجاهدین خلق از پیدایی تا فرجام (۱۳۴۴–۱۳۸۴)، ج۱، تهران، چاپ اول، ۱۳۸۴ش.
• موسوی اردبیلی، سیدعبدالکریم، غائله چهارده اسفند ۱۳۵۹، تهران، نجات، چاپ دوم، ۱۳۷۷ش.
• موسوی تبریزی، سیدحسین، خاطره، مجله حضور، شماره ۸۳، ۱۳۹۱ ش.
• مهرآبادی، مظفر، بررسی تغییر ایدوئولوژی سازمان مجاهدین خلق ایران در سال ۱۳۵۴، تهران، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، چاپ اول، ۱۳۸۴ش.
• میلانی، محسن، شکل گیری انقلاب اسلامی از سلطنت پهلوی تا جمهوری اسلامی، ترجمه مجتبی عطازاده، تهران، گام نو، چاپ اول، ۱۳۸۱ش.
• نجاتی، غلامرضا، تاریخ سیاسی بیست و پنج ساله ایران، تهران، رسا، چاپ ششم، ۱۳۷۹ش.
• نظری کهره، فاطمه، امام خمینی (س) و مهار فتنه بنی صدر و منافقین، تهران، مرکز اسناد انقلاب اسلامی، چاپ اول، ۱۳۹۲ش.
• نوذری، عزت الله، تاریخ احزاب سیاسی در ایران، شیراز، نوید شیراز، چاپ دوم، ۱۳۸۰ش.
• هاشمی رفسنجانی، اکبر، کارنامه و خاطرات، سال ۱۳۶۰، عبور از بحران، به اهتمام یاسر هاشمی، تهران، دفتر نشر معارف انقلاب، چاپ ششم، ۱۳۷۸ش.
• هاشمی رفسنجانی، اکبر، کارنامه و خاطرات، سال ۱۳۶۱، پس از بحران، به اهتمام فاطمه هاشمی، تهران، دفتر نشر معارف انقلاب، چاپ اول، ۱۳۸۰ش.
• هاشمی رفسنجانی، اکبر، کارنامه و خاطرات، سال ۱۳۶۷، پایان دفاع، آغاز بازسازی، به کوشش علیرضا هاشمی، تهران، دفتر نشر معارف انقلاب، چاپ دوم، ۱۳۹۰ش.
• هاشمی رفسنجانی، اکبر، دوران مبارزه، به اهتمام محسن هاشمی، تهران، دفتر نشر معارف انقلاب، چاپ اول، ۱۳۷۶ش.